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猪细小病毒1型河南流行毒株的遗传进化分析
被引量:
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作者
许夕雅
丁晨梦
+7 位作者
孙亚威
韩紫薇
齐江坤
吕晨哲
石蒙蒙
郭子仪
邓梦梦
陈陆
《河南农业大学学报》
CAS
CSCD
2023年第2期288-297,351,共11页
【目的】监测河南省猪细小病毒1型(porcine parvovirus 1,PPV1)的变异情况。【方法】采集自河南省鹤壁市和安阳市初产母猪的流产胎儿阳性样品,利用PCR方法鉴定获得2株PPV1流行毒株,经过全基因组测序,分别命名为CH/HN-H/2021和CH/HN-3/2...
【目的】监测河南省猪细小病毒1型(porcine parvovirus 1,PPV1)的变异情况。【方法】采集自河南省鹤壁市和安阳市初产母猪的流产胎儿阳性样品,利用PCR方法鉴定获得2株PPV1流行毒株,经过全基因组测序,分别命名为CH/HN-H/2021和CH/HN-3/2021。通过分析同源性和构建遗传进化树分析PPV1全基因组、NS1基因、VP2基因的变异情况,并且比对分析NS1蛋白和VP2蛋白的氨基酸变异情况及非编码区基因缺失情况。【结果】2条序列的核苷酸相似性为99.9%;与46株国内外PPV1流行毒株全基因组的核苷酸同源性为93.5%~99.9%;NS1基因核苷酸同源性为98.6%~99.9%,NS1蛋白氨基酸同源性为98.2%~99.9%;VP2基因核苷酸同源性为98.4%~99.9%,VP2蛋白氨基酸同源性为98.3%~99.9%,说明本研究鉴定的毒株呈现遗传进化稳定性。本研究鉴定株与湖南及吉林毒株亲缘关系最近,而与河南原有毒株亲缘关系较远。在对NS1蛋白与VP2蛋白的氨基酸变异分析中发现,NS1蛋白发生6处突变,VP2蛋白发生7处突变,均在经典突变位点范围内,符合PPV1遗传变异的保守性。鉴定株VP2基因后部非编码区基因与NADL-2株相比缺失127 nt。【结论】本研究鉴定的毒株呈现遗传进化稳定性,河南省存在新旧PPV1毒株同时流行的情况。
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关键词
猪细小病毒1型
全基因组测序
遗传变异分析
NS1基因
VP2基因
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题名
猪细小病毒1型河南流行毒株的遗传进化分析
被引量:
4
1
作者
许夕雅
丁晨梦
孙亚威
韩紫薇
齐江坤
吕晨哲
石蒙蒙
郭子仪
邓梦梦
陈陆
机构
河南农业大学动物医学院
出处
《河南农业大学学报》
CAS
CSCD
2023年第2期288-297,351,共11页
基金
国家自然科学基金项目(31772781)。
文摘
【目的】监测河南省猪细小病毒1型(porcine parvovirus 1,PPV1)的变异情况。【方法】采集自河南省鹤壁市和安阳市初产母猪的流产胎儿阳性样品,利用PCR方法鉴定获得2株PPV1流行毒株,经过全基因组测序,分别命名为CH/HN-H/2021和CH/HN-3/2021。通过分析同源性和构建遗传进化树分析PPV1全基因组、NS1基因、VP2基因的变异情况,并且比对分析NS1蛋白和VP2蛋白的氨基酸变异情况及非编码区基因缺失情况。【结果】2条序列的核苷酸相似性为99.9%;与46株国内外PPV1流行毒株全基因组的核苷酸同源性为93.5%~99.9%;NS1基因核苷酸同源性为98.6%~99.9%,NS1蛋白氨基酸同源性为98.2%~99.9%;VP2基因核苷酸同源性为98.4%~99.9%,VP2蛋白氨基酸同源性为98.3%~99.9%,说明本研究鉴定的毒株呈现遗传进化稳定性。本研究鉴定株与湖南及吉林毒株亲缘关系最近,而与河南原有毒株亲缘关系较远。在对NS1蛋白与VP2蛋白的氨基酸变异分析中发现,NS1蛋白发生6处突变,VP2蛋白发生7处突变,均在经典突变位点范围内,符合PPV1遗传变异的保守性。鉴定株VP2基因后部非编码区基因与NADL-2株相比缺失127 nt。【结论】本研究鉴定的毒株呈现遗传进化稳定性,河南省存在新旧PPV1毒株同时流行的情况。
关键词
猪细小病毒1型
全基因组测序
遗传变异分析
NS1基因
VP2基因
Keywords
porcine parvovirus 1
complete genome sequencing
genetic evolution analysis
NS1 gene
VP2 gene
分类号
S855.3 [农业科学—临床兽医学]
S852.651 [农业科学—基础兽医学]
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作者
出处
发文年
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1
猪细小病毒1型河南流行毒株的遗传进化分析
许夕雅
丁晨梦
孙亚威
韩紫薇
齐江坤
吕晨哲
石蒙蒙
郭子仪
邓梦梦
陈陆
《河南农业大学学报》
CAS
CSCD
2023
4
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