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慢性乙型肝炎急性发作期患者肠道菌群的变化
1
作者
周灏溦
陆振华
+5 位作者
付婷
贺真
孔祥宇
李怡君
张维璐
邵中军
《中华老年多器官疾病杂志》
2023年第9期641-646,共6页
目的应用16S核糖体核糖核酸(16S rRNA)扩增子测序技术对慢性乙型肝炎(CHB)急性发作期患者和健康人群的肠道菌群进行分析,探讨肠道菌群对CHB急性发作期患者的影响及可能的作用机制。方法采用病例对照研究设计方法,收集2021年4月至9月于...
目的应用16S核糖体核糖核酸(16S rRNA)扩增子测序技术对慢性乙型肝炎(CHB)急性发作期患者和健康人群的肠道菌群进行分析,探讨肠道菌群对CHB急性发作期患者的影响及可能的作用机制。方法采用病例对照研究设计方法,收集2021年4月至9月于空军军医大学第二附属医院感染科入院治疗的20例CHB急性发作期患者(CHB组)和体检科23名健康对照者(对照组)的粪便样本和临床资料。利用16S rRNA高通量测序技术对参与人群肠道菌群的V3~V4区基因扩增产物进行测序。采用R语言中“t.test”函数进行独立样本t检验,分析2组人群肠道菌群的α多样性差异。使用R语言中的“ade4”包,基于加权Unifrac距离进行主坐标分析,比较2组人群肠道菌群的β多样性差异。使用R语言中“t.test”函数进行独立样本t检验,分析2组人群肠道菌群在门、科和属水平上的差异。使用PICRUST2软件对肠道菌群代谢通路进行预测分析。结果α多样性分析显示,与对照组相比,CHB急性发作期患者肠道菌群物种多样性及丰富度均显著降低(P<0.001)。β多样性分析显示,2组人群的菌群群落各自聚类,组间比较差异有统计学意义(F=4.931,P=0.001)。在门水平上,CHB急性发作期患者菌群中厚壁菌门(Firmicutes)的相对丰度显著低于对照组,放线菌门(Actinobacteria)的相对丰度显著高于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。在科水平上,CHB急性发作期患者菌群中紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、月形单细胞菌科(Selenomonadaceae)和瘤胃球菌科(Ruminococcaceaede)的相对丰度显著低于对照组,链球菌科(Streptococcaceae)的相对丰度显著高于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。在属水平上,CHB急性发作期患者菌群中另枝菌属(Alistipes)、类杆菌属(Bacteroides)、布劳特氏菌属(Blautia)、梭状芽胞杆菌属(Clostridium)、小杆菌属(Dialister)、栖粪杆菌属(Faecalibacterium)、芽殖菌属(Gemmiger)、丝状菌属(Kineothrix)、巨单胞菌属(Megamonas)、副拟杆菌属(Parabacteroides)以及瘤胃球菌属(Ruminococcus)11个菌属的相对丰度显著低于对照组,普雷沃氏菌属(Prevotella)和韦荣氏球菌属(Veillonella)的相对丰度显著高于对照组,差异均有统计学意义(均P<0.05)。肠道菌群功能预测分析显示,与对照组相比,CHB急性发作期患者与聚糖生物合成和代谢以及脂质代谢相关的基因更丰富。结论CHB急性发作期患者肠道菌群的多样性和丰富度均较健康人群显著降低,其菌落结构发生了显著改变。肠道菌群失调可能是导致CHB急性发病的重要原因。
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关键词
慢性乙型肝炎
急性发作
肠道菌群
16S核糖体核糖核酸
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职称材料
基于癌症基因组图谱数据库构建肝细胞癌相关miRNA-mRNA调控网络
被引量：
3
2
作者
孔祥宇
李怡君
+5 位作者
周灏溦
伍维康
付婷
贺真
邵中军
张维璐
《中华老年多器官疾病杂志》
2023年第3期201-208,共8页
目的探讨肝细胞癌(HCC)发病机制,为HCC的诊断和临床治疗提供依据。方法基于癌症基因组图谱数据库,鉴定HCC样本与癌旁组织样本之间差异表达的miRNA与mRNA。通过miRDB、TargetScan数据库预测差异表达miRNA的靶基因,并与差异mRNA取交集确...
目的探讨肝细胞癌(HCC)发病机制,为HCC的诊断和临床治疗提供依据。方法基于癌症基因组图谱数据库,鉴定HCC样本与癌旁组织样本之间差异表达的miRNA与mRNA。通过miRDB、TargetScan数据库预测差异表达miRNA的靶基因,并与差异mRNA取交集确定目标基因。使用FunRich软件预测在HCC差异表达miRNA中的潜在转录因子。利用Bioconductor中的clusterProfiler包进行功能注释和途径富集分析。通过STRING数据库构建了蛋白质-蛋白质相互作用网络,对前20个枢纽基因进行表达验证和生存分析。结果对375例HCC样本、50例癌旁样本进行差异miRNA分析,共鉴定出300个差异表达的miRNA。对374例HCC样本、50例癌旁样本进行差异mRNA分析,共鉴定出1106个差异表达的mRNA。分别在上调的和下调的miRNA中选择20个差异表达最显著的miRNA预测其靶基因。对131个候选基因进行功能富集分析,结果显示主要与缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解,碳代谢以及催乳素信号通路等途径有关。结论在肝细胞癌中异常表达的miRNA-mRNA通路可能成为肝细胞癌诊断的新型生物标志物,为诊断和临床治疗提供依据。
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关键词
肝细胞癌
MICRORNA
靶基因
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职称材料
题名
慢性乙型肝炎急性发作期患者肠道菌群的变化
1
作者
周灏溦
陆振华
付婷
贺真
孔祥宇
李怡君
张维璐
邵中军
机构
包头医学院公共卫生学院
空军军医大学军事预防医学系军队防疫与流行病学教研室
出处
《中华老年多器官疾病杂志》
2023年第9期641-646,共6页
基金
国家自然科学基金面上项目(81773488)
陕西省自然科学基金青年项目(2021 JQ-341)。
文摘
目的应用16S核糖体核糖核酸(16S rRNA)扩增子测序技术对慢性乙型肝炎(CHB)急性发作期患者和健康人群的肠道菌群进行分析,探讨肠道菌群对CHB急性发作期患者的影响及可能的作用机制。方法采用病例对照研究设计方法,收集2021年4月至9月于空军军医大学第二附属医院感染科入院治疗的20例CHB急性发作期患者(CHB组)和体检科23名健康对照者(对照组)的粪便样本和临床资料。利用16S rRNA高通量测序技术对参与人群肠道菌群的V3~V4区基因扩增产物进行测序。采用R语言中“t.test”函数进行独立样本t检验,分析2组人群肠道菌群的α多样性差异。使用R语言中的“ade4”包,基于加权Unifrac距离进行主坐标分析,比较2组人群肠道菌群的β多样性差异。使用R语言中“t.test”函数进行独立样本t检验,分析2组人群肠道菌群在门、科和属水平上的差异。使用PICRUST2软件对肠道菌群代谢通路进行预测分析。结果α多样性分析显示,与对照组相比,CHB急性发作期患者肠道菌群物种多样性及丰富度均显著降低(P<0.001)。β多样性分析显示,2组人群的菌群群落各自聚类,组间比较差异有统计学意义(F=4.931,P=0.001)。在门水平上,CHB急性发作期患者菌群中厚壁菌门(Firmicutes)的相对丰度显著低于对照组,放线菌门(Actinobacteria)的相对丰度显著高于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。在科水平上,CHB急性发作期患者菌群中紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、月形单细胞菌科(Selenomonadaceae)和瘤胃球菌科(Ruminococcaceaede)的相对丰度显著低于对照组,链球菌科(Streptococcaceae)的相对丰度显著高于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。在属水平上,CHB急性发作期患者菌群中另枝菌属(Alistipes)、类杆菌属(Bacteroides)、布劳特氏菌属(Blautia)、梭状芽胞杆菌属(Clostridium)、小杆菌属(Dialister)、栖粪杆菌属(Faecalibacterium)、芽殖菌属(Gemmiger)、丝状菌属(Kineothrix)、巨单胞菌属(Megamonas)、副拟杆菌属(Parabacteroides)以及瘤胃球菌属(Ruminococcus)11个菌属的相对丰度显著低于对照组,普雷沃氏菌属(Prevotella)和韦荣氏球菌属(Veillonella)的相对丰度显著高于对照组,差异均有统计学意义(均P<0.05)。肠道菌群功能预测分析显示,与对照组相比,CHB急性发作期患者与聚糖生物合成和代谢以及脂质代谢相关的基因更丰富。结论CHB急性发作期患者肠道菌群的多样性和丰富度均较健康人群显著降低,其菌落结构发生了显著改变。肠道菌群失调可能是导致CHB急性发病的重要原因。
关键词
慢性乙型肝炎
急性发作
肠道菌群
16S核糖体核糖核酸
Keywords
chronic hepatitis B
acute exacerbation
intestinal flora
16S ribosomal ribonucleic acid
分类号
R512.62 [医药卫生—内科学]
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职称材料
题名
基于癌症基因组图谱数据库构建肝细胞癌相关miRNA-mRNA调控网络
被引量：
3
2
作者
孔祥宇
李怡君
周灏溦
伍维康
付婷
贺真
邵中军
张维璐
机构
包头医学院公共卫生学院
空军军医大学军事预防医学系军队防疫与流行病学教研室
甘肃中医药大学公共卫生学院
出处
《中华老年多器官疾病杂志》
2023年第3期201-208,共8页
基金
国家自然科学基金面上项目(81773488)
陕西省自然科学基金青年项目(2021 JQ-341)。
文摘
目的探讨肝细胞癌(HCC)发病机制,为HCC的诊断和临床治疗提供依据。方法基于癌症基因组图谱数据库,鉴定HCC样本与癌旁组织样本之间差异表达的miRNA与mRNA。通过miRDB、TargetScan数据库预测差异表达miRNA的靶基因,并与差异mRNA取交集确定目标基因。使用FunRich软件预测在HCC差异表达miRNA中的潜在转录因子。利用Bioconductor中的clusterProfiler包进行功能注释和途径富集分析。通过STRING数据库构建了蛋白质-蛋白质相互作用网络,对前20个枢纽基因进行表达验证和生存分析。结果对375例HCC样本、50例癌旁样本进行差异miRNA分析,共鉴定出300个差异表达的miRNA。对374例HCC样本、50例癌旁样本进行差异mRNA分析,共鉴定出1106个差异表达的mRNA。分别在上调的和下调的miRNA中选择20个差异表达最显著的miRNA预测其靶基因。对131个候选基因进行功能富集分析,结果显示主要与缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解,碳代谢以及催乳素信号通路等途径有关。结论在肝细胞癌中异常表达的miRNA-mRNA通路可能成为肝细胞癌诊断的新型生物标志物,为诊断和临床治疗提供依据。
关键词
肝细胞癌
MICRORNA
靶基因
Keywords
hepatocellular carcinoma
microRNA
target genes
分类号
R735.7 [医药卫生—肿瘤]
R181.13 [医药卫生—流行病学]
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1
慢性乙型肝炎急性发作期患者肠道菌群的变化
周灏溦
陆振华
付婷
贺真
孔祥宇
李怡君
张维璐
邵中军
《中华老年多器官疾病杂志》
2023
0
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职称材料
2
基于癌症基因组图谱数据库构建肝细胞癌相关miRNA-mRNA调控网络
孔祥宇
李怡君
周灏溦
伍维康
付婷
贺真
邵中军
张维璐
《中华老年多器官疾病杂志》
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