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纳尔逊海湾病毒感染小鼠巨噬细胞RAW264.7的转录物组分析
1
作者
马竹萍
陈淼娟
+4 位作者
孙绿茵
付纹瑞
田晶
李永刚
陶晓莉
《中国医科大学学报》
北大核心
2025年第4期340-345,共6页
目的通过分析纳尔逊海湾病毒(NBV)感染小鼠巨噬细胞RAW264.7转录物组测序结果,筛选差异表达基因,探讨固有免疫应答在呼肠孤病毒感染中的作用机制。方法用感染复数为30的NBV-Miyazaki病毒株感染小鼠巨噬细胞RAW264.7,运用高通量转录物组...
目的通过分析纳尔逊海湾病毒(NBV)感染小鼠巨噬细胞RAW264.7转录物组测序结果,筛选差异表达基因,探讨固有免疫应答在呼肠孤病毒感染中的作用机制。方法用感染复数为30的NBV-Miyazaki病毒株感染小鼠巨噬细胞RAW264.7,运用高通量转录物组测序技术,以q<0.05且|log2FC|≥1为条件,筛选感染组和对照组的差异表达基因,利用基因本体论(GO)和京都基因和基因组数据库(KEGG)对差异表达基因进行富集分析。结果与对照组相比,感染组差异表达的基因共442个,其中显著上调的基因381个,显著下调的基因61个。差异表达基因在GO富集中主要与固有免疫反应、对病毒的防御反应、细胞因子的产生以及细胞对细胞因子刺激的反应等功能相关,在KEGG中主要富集到Toll样受体信号通路、维甲酸诱导基因Ⅰ样受体信号通路、PI3K/Akt等信号通路。结论RAW264.7细胞被NBV-Miyazaki病毒感染后,可以通过激活模式识别受体,促进细胞因子、趋化因子和其他免疫相关因子释放,增强抗体依赖细胞介导的细胞毒作用,以发挥免疫效应,为探究固有免疫在NBV-Miyazaki病毒感染过程中的作用机制提供了理论依据。
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关键词
纳尔逊海湾病毒
巨噬细胞
转录物组
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职称材料
基于酵母双杂交技术对与纳尔逊海湾正呼肠孤病毒σNS相互作用宿主蛋白的筛选
2
作者
孙绿茵
马竹萍
+2 位作者
李润林
李永刚
陶晓莉
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期1313-1321,共9页
目的:探讨小鼠成纤维L929细胞中与纳尔逊海湾正呼肠孤病毒(NBV)σNS蛋白相互作用(互作)的宿主蛋白,阐明宿主蛋白对病毒复制的影响。方法:构建表达σNS蛋白的诱饵质粒pGBKT7-S3,采用测序技术验证诱饵质粒在Y2H酵母细胞中的准确表达。将pG...
目的:探讨小鼠成纤维L929细胞中与纳尔逊海湾正呼肠孤病毒(NBV)σNS蛋白相互作用(互作)的宿主蛋白,阐明宿主蛋白对病毒复制的影响。方法:构建表达σNS蛋白的诱饵质粒pGBKT7-S3,采用测序技术验证诱饵质粒在Y2H酵母细胞中的准确表达。将pGBKT7-S3和pGADT7质粒分别和共同转化至Y2HGold酵母细胞中,涂布于固体培养基进行培养,观察菌落生长情况,确认σNS蛋白对酵母细胞无毒性,不能自行激活报告基因。诱饵质粒pGBKT7-S3与小鼠成纤维L929细胞的cDNA文库进行杂交,对编码互作蛋白的阳性克隆进行质粒抽提,阳性测序结果通过Uniprot数据库检索筛选得到与NBVσNS互作的蛋白。对互作蛋白进行基因本体论(GO)功能富集分析、京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析和STRING生物信息学分析。结果:成功筛选出61个阳性克隆。DNA测序分析和BLAST比对分析去除23个未匹配到数据库和测序基本相同的阳性克隆。阳性测序结果通过Uniprot数据库检索筛选得到38个与NBVσNS互作的蛋白,31个蛋白参与细胞生物过程,36个蛋白是细胞解剖成分,31个蛋白具有结合功能,5个蛋白是线粒体呼吸链组成部分,7个蛋白是核糖体蛋白和核糖体大小亚基的组成部分,2个蛋白参与铁代谢稳态。GO功能富集分析,互作蛋白参与的生物过程(BP)富集在细胞过程、代谢过程、生物学调节、定位和对刺激的反应等;细胞组分主要是细胞解剖成分和含蛋白复合物;分子功能集中在结合、催化活性、结构分子活性和转运活性等方面。KEGG信号通路富集分析,蛋白在遗传信息处理途径的翻译、折叠、分类和降解信号通路中高度富集,在机体系统中主要与消化系统有关联;与多种病毒性传染病和癌症有关联。STRING分析,互作蛋白涉及核糖体蛋白类、蛋白修饰类、代谢类和免疫蛋白类等功能蛋白。结结论论:成功筛选出与NBVσNS蛋白互作的蛋白,宿主蛋白在病毒复制中具有重要作用。
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关键词
纳尔逊海湾正呼肠孤病毒
酵母双杂交实验
σNS蛋白
蛋白互相作用
生物信息学
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职称材料
题名
纳尔逊海湾病毒感染小鼠巨噬细胞RAW264.7的转录物组分析
1
作者
马竹萍
陈淼娟
孙绿茵
付纹瑞
田晶
李永刚
陶晓莉
机构
锦州医科大学基础医学院病原生物学教研室
通用技术辽油宝石花医院心内科
锦州医科大学人畜共患病防控协同创新中心
出处
《中国医科大学学报》
北大核心
2025年第4期340-345,共6页
基金
辽宁省科学技术计划(2022-BS-320)
辽宁省教育厅高校基本科研项目(24100200014)。
文摘
目的通过分析纳尔逊海湾病毒(NBV)感染小鼠巨噬细胞RAW264.7转录物组测序结果,筛选差异表达基因,探讨固有免疫应答在呼肠孤病毒感染中的作用机制。方法用感染复数为30的NBV-Miyazaki病毒株感染小鼠巨噬细胞RAW264.7,运用高通量转录物组测序技术,以q<0.05且|log2FC|≥1为条件,筛选感染组和对照组的差异表达基因,利用基因本体论(GO)和京都基因和基因组数据库(KEGG)对差异表达基因进行富集分析。结果与对照组相比,感染组差异表达的基因共442个,其中显著上调的基因381个,显著下调的基因61个。差异表达基因在GO富集中主要与固有免疫反应、对病毒的防御反应、细胞因子的产生以及细胞对细胞因子刺激的反应等功能相关,在KEGG中主要富集到Toll样受体信号通路、维甲酸诱导基因Ⅰ样受体信号通路、PI3K/Akt等信号通路。结论RAW264.7细胞被NBV-Miyazaki病毒感染后,可以通过激活模式识别受体,促进细胞因子、趋化因子和其他免疫相关因子释放,增强抗体依赖细胞介导的细胞毒作用,以发挥免疫效应,为探究固有免疫在NBV-Miyazaki病毒感染过程中的作用机制提供了理论依据。
关键词
纳尔逊海湾病毒
巨噬细胞
转录物组
Keywords
Nelson bay virus
macrophage
transcriptome
分类号
R373.1 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
基于酵母双杂交技术对与纳尔逊海湾正呼肠孤病毒σNS相互作用宿主蛋白的筛选
2
作者
孙绿茵
马竹萍
李润林
李永刚
陶晓莉
机构
锦州医科大学基础医学院病原生物学教研室
出处
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期1313-1321,共9页
基金
辽宁省科技厅自然科学基金项目(2022-BS-320)。
文摘
目的:探讨小鼠成纤维L929细胞中与纳尔逊海湾正呼肠孤病毒(NBV)σNS蛋白相互作用(互作)的宿主蛋白,阐明宿主蛋白对病毒复制的影响。方法:构建表达σNS蛋白的诱饵质粒pGBKT7-S3,采用测序技术验证诱饵质粒在Y2H酵母细胞中的准确表达。将pGBKT7-S3和pGADT7质粒分别和共同转化至Y2HGold酵母细胞中,涂布于固体培养基进行培养,观察菌落生长情况,确认σNS蛋白对酵母细胞无毒性,不能自行激活报告基因。诱饵质粒pGBKT7-S3与小鼠成纤维L929细胞的cDNA文库进行杂交,对编码互作蛋白的阳性克隆进行质粒抽提,阳性测序结果通过Uniprot数据库检索筛选得到与NBVσNS互作的蛋白。对互作蛋白进行基因本体论(GO)功能富集分析、京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析和STRING生物信息学分析。结果:成功筛选出61个阳性克隆。DNA测序分析和BLAST比对分析去除23个未匹配到数据库和测序基本相同的阳性克隆。阳性测序结果通过Uniprot数据库检索筛选得到38个与NBVσNS互作的蛋白,31个蛋白参与细胞生物过程,36个蛋白是细胞解剖成分,31个蛋白具有结合功能,5个蛋白是线粒体呼吸链组成部分,7个蛋白是核糖体蛋白和核糖体大小亚基的组成部分,2个蛋白参与铁代谢稳态。GO功能富集分析,互作蛋白参与的生物过程(BP)富集在细胞过程、代谢过程、生物学调节、定位和对刺激的反应等;细胞组分主要是细胞解剖成分和含蛋白复合物;分子功能集中在结合、催化活性、结构分子活性和转运活性等方面。KEGG信号通路富集分析,蛋白在遗传信息处理途径的翻译、折叠、分类和降解信号通路中高度富集,在机体系统中主要与消化系统有关联;与多种病毒性传染病和癌症有关联。STRING分析,互作蛋白涉及核糖体蛋白类、蛋白修饰类、代谢类和免疫蛋白类等功能蛋白。结结论论:成功筛选出与NBVσNS蛋白互作的蛋白,宿主蛋白在病毒复制中具有重要作用。
关键词
纳尔逊海湾正呼肠孤病毒
酵母双杂交实验
σNS蛋白
蛋白互相作用
生物信息学
Keywords
Nelson Bay orthoreovirus
Yeast two-hybrid assay
σNS protein
Protein interaction
Bioinformatics
分类号
R373 [医药卫生—病原生物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
纳尔逊海湾病毒感染小鼠巨噬细胞RAW264.7的转录物组分析
马竹萍
陈淼娟
孙绿茵
付纹瑞
田晶
李永刚
陶晓莉
《中国医科大学学报》
北大核心
2025
0
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职称材料
2
基于酵母双杂交技术对与纳尔逊海湾正呼肠孤病毒σNS相互作用宿主蛋白的筛选
孙绿茵
马竹萍
李润林
李永刚
陶晓莉
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
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