期刊导航
期刊开放获取
上海教育软件发展有限公..
期刊文献
+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
检索
高级检索
期刊导航
共找到
1
篇文章
<
1
>
每页显示
20
50
100
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
已选文献
显示方式：
文摘
详细
列表
相关度排序
被引量排序
时效性排序
杂交构树UGDH基因家族生物信息学分析及表达特性分析
1
作者
高娜
吕昕霏
+2 位作者
刘佳欣
白玉娥
吉仁花
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第11期120-132,共13页
【目的】对杂交构树UGDH基因家族成员进行克隆、生物信息学及表达特性分析。【方法】利用杂交构树(Broussonetia kazinoki×Broussonetia papyifera)的转录组数据获取UGDH基因序列,分别命名为BpUGDH1、BpUGDH2和BpUGDH4,设计引物克...
【目的】对杂交构树UGDH基因家族成员进行克隆、生物信息学及表达特性分析。【方法】利用杂交构树(Broussonetia kazinoki×Broussonetia papyifera)的转录组数据获取UGDH基因序列,分别命名为BpUGDH1、BpUGDH2和BpUGDH4,设计引物克隆杂交构树的UGDH基因家族成员(其中BpUGDH3在前期研究中已克隆),采用ExPASy、TMHMMServerv2.0、Swiss-ModeL、SOPMA、MEGA11.0等软件进行了生物信息学分析;采用qRT-PCR对不同器官组织进行基因表达差异分析。【结果】通过克隆获得了杂交构树UGDH1、UGDH2、UGDH3和UGDH4基因全长序列分别为1 895、927、1 658和481 bp,编码480、294、480和131个氨基酸;其中BpUGDH2为疏水性蛋白,其余为亲水性蛋白。BpUGDH基因均不含信号肽;均无跨膜结构域,蛋白均存在PLNO2353 superfamily一个超家族保守结构域。多序列比对得出BpUGDH1、BpUGDH2、BpUGDH3、BpUGDH4蛋白序列之间相似性为68.39%;系统进化树BpUGDH1同大豆UGDH2聚为一类;BpUGDH2和大豆UGDH4亲缘关系较近,同时BpUGDH2和BpUGDH4聚为一类,BpUGDH4和水稻UGDH1、水稻UGDH2以及玉米UGDH2亲缘关系近;BpUGDH3和拟南芥UGDH3有较近的亲缘关系。蛋白二级结构分析表明BpUGDH1、BpUGDH2、BpUGD4均以α螺旋和无规则卷曲为主,BpUGDH3则以无规则卷曲为主,占39.79%。qRT-PCR结果显示BpUGDH1在叶的表达量最高;BpUGDH2在根的表达量最高;BpUGDH3在茎中的表达量最高,BpUGDH4在茎的表达量最高,该基因家族均在茎中表达。【结论】本研究克隆得到了杂交构树UGDH1、UGDH2、UGDH4基因并与吉仁花克隆所得的杂交构树UGDH3基因共同进行生物信息学分析,为研究探讨各基因之间在调控半纤维素和果胶含量及二者相互作用奠定了一定理论基础。
展开更多
关键词
杂交构树
UGDH基因
生物信息学分析
表达分析
在线阅读
下载PDF
职称材料
题名
杂交构树UGDH基因家族生物信息学分析及表达特性分析
1
作者
高娜
吕昕霏
刘佳欣
白玉娥
吉仁花
机构
内蒙古农业大学林学院
出处
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第11期120-132,共13页
基金
内蒙古自治区地区科学基金项目(32360402)
内蒙古自治区教育厅高等学校科学研究项目(NJZY22501)
内蒙古农业大学人才引进科研启动项目(NDYB2020-14)。
文摘
【目的】对杂交构树UGDH基因家族成员进行克隆、生物信息学及表达特性分析。【方法】利用杂交构树(Broussonetia kazinoki×Broussonetia papyifera)的转录组数据获取UGDH基因序列,分别命名为BpUGDH1、BpUGDH2和BpUGDH4,设计引物克隆杂交构树的UGDH基因家族成员(其中BpUGDH3在前期研究中已克隆),采用ExPASy、TMHMMServerv2.0、Swiss-ModeL、SOPMA、MEGA11.0等软件进行了生物信息学分析;采用qRT-PCR对不同器官组织进行基因表达差异分析。【结果】通过克隆获得了杂交构树UGDH1、UGDH2、UGDH3和UGDH4基因全长序列分别为1 895、927、1 658和481 bp,编码480、294、480和131个氨基酸;其中BpUGDH2为疏水性蛋白,其余为亲水性蛋白。BpUGDH基因均不含信号肽;均无跨膜结构域,蛋白均存在PLNO2353 superfamily一个超家族保守结构域。多序列比对得出BpUGDH1、BpUGDH2、BpUGDH3、BpUGDH4蛋白序列之间相似性为68.39%;系统进化树BpUGDH1同大豆UGDH2聚为一类;BpUGDH2和大豆UGDH4亲缘关系较近,同时BpUGDH2和BpUGDH4聚为一类,BpUGDH4和水稻UGDH1、水稻UGDH2以及玉米UGDH2亲缘关系近;BpUGDH3和拟南芥UGDH3有较近的亲缘关系。蛋白二级结构分析表明BpUGDH1、BpUGDH2、BpUGD4均以α螺旋和无规则卷曲为主,BpUGDH3则以无规则卷曲为主,占39.79%。qRT-PCR结果显示BpUGDH1在叶的表达量最高;BpUGDH2在根的表达量最高;BpUGDH3在茎中的表达量最高,BpUGDH4在茎的表达量最高,该基因家族均在茎中表达。【结论】本研究克隆得到了杂交构树UGDH1、UGDH2、UGDH4基因并与吉仁花克隆所得的杂交构树UGDH3基因共同进行生物信息学分析,为研究探讨各基因之间在调控半纤维素和果胶含量及二者相互作用奠定了一定理论基础。
关键词
杂交构树
UGDH基因
生物信息学分析
表达分析
Keywords
Broussonetia papyrifera
UGDH gene
bioinformatics analysis
expression analysis
分类号
S794.9 [农业科学—林木遗传育种]
在线阅读
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
杂交构树UGDH基因家族生物信息学分析及表达特性分析
高娜
吕昕霏
刘佳欣
白玉娥
吉仁花
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
已选文献
上一页
1
下一页
到第
页
确定
用户登录
登录
IP登录
使用帮助
返回顶部
