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马尾松蔗糖磷酸合酶基因的克隆和表达分析
1
作者
吴荣菊
文晓鹏
+3 位作者
李正春
梅利那
申洛男
吴泽英
《森林与环境学报》
CSCD
北大核心
2022年第2期199-207,共9页
通过挖掘4个马尾松蔗糖磷酸合酶基因(PmSPS1~PmSPS4),探究SPS基因在马尾松中的表达特性及功能。利用马尾松转录组数据挖掘SPS基因,对基因进行克隆及生物信息学分析,用实时荧光定量PCR检测其在马尾松不同组织、高低产脂种质和低磷胁迫中...
通过挖掘4个马尾松蔗糖磷酸合酶基因(PmSPS1~PmSPS4),探究SPS基因在马尾松中的表达特性及功能。利用马尾松转录组数据挖掘SPS基因,对基因进行克隆及生物信息学分析,用实时荧光定量PCR检测其在马尾松不同组织、高低产脂种质和低磷胁迫中的相对表达量。结果从马尾松针叶中克隆获得4个SPS基因,开放阅读框(open reading frame, ORF)长度为1 701~3 243 bp,编码566~1 080个氨基酸。进化分析表明,PmSPS1和PmSPS3同属A亚族,PmSPS2和PmSPS4同属B亚族。组织特异性分析发现,PmSPS2和PmSPS4在针叶中表达量最高,PmSPS1和PmSPS3在树皮中表达量最高;PmSPS1和PmSPS3在幼嫩组织和成熟组织表达差异不显著,PmSPS2和PmSPS4在成熟针叶中的表达量显著高于嫩叶(P<0.05),在嫩茎和成熟茎间差异不显著。PmSPS1和PmSPS3的表达量在高、低产脂种质中差异不显著,PmSPS2和PmSPS4在高产脂种质针叶中的表达水平高于低产脂,在高产脂木质部中低于低产脂。低磷胁迫处理后,4个PmSPS基因在针叶中的表达水平均为上调,其中PmSPS2基因表达量最高,达到对照组的3.18倍。综合以上分析结果,克隆得到的4个马尾松SPS基因分布于A、 B亚族中,不同亚族基因呈现出不同的表达特性,为后续深入研究SPS家族基因在马尾松中的功能提供了理论依据。
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关键词
马尾松
蔗糖合成
蔗糖磷酸合酶
组织
低磷胁迫
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职称材料
水稻温敏型叶色突变体tsa58的变异检测及转录组分析
2
作者
陈能刚
鄢小青
+3 位作者
李欢
杨占烈
吴荣菊
陈锋
《种子》
北大核心
2023年第5期1-8,共8页
利用60 Co辐射诱变贵州地方粳稻种质资源“桥港珍珠米”,筛选获得一个温敏型叶色突变体tsa58(temperature-sensitive albino 58),该突变体在20℃和30℃条件下培养,幼苗存在显著的叶色差异。在20℃条件下,tsa58叶片呈现完全白化;在30℃...
利用60 Co辐射诱变贵州地方粳稻种质资源“桥港珍珠米”,筛选获得一个温敏型叶色突变体tsa58(temperature-sensitive albino 58),该突变体在20℃和30℃条件下培养,幼苗存在显著的叶色差异。在20℃条件下,tsa58叶片呈现完全白化;在30℃条件下,tsa58叶色与野生型无明显差异。在20℃条件下,与野生型相比,tsa58叶片的总叶绿素、叶绿素a、叶绿素b和类胡萝卜素含量降低幅度最大,均达到极显著差异水平;在30℃条件下,与野生型相比,tsa58叶片的总叶绿素、叶绿素a、叶绿素b和类胡萝卜素含量均与野生型无显著差异。为了明确该突变表型的候选基因,采用二代高通量测序技术对突变体tsa58和野生型进行全基因组变异分析。研究发现,在定位区间内的20878044~21473236间发生了INV(倒置)结构变异,其位点21473236位于Os02g0565400的外显子上。转录组分析结果表明,该基因在野生型中存在TSS、TTS、AE等3种剪接类型,并存在5个不同的剪接位点,而突变体tsa58未检测到可变剪接。由于该INV变异导致该基因的可变剪接类型发生变化,因此推测tsa58为Os02g0565400(WSL4)的新等位突变体。转录组差异基因分析表明,突变体tsa58与野生型的差异基因在核糖体最多,为27个,其中由叶绿体基因组编码的基因rps7、rpl32、rpl20和rps16均显著下调,而由细胞核基因组编码的基因中除OsRPL44显著下调外,其余基因均显著上调。
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关键词
水稻
温敏型叶色突变体
变异检测
转录组分析
辐射诱变
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职称材料
题名
马尾松蔗糖磷酸合酶基因的克隆和表达分析
1
作者
吴荣菊
文晓鹏
李正春
梅利那
申洛男
吴泽英
机构
贵州大学生命科学学院
贵州大学农业生物工程研究院
贵州大学林学院
出处
《森林与环境学报》
CSCD
北大核心
2022年第2期199-207,共9页
基金
国家重点研发计划项目“马尾松大径材定向培育技术研究”(2017YFD0600302)。
文摘
通过挖掘4个马尾松蔗糖磷酸合酶基因(PmSPS1~PmSPS4),探究SPS基因在马尾松中的表达特性及功能。利用马尾松转录组数据挖掘SPS基因,对基因进行克隆及生物信息学分析,用实时荧光定量PCR检测其在马尾松不同组织、高低产脂种质和低磷胁迫中的相对表达量。结果从马尾松针叶中克隆获得4个SPS基因,开放阅读框(open reading frame, ORF)长度为1 701~3 243 bp,编码566~1 080个氨基酸。进化分析表明,PmSPS1和PmSPS3同属A亚族,PmSPS2和PmSPS4同属B亚族。组织特异性分析发现,PmSPS2和PmSPS4在针叶中表达量最高,PmSPS1和PmSPS3在树皮中表达量最高;PmSPS1和PmSPS3在幼嫩组织和成熟组织表达差异不显著,PmSPS2和PmSPS4在成熟针叶中的表达量显著高于嫩叶(P<0.05),在嫩茎和成熟茎间差异不显著。PmSPS1和PmSPS3的表达量在高、低产脂种质中差异不显著,PmSPS2和PmSPS4在高产脂种质针叶中的表达水平高于低产脂,在高产脂木质部中低于低产脂。低磷胁迫处理后,4个PmSPS基因在针叶中的表达水平均为上调,其中PmSPS2基因表达量最高,达到对照组的3.18倍。综合以上分析结果,克隆得到的4个马尾松SPS基因分布于A、 B亚族中,不同亚族基因呈现出不同的表达特性,为后续深入研究SPS家族基因在马尾松中的功能提供了理论依据。
关键词
马尾松
蔗糖合成
蔗糖磷酸合酶
组织
低磷胁迫
Keywords
Pinus massoniana Lamb.
sucrose synthesis
sucrose phosphate synthase(SPS)
tissue
low phosphorus stress
分类号
Q786 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
水稻温敏型叶色突变体tsa58的变异检测及转录组分析
2
作者
陈能刚
鄢小青
李欢
杨占烈
吴荣菊
陈锋
机构
贵州省农业科学院农作物品种资源研究所
出处
《种子》
北大核心
2023年第5期1-8,共8页
基金
贵州省自然科学基金项目“水稻粒宽新基因GS 114的基因克隆与功能研究”(黔科合基础-ZK[2022]一般243)
贵州省科技支撑计划项目“农作物和食用菌种质资源精准鉴定评价(表型和基因型精准鉴定)”(黔科合支撑[2022]重点025号)
+1 种基金
贵州省科技支撑计划项目“农作物种质资源精准鉴定评价(优异基因挖掘与利用)”(黔科合支撑[2022]重点026号)
贵州省科技计划项目“贵州省育种科研基础平台创新能力建设”(黔科合服企[2022]014)。
文摘
利用60 Co辐射诱变贵州地方粳稻种质资源“桥港珍珠米”,筛选获得一个温敏型叶色突变体tsa58(temperature-sensitive albino 58),该突变体在20℃和30℃条件下培养,幼苗存在显著的叶色差异。在20℃条件下,tsa58叶片呈现完全白化;在30℃条件下,tsa58叶色与野生型无明显差异。在20℃条件下,与野生型相比,tsa58叶片的总叶绿素、叶绿素a、叶绿素b和类胡萝卜素含量降低幅度最大,均达到极显著差异水平;在30℃条件下,与野生型相比,tsa58叶片的总叶绿素、叶绿素a、叶绿素b和类胡萝卜素含量均与野生型无显著差异。为了明确该突变表型的候选基因,采用二代高通量测序技术对突变体tsa58和野生型进行全基因组变异分析。研究发现,在定位区间内的20878044~21473236间发生了INV(倒置)结构变异,其位点21473236位于Os02g0565400的外显子上。转录组分析结果表明,该基因在野生型中存在TSS、TTS、AE等3种剪接类型,并存在5个不同的剪接位点,而突变体tsa58未检测到可变剪接。由于该INV变异导致该基因的可变剪接类型发生变化,因此推测tsa58为Os02g0565400(WSL4)的新等位突变体。转录组差异基因分析表明,突变体tsa58与野生型的差异基因在核糖体最多,为27个,其中由叶绿体基因组编码的基因rps7、rpl32、rpl20和rps16均显著下调,而由细胞核基因组编码的基因中除OsRPL44显著下调外,其余基因均显著上调。
关键词
水稻
温敏型叶色突变体
变异检测
转录组分析
辐射诱变
Keywords
rice
thermo-sensitive leaf color mutant
variation detection
transcriptome analysis
radiation
分类号
S511 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
马尾松蔗糖磷酸合酶基因的克隆和表达分析
吴荣菊
文晓鹏
李正春
梅利那
申洛男
吴泽英
《森林与环境学报》
CSCD
北大核心
2022
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
水稻温敏型叶色突变体tsa58的变异检测及转录组分析
陈能刚
鄢小青
李欢
杨占烈
吴荣菊
陈锋
《种子》
北大核心
2023
0
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职称材料
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