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糖尿病肾病和糖尿病视网膜病变应激相关关键基因的生物信息学分析 被引量:2
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作者 葛婷 吴超神 +2 位作者 黄梦娜 朱萍 夏开建 《中国中西医结合肾病杂志》 2024年第3期234-237,I0007-I0009,共7页
目的:通过生物信息学方法分析共同影响糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)和糖尿病视网膜病变(diabetic retinopathy,DR)发生发展的应激相关关键基因。方法:从DisGeNET、CTD、Genecards数据库收集DN和DR的共致病基因数据,通过STRING... 目的:通过生物信息学方法分析共同影响糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)和糖尿病视网膜病变(diabetic retinopathy,DR)发生发展的应激相关关键基因。方法:从DisGeNET、CTD、Genecards数据库收集DN和DR的共致病基因数据,通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络图,进行共致病基因的GO和KEGG富集分析。同时,利用“limma”包筛选出GEO数据库中DN和DR数据集的共同差异基因,通过MCC插件筛选出Top20基因,并对两个芯片数据集进行GSEA富集分析。筛选出上述两组基因数据共同的应激相关关键基因,对其进行相关性和富集分析。最后,借助GeneMANIA、NetworkAnalyst 3.0、DGIdb数据库,构建蛋白互作网络以及TF-miRNA-gene网络,并预测应激相关关键基因的靶向治疗药物。结果:我们发现了5个高度正相关的应激相关关键基因(CCL2、THBS1、PECAM1、SPARC、POSTN),在高糖环境下,它们可通过介导应激反应影响肾脏以及视网膜的细胞外基质重构和炎症。同时,我们预测了与上述基因靶向交互作用最强的TFs(CTCF、EGR1、SRF)和miRNAs(hsa-miR-495、hsa-miR-19a、hsa-miR-19b)。此外,卡芦单抗和宾达利被预测是治疗DN合并DR的潜在治疗药物。结论:采用生物信息学技术筛选出可能参与调节DN合并DR的应激相关关键基因的上下游分子,为进一步探讨二者的发病机制和药物防治提供新的思路。 展开更多
关键词 糖尿病肾病 糖尿病视网膜病变 氧化应激 内质网应激 生物信息学
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基于XML的Excel数据提取和集成研究 被引量:4
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作者 夏开建 严小泉 《常熟理工学院学报》 2010年第4期116-120,共5页
异构数据源的集成问题是当前数据处理领域内研究的一个热点,它能更有效地利用信息资源、更好地实现数据共享.针对当前企业对异构数据库中Excel数据源集成的迫切需求,本文提出一个基于XML模板的Excel数据源数据映射方案,能使数据转换更... 异构数据源的集成问题是当前数据处理领域内研究的一个热点,它能更有效地利用信息资源、更好地实现数据共享.针对当前企业对异构数据库中Excel数据源集成的迫切需求,本文提出一个基于XML模板的Excel数据源数据映射方案,能使数据转换更加灵活通用.该方案是实现异构数据源之间数据交换的通用方法,实现了Excel数据向标准XML文件的相互转化,有效提高了整个应用系统的性能. 展开更多
关键词 Excel数据源 XML模板 数据映射 异构数据源
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移动设备中异构处理器平台的能量优化设计
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作者 夏开建 任晓刚 吴玥 《电子技术应用》 北大核心 2014年第10期138-141,共4页
由于移动设备含有多个传感器,系统往往需要运行连续的感知任务。移动设备中的应用处理器能有效地运行计算密集型任务,而对于连续的感知任务将消耗大量的能量。为了提高移动设备的能量利用率,在包含应用处理器和低功耗处理器的异构处理... 由于移动设备含有多个传感器,系统往往需要运行连续的感知任务。移动设备中的应用处理器能有效地运行计算密集型任务,而对于连续的感知任务将消耗大量的能量。为了提高移动设备的能量利用率,在包含应用处理器和低功耗处理器的异构处理器上提出了一种异构处理器平台能量优化方法。首先,根据处理器平台的实际能耗和理想能耗提出了能量比例因子。其次,提出了含有两个异构处理器平台的应用程序划分方法。最后,通过模拟器实验验证了该方法的有效性。模拟实验表明,由于将感知任务迁移到低功耗处理器上运行,所提出的优化方法能大大提高移动设备的能量利用效率。 展开更多
关键词 移动设备 异构处理器平台 能源优化 能量比例因子
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一种通用的表示多agent协作规划的形式化方法
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作者 钟珊 殷旭东 +1 位作者 夏开建 姚宇峰 《常熟理工学院学报》 2010年第2期119-124,共6页
Agent是驻留在某一环境下能够自主、灵活地执行动作以满足设计目标的行为实体,往往存在于一个动态的不完全可知的环境.为了实现目标,agent在环境中必须能像人一样思考,对各种行动的结果进行预测、推理、以决定下一步的目标和动作,同时ag... Agent是驻留在某一环境下能够自主、灵活地执行动作以满足设计目标的行为实体,往往存在于一个动态的不完全可知的环境.为了实现目标,agent在环境中必须能像人一样思考,对各种行动的结果进行预测、推理、以决定下一步的目标和动作,同时agent还应具有特定的社会技能,如同步、通信等,通过相互合作来实现目标.Petri网是一种具有严格形式化定义的数学模型,非常适合异步并发系统的描述和创建,而多agent系统本身是一个动态,异步的系统,本文为此提出了一种基于有色网表示agent面向目标协作规划的形式化模型——CPNMP(Colored Petri Net ForMulti-Agent Planning)网系统,CPNMP网系统能描述和实现agent在动态环境下进行自主行动推理和互相协作,实现多agent面向目标规划. 展开更多
关键词 规划 社会性 有色网 通信 同步
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AAM和PCA-SVM在人脸表情识别中的应用
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作者 钟珊 夏开建 常晋义 《常熟理工学院学报》 2011年第2期113-116,共4页
介绍了AAM基本理论,提出基于AAM+PCA+SVM的人脸表情识别方法.首先获取人脸样本的纹理模型和形状模型,然后利用主成分分析(PCA)建立AAM模型,将该统计模型的AAM应用到人脸特征点定位,对人脸表情进行特征提取,将PCA训练用于识别的支持向量... 介绍了AAM基本理论,提出基于AAM+PCA+SVM的人脸表情识别方法.首先获取人脸样本的纹理模型和形状模型,然后利用主成分分析(PCA)建立AAM模型,将该统计模型的AAM应用到人脸特征点定位,对人脸表情进行特征提取,将PCA训练用于识别的支持向量机过程中,并进行分类.实验表明该方法降低了算法的时间复杂度,定位准确率高,同时不影响人脸表情的识别率. 展开更多
关键词 人脸表情识别 主动表观模型 支持向量机 识别率
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多任务模糊聚类驱动的多任务TSK模糊系统模型 被引量:1
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作者 蒋亦樟 华蕾 +2 位作者 张群 钱鹏江 夏开建 《应用科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期742-760,共19页
该文提出了一种多任务Takagi-Sugeno-Kang(TSK)模糊系统建模方法.首先给出了一种新的多任务模糊c均值聚类算法,能够有效提取所有任务之间的公共信息和每个任务的私有信息,进而利用所得的聚类中心构建多任务TSK模糊系统的前件参数.其次... 该文提出了一种多任务Takagi-Sugeno-Kang(TSK)模糊系统建模方法.首先给出了一种新的多任务模糊c均值聚类算法,能够有效提取所有任务之间的公共信息和每个任务的私有信息,进而利用所得的聚类中心构建多任务TSK模糊系统的前件参数.其次设计了一种具备多任务协同学习机制的后件参数优化方法,可以优化多任务TSK模糊系统的后件参数.最后基于优化的前后件参数,构建出具体多任务模糊聚类方法驱动的多任务TSK模糊系统模型(multi-task fuzzy c-means based multi-task TSK fuzzy system,MTFCM-MT-TSK-FS)以用于实际应用.分别在合成和真实数据集上进行实验,结果验证了该模型的有效性. 展开更多
关键词 多任务学习 多任务模糊c均值 多任务协同学习 多任务Takagi-Sugeno-Kang模糊系统式
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