基于印度谷螟转录组测序数据筛选其功能微卫星(EST-SSR)分子标记,设计该虫的微卫星(SSR)引物并验证其适用性。用MicroSAtellite微卫星搜索软件查找印度谷螟转录组中微卫星的数量、重复次数以及所有微卫星的位置信息,采用Primer Premier ...基于印度谷螟转录组测序数据筛选其功能微卫星(EST-SSR)分子标记,设计该虫的微卫星(SSR)引物并验证其适用性。用MicroSAtellite微卫星搜索软件查找印度谷螟转录组中微卫星的数量、重复次数以及所有微卫星的位置信息,采用Primer Premier 5软件设计SSR引物,并进行PCR验证。结果表明含EST-SSR的序列3 173个,占总搜索序列的8.52%,平均每13kb中就出现1个EST-SSR。共发现192种微卫星类型,其中重复单元为单碱基、二碱基和三碱基的比例较高,依次是28.21%、39.84%、25.43%。除单碱基重复单元外,出现频率最高的是AT/AT,有593次。在66对印度谷螟EST-SSR引物中,有28对PCR扩增成功。这说明基于印度谷螟转录组数据开发微卫星标记是可行的,本研究获得的印度谷螟EST-SSR位点为今后开展该虫的种群遗传学研究提供了基础数据。展开更多
旨在建立嗜虫书虱的实时荧光定量PCR分析方法,为嗜虫书虱基因的定量分析提供技术支持。利用RT-PCR方法,从嗜虫书虱体内克隆获得了β-actin基因cDNA片段(GenBank登录号:FJ041117),该基因片段长度为822 bp,编码273个氨基酸残基(从第3个碱...旨在建立嗜虫书虱的实时荧光定量PCR分析方法,为嗜虫书虱基因的定量分析提供技术支持。利用RT-PCR方法,从嗜虫书虱体内克隆获得了β-actin基因cDNA片段(GenBank登录号:FJ041117),该基因片段长度为822 bp,编码273个氨基酸残基(从第3个碱基开始编码)。根据此β-actin基因的序列设计引物,建立了基于SYBR Green I染料技术的实时荧光定量PCR方法。建立的嗜虫书虱β-actin实时荧光定量PCR法扩增效率高、检测范围广、检测周期短,为β-actin作为内参基因进行嗜虫书虱功能基因的定量分析奠定了基础。展开更多
文摘基于印度谷螟转录组测序数据筛选其功能微卫星(EST-SSR)分子标记,设计该虫的微卫星(SSR)引物并验证其适用性。用MicroSAtellite微卫星搜索软件查找印度谷螟转录组中微卫星的数量、重复次数以及所有微卫星的位置信息,采用Primer Premier 5软件设计SSR引物,并进行PCR验证。结果表明含EST-SSR的序列3 173个,占总搜索序列的8.52%,平均每13kb中就出现1个EST-SSR。共发现192种微卫星类型,其中重复单元为单碱基、二碱基和三碱基的比例较高,依次是28.21%、39.84%、25.43%。除单碱基重复单元外,出现频率最高的是AT/AT,有593次。在66对印度谷螟EST-SSR引物中,有28对PCR扩增成功。这说明基于印度谷螟转录组数据开发微卫星标记是可行的,本研究获得的印度谷螟EST-SSR位点为今后开展该虫的种群遗传学研究提供了基础数据。
文摘旨在建立嗜虫书虱的实时荧光定量PCR分析方法,为嗜虫书虱基因的定量分析提供技术支持。利用RT-PCR方法,从嗜虫书虱体内克隆获得了β-actin基因cDNA片段(GenBank登录号:FJ041117),该基因片段长度为822 bp,编码273个氨基酸残基(从第3个碱基开始编码)。根据此β-actin基因的序列设计引物,建立了基于SYBR Green I染料技术的实时荧光定量PCR方法。建立的嗜虫书虱β-actin实时荧光定量PCR法扩增效率高、检测范围广、检测周期短,为β-actin作为内参基因进行嗜虫书虱功能基因的定量分析奠定了基础。
