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题名耐盐碱粗根茎莎草高通量测序及生物学信息分析
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作者
苗小荣
唐柳茹
黎东海
张小艳
王慧茹
牛俊奇
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机构
玉林师范学院生物与制药学院
玉林师范学院广西高校亚热带生物资源保护与利用重点试验室
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出处
《现代园艺》
2023年第23期11-13,共3页
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基金
广西自然科学基金项目(2021GXNSFAA196061)
大学生创新训练项目(S202210606129、202310606042)共同资助。
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文摘
粗根茎莎草是海岸沙丘生态系统的重要组成部分。为了解析自然生长条件下粗根茎莎草基因表达情况,采用高通量测序技术,对海滨自然生长的粗根茎莎草的根、茎和叶混合样品进行转录组测序分析。结果显示,粗根茎莎草一共获得高通量测序数据8.44 Gb,Q30大于92.45%;获得27276个Unigene基因,平均长度为1103.12 bp,N50长度1763 bp,GC含量44.71%;在NR、Swiss-Prot、Pfam、COG、GO和KEGG分别注释到17932、14080、14215、16703、15387和7705个Unigene基因;有21419个CDS序列,其中有2476个CDS序列长度大于1800 bp;有617个转录因子和10945个SSR位点;同时,筛选到242个环境适应基因,其中与逆境胁迫相关基因96个,与耐盐碱相关基因25个。本研究结果为今后开展粗根茎莎草耐盐碱基因的筛选和功能鉴定奠定了理论基础。
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关键词
粗根茎莎草
高通量测序
转录组
功能注释
耐盐碱
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分类号
Q943
[生物学—植物学]
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