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作物育种相关数据及大数据技术育种利用 被引量:18
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作者 樊龙江 王卫娣 +3 位作者 王斌 叶楚玉 舒庆尧 张辉 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期30-39,共10页
从18世纪首次获得人工杂交种到如今基因工程育种,作物育种技术发展迅速,同时几百年的育种历程积攒了大量育种数据,特别是近年来伴随高通量测序技术的发展,产生了海量作物育种相关基因及其表达数据,形成了育种大数据。2012年以来在商业... 从18世纪首次获得人工杂交种到如今基因工程育种,作物育种技术发展迅速,同时几百年的育种历程积攒了大量育种数据,特别是近年来伴随高通量测序技术的发展,产生了海量作物育种相关基因及其表达数据,形成了育种大数据。2012年以来在商业、信息技术等领域发展迅猛的大数据技术,致力于解决大数据采集、存储及处理等壁垒,并在其他领域的应用初露端倪。本文利用创新方法 TRIZ(theory of inventive problem solving)流分析技术,综合分析了育种领域已有资源和目标达成的矛盾问题,提出大数据育种技术应用于作物育种的创新方案,明确了将大数据技术应用于育种领域的框架和实现目标。提出了基于大数据理念的育种技术,拟采集和整合已有育种数据资源,实现数据自动采集等,从而能够平衡育种数据膨胀/利用和育种需求产生的矛盾;构建基于大数据技术的育种数据信息化平台,实现作物育种方法理念的创新,可以为广大育种工作者提供数据支撑和一个育种新途径;为解析生物学数据与目标农艺性状的关系提供信息,加快育种现代化的进程。 展开更多
关键词 作物育种 大数据技术 育种方法 大数据育种技术 创新方法
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东乡野生稻叶绿体基因组拼接及系统进化分析(英文) 被引量:7
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作者 林张翔 王营营 +2 位作者 付菲 叶楚玉 樊龙江 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期397-403,共7页
为了优化叶绿体基因组DNA序列的获取和拼接方法,以东乡野生稻(Oryza rufipogon)嫩绿叶为材料,不需分离叶绿体DNA,利用高通量测序获得的全基因组短序列及叶绿体基因组高度保守的特性,与参考序列进行比对,从而组装拼接出叶绿体DNA序列,并... 为了优化叶绿体基因组DNA序列的获取和拼接方法,以东乡野生稻(Oryza rufipogon)嫩绿叶为材料,不需分离叶绿体DNA,利用高通量测序获得的全基因组短序列及叶绿体基因组高度保守的特性,与参考序列进行比对,从而组装拼接出叶绿体DNA序列,并同时利用生物信息学手段和聚合酶链反应扩增进行补洞.最终获得东乡野生稻完整叶绿体基因组序列,大小为134 537bp,大、小单拷贝区和反向互补重复区大小分别为80 585bp,12 346bp,20 803bp,共注释叶绿体基因152个.基于获取的东乡野生稻及其他稻属物种叶绿体基因组序列进行系统进化分析,研究结果支持已有的关于栽培籼粳稻起源的结论,即栽培籼粳稻分别与野生稻聚类到2个亚群中,其中粳稻与中国普通野生稻聚在1个亚群中,表明粳稻驯化起源于中国,而籼稻起源于另外一次独立驯化过程. 展开更多
关键词 野生稻 叶绿体基因组 高通量测序 水稻驯化 东乡野生稻(中国)
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胡杨中两个新DREB类基因的克隆、序列分析及转录激活功能研究 被引量:2
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作者 陈金焕 叶楚玉 +1 位作者 夏新莉 尹伟伦 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期27-33,共7页
DREB转录因子(干旱应答元件结合因子)是逆境适应中的关键调节因子。该类转录因子的特点是拥有保守的AP2/EREBP(APETALA2/乙烯应答元件结合蛋白)结构域,能够特异性地与抗逆基因启动子上的DRE元件相结合,在低温、干旱和盐碱等条件下调节... DREB转录因子(干旱应答元件结合因子)是逆境适应中的关键调节因子。该类转录因子的特点是拥有保守的AP2/EREBP(APETALA2/乙烯应答元件结合蛋白)结构域,能够特异性地与抗逆基因启动子上的DRE元件相结合,在低温、干旱和盐碱等条件下调节一系列下游逆境应答基因的表达。本研究从胡杨中分离出2个编码DREB2类蛋白的基因PeDREB3和PeDREB4。PeDREB3和PeDREB4在胡杨根、茎、叶中都有表达。序列分析显示,PeDREB3和PeDREB4均含有非典型性AP2/ERF结构域,即在AP2/EREBP结构域的第2个β折叠和第3个β折叠处多出8个氨基酸残基,用改进的酵母单杂交技术发现PeDREB3和PeDREB4能够在酵母中激活下游报告基因的表达,具有转录活性。 展开更多
关键词 胡杨 DREB转录因子 AP2/EREBP结构域 转录活性
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茶树“龙井43"叶绿体基因组测序及其系统进化(英文) 被引量:8
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作者 叶晓倩 赵忠辉 +5 位作者 朱全武 王营营 林张翔 叶楚玉 樊龙江 须海荣 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期404-412,共9页
利用高通量测序技术对中国茶树品种龙井43"叶绿体基因组的全序列进行测定,拼接补洞后再利用Sanger测序法对序列进行验证,最终得到龙井43"叶绿体基因组全序列(GenBank登录号:KF562708.1).该基因组大小为157 085bp,其中大... 利用高通量测序技术对中国茶树品种龙井43"叶绿体基因组的全序列进行测定,拼接补洞后再利用Sanger测序法对序列进行验证,最终得到龙井43"叶绿体基因组全序列(GenBank登录号:KF562708.1).该基因组大小为157 085bp,其中大单拷贝区的长度为86 642bp,小单拷贝区的长度为18 283bp,反向重复区的长度为26 080bp,共注释叶绿体基因134个.与韩国茶树品种叶绿体基因组序列比对,在编码区发现15个基因发生了非同义突变,在非编码区有100多个多态性位点,这些突变可作为茶树品种鉴定的DNA标记.同时,选取12个中国茶树品种,对其叶绿体基因组上的特异性片段(ycf1,psbA-trnH,psbK-psbI-psbI)进行测序比对并构建系统进化树.结果表明:12个茶树品种在进化树上分为2个亚群,其中凌云白毛茶"单独形成一支,其他11个品种形成一支;而11个品种中,龙井瓜子"龙井长叶"龙井圆叶"中茶102"形成一支,自展支持率为100%.表明利用叶绿体基因片段可有效区分茶树品种间的亲缘关系. 展开更多
关键词 龙井43 叶绿体基因组 高通量测序 亲缘关系 系统发育树
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植物非编码小RNA研究进展(英文)
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作者 沈恩惠 刘扬 +1 位作者 叶楚玉 樊龙江 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期370-378,共9页
在植物和动物中存在着大量非编码小RNA,它们通过对靶标mRNA直接切割或在转录后抑制其翻译对基因表达起调控作用.本文主要综述了该领域在以下2方面的研究进展.1)微RNA(miRNA)介导的具有相位排列的小干扰RNA(phasiRNA):由miRNA介导的phasi... 在植物和动物中存在着大量非编码小RNA,它们通过对靶标mRNA直接切割或在转录后抑制其翻译对基因表达起调控作用.本文主要综述了该领域在以下2方面的研究进展.1)微RNA(miRNA)介导的具有相位排列的小干扰RNA(phasiRNA):由miRNA介导的phasiRNA可由编码和非编码位点产生;介绍了phasiRNA产生的模式特征,以及phasiRNA和miRNA的进化机制.2)介绍了最近出现的内源miRNA诱捕靶标(endogenous target mimics,eTMs)研究进展,包括利用人工诱捕靶标检验miRNA的功能,通过生物信息学方法在全基因组水平计算识别eTMs等. 展开更多
关键词 微RNA 小干扰RNA 相位排列的小干扰RNA 内源诱捕靶标 生物信息学
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基于转录组的水稻‘甬籼15’早熟机制解析
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作者 张雨洁 杨繁婧 +3 位作者 应泉盛 姜洁锋 叶楚玉 施贤波 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 北大核心 2025年第2期228-239,共12页
‘甬籼15’是浙江省主推的早熟早籼稻品种,解析其早熟分子机制对早熟水稻育种具有重要意义。本研究对‘甬籼15’(早熟)及‘中早39’(中熟)在幼穗分化关键时期的转录组数据进行了系列分析。通过计算不同日期转录水平的皮尔逊相关系数,发... ‘甬籼15’是浙江省主推的早熟早籼稻品种,解析其早熟分子机制对早熟水稻育种具有重要意义。本研究对‘甬籼15’(早熟)及‘中早39’(中熟)在幼穗分化关键时期的转录组数据进行了系列分析。通过计算不同日期转录水平的皮尔逊相关系数,发现在水稻幼穗分化前后大量基因发生了差异表达。筛选阶段性差异表达的振荡基因发现,与茉莉酸(jasmonic acid, JA)合成及细胞壁合成有关的基因得到富集。时序聚类分析表明,JA合成及信号通路相关基因被特异性富集到了在幼穗分化开始后表达上调并在幼穗分化Ⅱ期后表达下降的基因簇中。通过比较振荡基因的表达模式,推测JA信号通路参与调控‘甬籼15’幼穗分化,并发现OsGI、OsFD1、RFL、OsMADS15、OsHESO1等基因可能通过影响‘甬籼15’的光周期通路促进其幼穗分化。研究结果为早熟水稻分子设计育种提供了新靶点。 展开更多
关键词 水稻 ‘甬籼15’ 早熟 幼穗分化 转录组
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植物基因组测序研究进展 被引量:11
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作者 谢玲娟 叶楚玉 沈恩惠 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期681-691,共11页
从第一个模式植物拟南芥被测序,植物基因组测序已经有21年的历史。随着科学技术的不断发展进步,测序成本大幅降低,基因组的组装质量显著提升。本文统计了2000-2020年间植物参考基因组从头测序的进展,分析了植物基因组测序数量变化与测... 从第一个模式植物拟南芥被测序,植物基因组测序已经有21年的历史。随着科学技术的不断发展进步,测序成本大幅降低,基因组的组装质量显著提升。本文统计了2000-2020年间植物参考基因组从头测序的进展,分析了植物基因组测序数量变化与测序技术发展之间的联系,以及测序基因组大小与倍性及重复序列的关系,总结了历年来测序物种的主要分类及其在系统发生树的分布,最后讨论了未来植物基因组潜在的研究方向。 展开更多
关键词 植物基因组 测序技术 基因组大小 物种分布 物种分类
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