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基于重测序的菠萝基因组InDel标记的开发
1
作者
贺涵
刘传和
+7 位作者
喻梦凡
袁梦萍
魏岳荣
杨敏
邝瑞彬
周陈平
吴夏明
徐泽
《生物技术通报》
北大核心
2025年第2期65-76,共12页
【目的】基于菠萝种质的基因组重测序数据研发菠萝InDel分子标记,为菠萝种质资源的创新利用奠定理论基础。【方法】选取4份代表性菠萝种质进行基因组重测序,鉴定插入/缺失长度大于30 bp的InDel位点。根据InDel位点信息设计InDel标记引物...
【目的】基于菠萝种质的基因组重测序数据研发菠萝InDel分子标记,为菠萝种质资源的创新利用奠定理论基础。【方法】选取4份代表性菠萝种质进行基因组重测序,鉴定插入/缺失长度大于30 bp的InDel位点。根据InDel位点信息设计InDel标记引物,选择扩增条带清晰、分离效果好的引物用于菠萝种质遗传多样性分析。【结果】在4份菠萝种质中鉴定到插入/缺失长度大于30 bp、测序深度大于10×的InDel位点1559个。基于InDel位点的上下游序列信息,在全基因组范围内设计候选InDel标记引物372对,其中264对引物表现出稳定的多态性,多态性比例为70.97%。采用50对多态性高的核心标记引物分析58份菠萝种质的遗传多样性。共检测到等位位点103个;各标记的平均有效等位位点数(Ne)为1.8164个;Shannon's多样性指数(I)的变异范围为0.2728-0.7464,平均值为0.6346;多态性信息含量(PIC)为0.1329-0.4251,平均值为0.3422;Nei’s基因多样性指数(H)变异范围为0.1431-0.5143,平均值为0.4412。通过聚类分析在遗传距离0.75处将58份菠萝种质分为4个类群,其中第Ⅳ类群可进一步分为2个亚群。采用群体结构分析将58份种质划分为2个稳定群体,其中POP-1群体与聚类分析获得的第Ⅳ-2亚群重合,主要由纯种卡因类种质组成。【结论】研发的50个菠萝核心InDel标记能精准区分不同菠萝品种,对于深化菠萝遗传多样性分析、完善遗传图谱构建和加速分子标记辅助育种进程具有重要意义。
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关键词
菠萝
重测序
INDEL标记
遗传多样性分析
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职称材料
题名
基于重测序的菠萝基因组InDel标记的开发
1
作者
贺涵
刘传和
喻梦凡
袁梦萍
魏岳荣
杨敏
邝瑞彬
周陈平
吴夏明
徐泽
机构
广东省农业科学院果树研究所农业农村部南亚热带果树生物学与遗传资源利用重点实验室广东省果树科学与技术研究重点实验室
出处
《生物技术通报》
北大核心
2025年第2期65-76,共12页
基金
广东省农业科学院创新中心课题(XTXM202203-XT202212)
国家重点研发计划项目(2023YFD2300800)
+1 种基金
广东省农村科技特派员项目(KTP20210395,KTP20240379)
广州市科技计划项目(2023E04J0562)。
文摘
【目的】基于菠萝种质的基因组重测序数据研发菠萝InDel分子标记,为菠萝种质资源的创新利用奠定理论基础。【方法】选取4份代表性菠萝种质进行基因组重测序,鉴定插入/缺失长度大于30 bp的InDel位点。根据InDel位点信息设计InDel标记引物,选择扩增条带清晰、分离效果好的引物用于菠萝种质遗传多样性分析。【结果】在4份菠萝种质中鉴定到插入/缺失长度大于30 bp、测序深度大于10×的InDel位点1559个。基于InDel位点的上下游序列信息,在全基因组范围内设计候选InDel标记引物372对,其中264对引物表现出稳定的多态性,多态性比例为70.97%。采用50对多态性高的核心标记引物分析58份菠萝种质的遗传多样性。共检测到等位位点103个;各标记的平均有效等位位点数(Ne)为1.8164个;Shannon's多样性指数(I)的变异范围为0.2728-0.7464,平均值为0.6346;多态性信息含量(PIC)为0.1329-0.4251,平均值为0.3422;Nei’s基因多样性指数(H)变异范围为0.1431-0.5143,平均值为0.4412。通过聚类分析在遗传距离0.75处将58份菠萝种质分为4个类群,其中第Ⅳ类群可进一步分为2个亚群。采用群体结构分析将58份种质划分为2个稳定群体,其中POP-1群体与聚类分析获得的第Ⅳ-2亚群重合,主要由纯种卡因类种质组成。【结论】研发的50个菠萝核心InDel标记能精准区分不同菠萝品种,对于深化菠萝遗传多样性分析、完善遗传图谱构建和加速分子标记辅助育种进程具有重要意义。
关键词
菠萝
重测序
INDEL标记
遗传多样性分析
Keywords
pineapple
re-sequencing
InDel markers
genetic diversity analysis
分类号
S668.3 [农业科学—果树学]
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作者
出处
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1
基于重测序的菠萝基因组InDel标记的开发
贺涵
刘传和
喻梦凡
袁梦萍
魏岳荣
杨敏
邝瑞彬
周陈平
吴夏明
徐泽
《生物技术通报》
北大核心
2025
0
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