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超级多重基因组序列比对算法
被引量:
2
1
作者
呼广跃
沈世镒
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2005年第27期13-15,共3页
大量同源的长基因组序列的多重比对需要高效率的比对算法。论文开发出一个新的比对工具“超级多重基因组比对”(简称SMGA),该系统是建立在序列突变与比对的“模代数”理论基础上专为长基因组序列的多重比对设计的。SMGA在一台主频2.8G...
大量同源的长基因组序列的多重比对需要高效率的比对算法。论文开发出一个新的比对工具“超级多重基因组比对”(简称SMGA),该系统是建立在序列突变与比对的“模代数”理论基础上专为长基因组序列的多重比对设计的。SMGA在一台主频2.8G的PC机上完成平均长度约5M的9条有机菌基因组的多重比对的时间大约为35min。论文还使用模拟数据对SMGA的比对精确度做了估计。
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关键词
多重序列比对
“模代数”理论
后缀树
锚定
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职称材料
数据压缩在序列比对中的应用
2
作者
杜娟
呼广跃
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2008年第22期241-243,共3页
同源或非同源长基因组序列的分析比较需要高效率的比对算法。开发出一个新的两两比对工具"超级压缩比对"(简称SCA),该系统是建立在Sequitur编码理论专为长基因组序列的两两比对设计。SCA是一个线性算法,并且能够处理序列重排...
同源或非同源长基因组序列的分析比较需要高效率的比对算法。开发出一个新的两两比对工具"超级压缩比对"(简称SCA),该系统是建立在Sequitur编码理论专为长基因组序列的两两比对设计。SCA是一个线性算法,并且能够处理序列重排。实验证明SCA算法能够准确快速的完成长基因组序列的比对。
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关键词
序列比对
Sequitur码
锚定
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职称材料
题名
超级多重基因组序列比对算法
被引量:
2
1
作者
呼广跃
沈世镒
机构
南开大学数学科学学院LMPC
出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2005年第27期13-15,共3页
基金
国家自然科学基金(编号:10271061
90208022)
+1 种基金
天南大联合研究项目
刘徽应用数学研究中心资助
文摘
大量同源的长基因组序列的多重比对需要高效率的比对算法。论文开发出一个新的比对工具“超级多重基因组比对”(简称SMGA),该系统是建立在序列突变与比对的“模代数”理论基础上专为长基因组序列的多重比对设计的。SMGA在一台主频2.8G的PC机上完成平均长度约5M的9条有机菌基因组的多重比对的时间大约为35min。论文还使用模拟数据对SMGA的比对精确度做了估计。
关键词
多重序列比对
“模代数”理论
后缀树
锚定
Keywords
multiple sequence alignment,modulus structure, suffix tree, anchor
分类号
TP301.6 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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职称材料
题名
数据压缩在序列比对中的应用
2
作者
杜娟
呼广跃
机构
天津城市建设学院
出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2008年第22期241-243,共3页
文摘
同源或非同源长基因组序列的分析比较需要高效率的比对算法。开发出一个新的两两比对工具"超级压缩比对"(简称SCA),该系统是建立在Sequitur编码理论专为长基因组序列的两两比对设计。SCA是一个线性算法,并且能够处理序列重排。实验证明SCA算法能够准确快速的完成长基因组序列的比对。
关键词
序列比对
Sequitur码
锚定
Keywords
sequence alignment
Sequitur code
anchor
分类号
TP301.6 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
超级多重基因组序列比对算法
呼广跃
沈世镒
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2005
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
数据压缩在序列比对中的应用
杜娟
呼广跃
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2008
0
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职称材料
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