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可乐猪乳头数性状全基因组关联分析
被引量:
9
1
作者
谢健
喻昌燕
+3 位作者
许瑶
牛熙
冉雪琴
王嘉福
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2016年第11期2866-2872,共7页
乳头数性状是猪最重要的繁殖性状之一,与养猪业的经济效益密切相关。本试验以Illunima Porcine SNP60K芯片对22头可乐猪进行基因分型,通过Plink 1.07软件,基于混合线性模型对左乳头数、右乳头数和总乳头数性状进行全基因组关联分析。经...
乳头数性状是猪最重要的繁殖性状之一,与养猪业的经济效益密切相关。本试验以Illunima Porcine SNP60K芯片对22头可乐猪进行基因分型,通过Plink 1.07软件,基于混合线性模型对左乳头数、右乳头数和总乳头数性状进行全基因组关联分析。经过严格的质量控制和多重检验之后,共鉴定出全基因组水平潜在关联的SNPs位点4个(P<2.06E-5);染色体水平显著关联位点3个,潜在关联位点18个;在关联SNP位点可能连锁的上、下游1cM区间内检索到304个基因,其中Wnt及Fgf信号通路中的候选基因BTRC、FGF5、FGF8和BMP3、RASGEF1B、HMGB3可能影响猪的乳头数性状或繁殖性状。通过全基因组关联分析策略发掘出的关联SNP位点及潜在候选基因,将为可乐猪的选育保种奠定基础。
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关键词
SNP芯片
全基因组关联分析
乳头数
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职称材料
香猪SNP位点rs80894395的多态性及其与体尺指标之间的关联研究
被引量:
3
2
作者
王洋
梅子凌
+6 位作者
喻昌燕
牛熙
谢玲玲
牛秋锦
仇志浪
王嘉福
冉雪琴
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2016年第5期1294-1301,共8页
为了探究影响香猪生长发育的功能基因,本试验利用Illumina Porcine SNP60K芯片筛选出N-乙酰氨基半乳糖转移酶2(polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2,GALNT2)基因内含子10中一个与腹围呈弱相关的单核苷酸多态性(single nucl...
为了探究影响香猪生长发育的功能基因,本试验利用Illumina Porcine SNP60K芯片筛选出N-乙酰氨基半乳糖转移酶2(polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2,GALNT2)基因内含子10中一个与腹围呈弱相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点rs80894395。在此基础上应用等位基因特异性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)技术检测520头雌性香猪群体中该位点的基因型,并与43头大白猪、36头柯乐猪相比较。结果表明,从3个猪群体中检测到rs80894395位点的CC、CT和TT 3种基因型;其中香猪群体以CT为优势基因型,且基因型与香猪的体重、体长和腹围呈弱的正相关;大白猪群体以CC基因型为主,T等位基因频率较香猪极显著减少(P<0.01);柯乐猪群体中CC与CT基因型频率相等,与香猪和大白猪的基因频率间的差异不显著(P>0.05)。生物信息学分析表明,rs80894395位点可能影响GALNT2基因的剪接过程。rs80894395与香猪的生长发育可能有一定的联系。
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关键词
香猪
体尺
内含子剪接
SNP
GALNT2基因
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职称材料
耐锰细菌鉴定与锰胁迫下的生理响应
被引量:
7
3
作者
田群
许瑶
+2 位作者
喻昌燕
王嘉福
冉雪琴
《山地农业生物学报》
2017年第3期23-28,共6页
为了探究细菌对锰的适应机制,从松桃的锰冶炼区寨英镇采集的土样中分离得到7株耐锰能力达到1 800mg/L的细菌,其中S7和S16两株菌对锰的耐受能力高达2 200 mg/L。形态学、生理生化和16S rDNA基因测序等分析结果表明,这些菌分属于根癌土壤...
为了探究细菌对锰的适应机制,从松桃的锰冶炼区寨英镇采集的土样中分离得到7株耐锰能力达到1 800mg/L的细菌,其中S7和S16两株菌对锰的耐受能力高达2 200 mg/L。形态学、生理生化和16S rDNA基因测序等分析结果表明,这些菌分属于根癌土壤杆菌、沙福芽孢杆菌、根瘤菌属和氧化节杆菌。在锰胁迫条件下,测定菌株S7的生长曲线、超氧化物歧化酶(Superoxide Dismutase,SOD)、过氧化氢酶(Catalase,CAT)活性和电导率。结果表明:在无锰条件下,细菌的生长速度很快,14~18小时后就进入稳定期,在锰胁迫条件下,菌株的生长速度明显减慢,S7菌株的SOD、CAT酶活性在10~18小时时升高,但电导率变化不大。推测耐锰细菌可能通过上调氧化还原酶的活性适应锰胁迫。这对揭示细菌耐受锰的生理机制和锰污染的微生物修复技术奠定理论基础。
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关键词
锰抗性细菌
超氧化物歧化酶
过氧化氢酶
锰适应
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职称材料
6个猪品种CD53基因中结构变异SV184分布频率的研究
4
作者
徐倩
岑永秀
+3 位作者
喻昌燕
刘畅
冉雪琴
王嘉福
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2017年第4期1079-1086,共8页
基于香猪全基因组重测序数据,在白细胞表面抗原CD53基因中筛选到一个结构变异(structure variant,SV)184,为了探索不同猪品种间此结构变异是否存在多态性变化,本试验选择香猪、大白猪、糯谷猪、柯乐猪、江口萝卜猪和荣昌猪作为试验动物...
基于香猪全基因组重测序数据,在白细胞表面抗原CD53基因中筛选到一个结构变异(structure variant,SV)184,为了探索不同猪品种间此结构变异是否存在多态性变化,本试验选择香猪、大白猪、糯谷猪、柯乐猪、江口萝卜猪和荣昌猪作为试验动物,采用PCR方法对猪群中SV184的分布频率进行比较研究,应用RT-PCR技术,分析CD53基因的原初转录本序列结构,研究SV184对CD53基因的转录是否有直接影响。结果显示,6个猪品种中SV184的分布频率存在明显差异,香猪以VN基因型为主,其他5个猪品种是NN基因型占优势;计算两种等位基因的频率,香猪以缺失的V等位基因为主,其他5个猪品种以正常的N等位基因为主。选择3种基因型个体的血液样本,逆转录后分析CD53基因的原初转录本的序列,从中检测到缺失型和不缺失的两种转录本形式,提示SV184对CD53基因的转录无直接影响。SV184可作为分子标记用于区分香猪和其他猪品种。
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关键词
猪品种
CD53基因
结构变异
多态性
转录本前体
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职称材料
题名
可乐猪乳头数性状全基因组关联分析
被引量:
9
1
作者
谢健
喻昌燕
许瑶
牛熙
冉雪琴
王嘉福
机构
贵州大学生命科学学院
贵州大学农业生物工程研究院
贵州大学动物科学学院
铜仁学院
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2016年第11期2866-2872,共7页
基金
国家高技术研究发展计划(863计划)课题(2013AA102503)
贵州大学创新基金(2015009)
+2 种基金
贵州大学"本科教学工程"项目(BKJX2012007)
贵州省农业攻关项目(黔科合NY[2013]3073号)
贵州省科技创新人才团队建设专项(黔科合人才团队2009-4006)
文摘
乳头数性状是猪最重要的繁殖性状之一,与养猪业的经济效益密切相关。本试验以Illunima Porcine SNP60K芯片对22头可乐猪进行基因分型,通过Plink 1.07软件,基于混合线性模型对左乳头数、右乳头数和总乳头数性状进行全基因组关联分析。经过严格的质量控制和多重检验之后,共鉴定出全基因组水平潜在关联的SNPs位点4个(P<2.06E-5);染色体水平显著关联位点3个,潜在关联位点18个;在关联SNP位点可能连锁的上、下游1cM区间内检索到304个基因,其中Wnt及Fgf信号通路中的候选基因BTRC、FGF5、FGF8和BMP3、RASGEF1B、HMGB3可能影响猪的乳头数性状或繁殖性状。通过全基因组关联分析策略发掘出的关联SNP位点及潜在候选基因,将为可乐猪的选育保种奠定基础。
关键词
SNP芯片
全基因组关联分析
乳头数
Keywords
SNP chips
genome-wide association study
teats number
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
香猪SNP位点rs80894395的多态性及其与体尺指标之间的关联研究
被引量:
3
2
作者
王洋
梅子凌
喻昌燕
牛熙
谢玲玲
牛秋锦
仇志浪
王嘉福
冉雪琴
机构
贵州大学生命科学学院
贵州大学农业生物工程研究院
贵州大学动物科学学院
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2016年第5期1294-1301,共8页
基金
国家高技术研究发展计划(863计划)课题(2013AA102503)
贵州省农业攻关项目(黔科合NY[2013]3073号)
+2 种基金
贵州省科技创新人才团队建设专项(黔科合人才团队2009-4006)
贵州大学"本科教学工程"项目(BKJX2012007)
贵州大学研究生创新基金"乙酰氨基半乳糖转移酶基因多态性研究"(研农2015018)
文摘
为了探究影响香猪生长发育的功能基因,本试验利用Illumina Porcine SNP60K芯片筛选出N-乙酰氨基半乳糖转移酶2(polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2,GALNT2)基因内含子10中一个与腹围呈弱相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点rs80894395。在此基础上应用等位基因特异性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)技术检测520头雌性香猪群体中该位点的基因型,并与43头大白猪、36头柯乐猪相比较。结果表明,从3个猪群体中检测到rs80894395位点的CC、CT和TT 3种基因型;其中香猪群体以CT为优势基因型,且基因型与香猪的体重、体长和腹围呈弱的正相关;大白猪群体以CC基因型为主,T等位基因频率较香猪极显著减少(P<0.01);柯乐猪群体中CC与CT基因型频率相等,与香猪和大白猪的基因频率间的差异不显著(P>0.05)。生物信息学分析表明,rs80894395位点可能影响GALNT2基因的剪接过程。rs80894395与香猪的生长发育可能有一定的联系。
关键词
香猪
体尺
内含子剪接
SNP
GALNT2基因
Keywords
Xiang pig
body sizes
intron splicing
SNP
GALNT2 gene
分类号
S828 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
耐锰细菌鉴定与锰胁迫下的生理响应
被引量:
7
3
作者
田群
许瑶
喻昌燕
王嘉福
冉雪琴
机构
贵州大学农业生物工程研究室
贵州大学生命科学学院
贵州大学动物科学学院
出处
《山地农业生物学报》
2017年第3期23-28,共6页
基金
贵州省科技创新人才团队建设专项
贵州省动物遗传育种与生物技术科技创新人才团队(黔科合人团队2009-4006)
文摘
为了探究细菌对锰的适应机制,从松桃的锰冶炼区寨英镇采集的土样中分离得到7株耐锰能力达到1 800mg/L的细菌,其中S7和S16两株菌对锰的耐受能力高达2 200 mg/L。形态学、生理生化和16S rDNA基因测序等分析结果表明,这些菌分属于根癌土壤杆菌、沙福芽孢杆菌、根瘤菌属和氧化节杆菌。在锰胁迫条件下,测定菌株S7的生长曲线、超氧化物歧化酶(Superoxide Dismutase,SOD)、过氧化氢酶(Catalase,CAT)活性和电导率。结果表明:在无锰条件下,细菌的生长速度很快,14~18小时后就进入稳定期,在锰胁迫条件下,菌株的生长速度明显减慢,S7菌株的SOD、CAT酶活性在10~18小时时升高,但电导率变化不大。推测耐锰细菌可能通过上调氧化还原酶的活性适应锰胁迫。这对揭示细菌耐受锰的生理机制和锰污染的微生物修复技术奠定理论基础。
关键词
锰抗性细菌
超氧化物歧化酶
过氧化氢酶
锰适应
Keywords
manganese-resistant bacteria
superoxide dismutase
catalase
manganese adaptation
分类号
Q93-3 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
6个猪品种CD53基因中结构变异SV184分布频率的研究
4
作者
徐倩
岑永秀
喻昌燕
刘畅
冉雪琴
王嘉福
机构
贵州大学动物科学学院
贵州大学农业工程研究院
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2017年第4期1079-1086,共8页
基金
国家高技术研究发展计划(863计划)课题(2013AA102503)
贵州省农业攻关项目(黔科合NY[2013]3073号)
+1 种基金
贵州省"百"层次创新型人才项目(黔科合人才2016-4012号)
国家自然科学基金(31672390)
文摘
基于香猪全基因组重测序数据,在白细胞表面抗原CD53基因中筛选到一个结构变异(structure variant,SV)184,为了探索不同猪品种间此结构变异是否存在多态性变化,本试验选择香猪、大白猪、糯谷猪、柯乐猪、江口萝卜猪和荣昌猪作为试验动物,采用PCR方法对猪群中SV184的分布频率进行比较研究,应用RT-PCR技术,分析CD53基因的原初转录本序列结构,研究SV184对CD53基因的转录是否有直接影响。结果显示,6个猪品种中SV184的分布频率存在明显差异,香猪以VN基因型为主,其他5个猪品种是NN基因型占优势;计算两种等位基因的频率,香猪以缺失的V等位基因为主,其他5个猪品种以正常的N等位基因为主。选择3种基因型个体的血液样本,逆转录后分析CD53基因的原初转录本的序列,从中检测到缺失型和不缺失的两种转录本形式,提示SV184对CD53基因的转录无直接影响。SV184可作为分子标记用于区分香猪和其他猪品种。
关键词
猪品种
CD53基因
结构变异
多态性
转录本前体
Keywords
pig breeds
CD53 gene
structure variation
polymorphism
precursors
分类号
S828.8 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
可乐猪乳头数性状全基因组关联分析
谢健
喻昌燕
许瑶
牛熙
冉雪琴
王嘉福
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2016
9
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职称材料
2
香猪SNP位点rs80894395的多态性及其与体尺指标之间的关联研究
王洋
梅子凌
喻昌燕
牛熙
谢玲玲
牛秋锦
仇志浪
王嘉福
冉雪琴
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2016
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
耐锰细菌鉴定与锰胁迫下的生理响应
田群
许瑶
喻昌燕
王嘉福
冉雪琴
《山地农业生物学报》
2017
7
在线阅读
下载PDF
职称材料
4
6个猪品种CD53基因中结构变异SV184分布频率的研究
徐倩
岑永秀
喻昌燕
刘畅
冉雪琴
王嘉福
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2017
0
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参考文献
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