期刊文献+
共找到1篇文章
< 1 >
每页显示 20 50 100
基于重测序的菠萝基因组InDel标记的开发
1
作者 贺涵 刘传和 +7 位作者 喻梦凡 袁梦萍 魏岳荣 杨敏 邝瑞彬 周陈平 吴夏明 徐泽 《生物技术通报》 北大核心 2025年第2期65-76,共12页
【目的】基于菠萝种质的基因组重测序数据研发菠萝InDel分子标记,为菠萝种质资源的创新利用奠定理论基础。【方法】选取4份代表性菠萝种质进行基因组重测序,鉴定插入/缺失长度大于30 bp的InDel位点。根据InDel位点信息设计InDel标记引物... 【目的】基于菠萝种质的基因组重测序数据研发菠萝InDel分子标记,为菠萝种质资源的创新利用奠定理论基础。【方法】选取4份代表性菠萝种质进行基因组重测序,鉴定插入/缺失长度大于30 bp的InDel位点。根据InDel位点信息设计InDel标记引物,选择扩增条带清晰、分离效果好的引物用于菠萝种质遗传多样性分析。【结果】在4份菠萝种质中鉴定到插入/缺失长度大于30 bp、测序深度大于10×的InDel位点1559个。基于InDel位点的上下游序列信息,在全基因组范围内设计候选InDel标记引物372对,其中264对引物表现出稳定的多态性,多态性比例为70.97%。采用50对多态性高的核心标记引物分析58份菠萝种质的遗传多样性。共检测到等位位点103个;各标记的平均有效等位位点数(Ne)为1.8164个;Shannon's多样性指数(I)的变异范围为0.2728-0.7464,平均值为0.6346;多态性信息含量(PIC)为0.1329-0.4251,平均值为0.3422;Nei’s基因多样性指数(H)变异范围为0.1431-0.5143,平均值为0.4412。通过聚类分析在遗传距离0.75处将58份菠萝种质分为4个类群,其中第Ⅳ类群可进一步分为2个亚群。采用群体结构分析将58份种质划分为2个稳定群体,其中POP-1群体与聚类分析获得的第Ⅳ-2亚群重合,主要由纯种卡因类种质组成。【结论】研发的50个菠萝核心InDel标记能精准区分不同菠萝品种,对于深化菠萝遗传多样性分析、完善遗传图谱构建和加速分子标记辅助育种进程具有重要意义。 展开更多
关键词 菠萝 重测序 INDEL标记 遗传多样性分析
在线阅读 下载PDF
上一页 1 下一页 到第
使用帮助 返回顶部