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基于PC/Linux的核酸序列电子延伸系统的构建及其应用
被引量：
5
1
作者
张成岗
孙焕东
+2 位作者
欧阳曙光
吴松峰
贺福初
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2002年第1期50-54,共5页
新基因全长cDNA序列的获得常常是分子生物学工作者面临的难题。人类基因组计划及其相关计划的实施导致了大量表达序列标签 (EST)的产生。利用一定的生物信息学算法 ,这些EST序列往往可用来对新基因片段进行延伸。采用Linux操作系统 ,利...
新基因全长cDNA序列的获得常常是分子生物学工作者面临的难题。人类基因组计划及其相关计划的实施导致了大量表达序列标签 (EST)的产生。利用一定的生物信息学算法 ,这些EST序列往往可用来对新基因片段进行延伸。采用Linux操作系统 ,利用Blast软件和Phrap软件以及EST数据库在微机上构建了EST序列的电子延伸系统 ,并对来自于人胎肝的 11386条EST序列和 5 11条插入片段全长cDNA序列进行了电子延伸 ,结果显示8373条EST序列和 389条插入片段全长cDNA序列得到了程度不等的延伸 ,部分结果通过RACE实验得到证实。该套系统可高效地、规模化进行EST序列的延伸 ,可为通过实验获得新基因全长cDNA序列提供重要线索。
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关键词
生物信息学
表达序列标签
CDNA
电子序列延伸
微机
核酸序列
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职称材料
题名
基于PC/Linux的核酸序列电子延伸系统的构建及其应用
被引量：
5
1
作者
张成岗
孙焕东
欧阳曙光
吴松峰
贺福初
机构
军事医学科学院放射医学研究所
军事医学科学院情报信息研究所
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2002年第1期50-54,共5页
基金
军事医学科学院科技创新研究启动基金 ( 990 5 10 5 )
国家"86 3"项目 ( 86 3- 10 2- 10- 0 4- 0 4)
+4 种基金
国家杰出青年科学基金 ( 396 2 0 5 14 )
国家自然科学基金重点项目 ( 39730 310
39970 2 47)
国家自然科学基金项目 ( 3990 0 0 41
3990 0 0 74)部分资
文摘
新基因全长cDNA序列的获得常常是分子生物学工作者面临的难题。人类基因组计划及其相关计划的实施导致了大量表达序列标签 (EST)的产生。利用一定的生物信息学算法 ,这些EST序列往往可用来对新基因片段进行延伸。采用Linux操作系统 ,利用Blast软件和Phrap软件以及EST数据库在微机上构建了EST序列的电子延伸系统 ,并对来自于人胎肝的 11386条EST序列和 5 11条插入片段全长cDNA序列进行了电子延伸 ,结果显示8373条EST序列和 389条插入片段全长cDNA序列得到了程度不等的延伸 ,部分结果通过RACE实验得到证实。该套系统可高效地、规模化进行EST序列的延伸 ,可为通过实验获得新基因全长cDNA序列提供重要线索。
关键词
生物信息学
表达序列标签
CDNA
电子序列延伸
微机
核酸序列
Keywords
bioinformatics
expressed sequence tag
cDNA
in Silico sequence elongation
personal computer
Linux operation system
分类号
Q52 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于PC/Linux的核酸序列电子延伸系统的构建及其应用
张成岗
孙焕东
欧阳曙光
吴松峰
贺福初
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2002
5
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