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甲基多巴透过POPC磷脂双层膜过程的分子动力学模拟被引量：3: 1; 作者卞富永张继伟 +1 位作者王丹徐四川《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2014年第10期1947-1956,共10页; 采用分子动力学模拟研究甲基多巴分子透过磷脂双层膜的动力学机制.研究所采用的磷脂双层膜是一种卵磷脂脂质分子双层膜,即1-棕榈酰-2-油酰-卵磷脂(POPC)双层膜,分子动力学模拟基于Gromacs程序.通过分子动力学模拟获得甲基多巴透过POPC... 展开更多; 关键词甲基多巴高血压细胞膜 POPC 分子模拟分子动力学; 在线阅读下载PDF 职称材料

多巴胺第三受体蛋白三维结构及其活性位点氨基酸残基被引量：4: 2; 作者金毅王悦 +5 位作者卞富永史强葛茂发王树张兴康徐四川《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第10期2432-2446,共15页; 基于牛视紫红质模板蛋白,同源模建多巴胺第三受体(D_3R)蛋白三维结构,在1-棕榈酰-2-油酰-卵磷脂(POPC)膜-水模型环境,开展300 ns分子动力学模拟提炼优化其结构,取得稳定的D_3R蛋白三维结构(2B08-D_3R).在该蛋白基础上,采用MP2/6-31G(d,p... 展开更多; 关键词从头计算 D_3R 3PBL 活性位点分子动力学模拟同源模建; 在线阅读下载PDF 职称材料

星际媒介H_2NCH_2CN与H_2O反应中的H_2O分子偶合质子转移机理和氢隧道效应(英文) 被引量：1: 3; 作者徐四川马丽英 +3 位作者卞富永史强葛茂发张兴康《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第11期2312-2318,共7页; H2NCH2CN+H2O→H2NCH2C(OH)NH是一个重要的反应,涉及到星际媒介中甘氨酸的形成,与早期地球上的氨基酸起源有关.如果没有考虑氢隧道效应,在MP2/6-311+G(d,p)级别上计算反应能垒是254.7kJ·mol-1,在星际媒介中该气相反应很难进行.在... 展开更多; 关键词 H2NCH2CN H2NCH2C(OH)NH 星际媒介氨基酸起源质子转移氢原子隧道; 在线阅读下载PDF 职称材料

多巴胺在POPC磷脂双层膜中扩散和透过过程的分子动力学模拟被引量：6: 4; 作者张继伟卞富永 +1 位作者施国军徐四川《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2014年第1期183-193,共11页; 多巴胺作为脑组织内一种重要的神经递质在细胞膜内外需要做合适的迁移,发挥其功能.多巴胺在细胞膜中扩散和透过过程的分子动力学涉及到多巴胺分子保护通道的畅通,与精神分裂症等病症有关.本文采用1-棕榈酰-2-油酰-卵磷脂(POPC)双层膜模... 展开更多; 关键词多巴胺 POPC 细胞膜分子动力学模拟自由能; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名甲基多巴透过POPC磷脂双层膜过程的分子动力学模拟被引量：3: 1; 作者卞富永张继伟王丹徐四川; 机构云南大学化学科学与工程学院楚雄医药高等专科学校; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2014年第10期1947-1956,共10页; 基金国家自然科学基金(21163024) 云南省教育厅科学研究基金(2013Y529)资助~~; 文摘采用分子动力学模拟研究甲基多巴分子透过磷脂双层膜的动力学机制.研究所采用的磷脂双层膜是一种卵磷脂脂质分子双层膜,即1-棕榈酰-2-油酰-卵磷脂(POPC)双层膜,分子动力学模拟基于Gromacs程序.通过分子动力学模拟获得甲基多巴透过POPC双层膜的自由能垒是99.9 kJ·mol-1(310 K),显示甲基多巴分子可以透过细胞生物膜.模拟获得甲基多巴在POPC双层膜中间层扩散运动的自由能垒是16.9-27.7 kJ·mol-1(310 K),证明甲基多巴分子在细胞膜中间层容易扩散.研究工作加深了对甲基多巴治疗高血压病机制的理解,促进研发治疗高血压病的新药物.; 关键词甲基多巴高血压细胞膜 POPC 分子模拟分子动力学; Keywords Methyldopa Hypertension Cell membrane POPC Molecular simulation Moleculardynamics; 分类号 O643.1 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名多巴胺第三受体蛋白三维结构及其活性位点氨基酸残基被引量：4: 2; 作者金毅王悦卞富永史强葛茂发王树张兴康徐四川; 机构云南大学化学科学与工程学院中国科学院化学研究所中国科学院化学研究所有机固体重点实验室; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第10期2432-2446,共15页; 基金中国科学院百人计划,云南省人才基金(2006PY01-29) 国家自然科学基金(21163024)资助项目~~; 文摘基于牛视紫红质模板蛋白,同源模建多巴胺第三受体(D_3R)蛋白三维结构,在1-棕榈酰-2-油酰-卵磷脂(POPC)膜-水模型环境,开展300 ns分子动力学模拟提炼优化其结构,取得稳定的D_3R蛋白三维结构(2B08-D_3R).在该蛋白基础上,采用MP2/6-31G(d,p)方法,计算多巴胺(Dop)与氨基酸残基相互作用的结合能,确定五个残基(Asp117、Ser208、His272、Phe269和Thr276)为活性位点.五个活性位点残基分别位于D_3R蛋白跨膜螺旋区TM3、TM5和TM6,组成活性空腔结构.多巴胺分子以其苯基平面与TM2-TM7包围的圆柱体空腔平行和非共价键结合方式保留在D_3R蛋白中,与D_3R蛋白结合能E_b为-97.8 kJ·mol^(-1)基于3PBL D_3R突变体晶体结构,构建了另外一个含有多巴胺分子的D_3R蛋白结构(Dop-3PBL-D_3R),确定在该蛋白结构中,多巴胺的活性位点氨基酸是Asp83、His272、Phe269、Phe268和Trp265.在该蛋白结构中,多巴胺分子同样以其苯基平面与TM2-TM7包围的圆柱体空腔平行和非共价键方式结合,与该蛋白相互作用的结合能是-80.5 kJ·mol^(-1).; 关键词从头计算 D_3R 3PBL 活性位点分子动力学模拟同源模建; Keywords Ab initio Dopamine 3-subtype receptor 3PBL Active site Molecular dynamicssimulation Homology modeling; 分类号 R363 [医药卫生—病理学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名星际媒介H_2NCH_2CN与H_2O反应中的H_2O分子偶合质子转移机理和氢隧道效应(英文) 被引量：1: 3; 作者徐四川马丽英卞富永史强葛茂发张兴康; 机构云南大学化学科学与工程技术学院生命起源研究室中国科学院化学研究所; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第11期2312-2318,共7页; 基金中国科学院百人计划项目云南省人才科研基金(2006PY01-29)资助~~; 文摘 H2NCH2CN+H2O→H2NCH2C(OH)NH是一个重要的反应,涉及到星际媒介中甘氨酸的形成,与早期地球上的氨基酸起源有关.如果没有考虑氢隧道效应,在MP2/6-311+G(d,p)级别上计算反应能垒是254.7kJ·mol-1,在星际媒介中该气相反应很难进行.在星际媒介冰颗粒表面上,水分子催化反应增强了该化学反应的活性.H2NCH2CN与(H2O)3反应中的两个水分子作为催化剂降低活化能77.5kJ·mol-1和活化自由能70.9kJ·mol-1,并且通过氢键桥协同传递质子.量子氢隧道对于该反应进行至关紧要,采用小弯曲隧道(SCT)近似和正则变分过渡态理论(CVT)方法研究.温度50K时,速率常数kSCT/CVT为1.86×10-23cm3·molecule-1·s-1,表明在星际媒介中通过质子隧道机理该反应容易进行.研究结果与地球上的氨基酸起源于地球本身物质的观点相一致.; 关键词 H2NCH2CN H2NCH2C(OH)NH 星际媒介氨基酸起源质子转移氢原子隧道; Keywords H2NCH2CN H2NCH2C（OH）NH Interstellar medium Amino acid origin Proton transfer Hydrogen tunneling; 分类号 O621.13 [理学—有机化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名多巴胺在POPC磷脂双层膜中扩散和透过过程的分子动力学模拟被引量：6: 4; 作者张继伟卞富永施国军徐四川; 机构云南大学化学科学与工程学院楚雄医药高等专科学校; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2014年第1期183-193,共11页; 基金国家自然科学基金(21163024)资助项目~~; 文摘多巴胺作为脑组织内一种重要的神经递质在细胞膜内外需要做合适的迁移,发挥其功能.多巴胺在细胞膜中扩散和透过过程的分子动力学涉及到多巴胺分子保护通道的畅通,与精神分裂症等病症有关.本文采用1-棕榈酰-2-油酰-卵磷脂(POPC)双层膜模拟细胞膜,通过分子动力学模拟获得多巴胺分子在细胞膜中和透过细胞膜运动自由能变化,探讨多巴胺在细胞膜中扩散和透过过程的分子动力学.多巴胺分子在POPC磷脂双层膜中间层做扩散运动的自由能变化为10-54 kJ mol-1(310 K),显示多巴胺分子在细胞膜中间层很容易横向和纵向扩散,保持多巴胺保护通道的畅通.多巴胺分子不容易透过POPC磷脂双层膜,因为透过过程自由能能垒为117-125 kJ mol-1(310 K).因此,人脑组织神经细胞里生产的多巴胺分子可以储藏在生物细胞膜空间.而过量的多巴胺则可以通过保护通道进入磷脂双层膜结构中间,做横向和纵向扩散运动,并且透过细胞膜,避免精神分裂症的发生.生物细胞膜的正常功能对于保持多巴胺保护通道的畅通和避免精神分裂症的出现都是重要的.研究结果与其它实验观察和结果相一致.; 关键词多巴胺 POPC 细胞膜分子动力学模拟自由能; Keywords Dopamine POPC Cell membrane MD simulation Free energy; 分类号 Q26 [生物学—细胞生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	甲基多巴透过POPC磷脂双层膜过程的分子动力学模拟	卞富永张继伟王丹徐四川	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2014	3	在线阅读下载PDF 职称材料
2	多巴胺第三受体蛋白三维结构及其活性位点氨基酸残基	金毅王悦卞富永史强葛茂发王树张兴康徐四川	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2011	4	在线阅读下载PDF 职称材料
3	星际媒介H_2NCH_2CN与H_2O反应中的H_2O分子偶合质子转移机理和氢隧道效应(英文)	徐四川马丽英卞富永史强葛茂发张兴康	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2009	1	在线阅读下载PDF 职称材料
4	多巴胺在POPC磷脂双层膜中扩散和透过过程的分子动力学模拟	张继伟卞富永施国军徐四川	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2014	6	在线阅读下载PDF 职称材料