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超级多重基因组序列比对算法 被引量:2
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作者 呼广跃 沈世镒 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2005年第27期13-15,共3页
大量同源的长基因组序列的多重比对需要高效率的比对算法。论文开发出一个新的比对工具“超级多重基因组比对”(简称SMGA),该系统是建立在序列突变与比对的“模代数”理论基础上专为长基因组序列的多重比对设计的。SMGA在一台主频2.8G... 大量同源的长基因组序列的多重比对需要高效率的比对算法。论文开发出一个新的比对工具“超级多重基因组比对”(简称SMGA),该系统是建立在序列突变与比对的“模代数”理论基础上专为长基因组序列的多重比对设计的。SMGA在一台主频2.8G的PC机上完成平均长度约5M的9条有机菌基因组的多重比对的时间大约为35min。论文还使用模拟数据对SMGA的比对精确度做了估计。 展开更多
关键词 多重序列比对 “模代数”理论 后缀树 锚定
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数据压缩在序列比对中的应用
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作者 杜娟 呼广跃 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2008年第22期241-243,共3页
同源或非同源长基因组序列的分析比较需要高效率的比对算法。开发出一个新的两两比对工具"超级压缩比对"(简称SCA),该系统是建立在Sequitur编码理论专为长基因组序列的两两比对设计。SCA是一个线性算法,并且能够处理序列重排... 同源或非同源长基因组序列的分析比较需要高效率的比对算法。开发出一个新的两两比对工具"超级压缩比对"(简称SCA),该系统是建立在Sequitur编码理论专为长基因组序列的两两比对设计。SCA是一个线性算法,并且能够处理序列重排。实验证明SCA算法能够准确快速的完成长基因组序列的比对。 展开更多
关键词 序列比对 Sequitur码 锚定
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