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异质生境下山东银莲花的转录组分析及EST-SSR分子标记开发
1
作者
单筱涵
安康
+4 位作者
周春霞
张鑫
逄玉娟
李丽霞
卞福花
《广西植物》
北大核心
2025年第1期95-107,共13页
为探究稀有物种山东银莲花在全光照的山顶灌丛和阴暗的针阔混交林下两种不同生境中的生态适应机制,并开发其EST-SSR分子标记,该研究利用Illumina高通量测序技术对开花期的山东银莲花叶片进行转录组测序,获取其功能注释和差异表达基因(DE...
为探究稀有物种山东银莲花在全光照的山顶灌丛和阴暗的针阔混交林下两种不同生境中的生态适应机制,并开发其EST-SSR分子标记,该研究利用Illumina高通量测序技术对开花期的山东银莲花叶片进行转录组测序,获取其功能注释和差异表达基因(DEGs)。结果表明:(1)转录组测序共得到53536条Unigenes序列,其中27448条成功获得注释。(2)差异表达基因5635个,1600个在山顶灌丛的山东银莲花中上调表达,其余4035个下调表达。有2460个差异表达基因注释到GO数据库2533个三级条目中,1051个差异表达基因注释到KEGG数据库的113条代谢通路中。(3)山东银莲花适应于异质生境的代谢通路主要涉及光合作用-天线蛋白通路和类黄酮生物合成通路,光合作用-天线蛋白通路中lhca 5基因上调表达,lhcb 1、lhcb 2和lhcb 3基因下调表达,类黄酮生物合成通路中chs、c 4 h、f 3′h、f 3 h、fls、ans、chi、ccoaomt和hct基因均上调表达。(4)从山东银莲花转录组数据中共获得7146个SSR位点分布于6006条Unigenes序列中,共计106种重复基序,优势重复基序为单核苷酸重复。设计合成100对EST-SSR引物中共有68对引物具有有效性,其中11对具有多态性,共扩增24个多态性片段。该研究首次开发了山东银莲花EST-SSR分子标记,为山东银莲花的保护和利用提供了重要的分子标记资源。
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关键词
异质生境
山东银莲花
转录组
EST-SSR
生态适应机制
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职称材料
山东养马岛贝类养殖海域细菌及相关因素的研究
被引量：
1
2
作者
单筱涵
冯延凯
+2 位作者
李雪
让笑展
崔龙波
《水产养殖》
CAS
2021年第2期24-29,36,共7页
为确定适宜贝类的养殖环境,促进贝类养殖业健康可持续发展,于2019年5—11月对山东养马岛贝类养殖海域的细菌及相关理化指标进行检测与分析,并运用异养细菌总数等级评价和内梅罗指数法对该海域进行评价。研究显示,养马岛贝类养殖海域弧...
为确定适宜贝类的养殖环境,促进贝类养殖业健康可持续发展,于2019年5—11月对山东养马岛贝类养殖海域的细菌及相关理化指标进行检测与分析,并运用异养细菌总数等级评价和内梅罗指数法对该海域进行评价。研究显示,养马岛贝类养殖海域弧菌数量总体较低,异养细菌数量受人为因素影响较大,但整体无明显污染迹象;水温、盐度和透明度均处于正常范围,酸碱度和溶解氧符合海水水质一、二类标准;内梅罗综合指数小于0.75,海域环境相对清洁,污染程度低。总体上,山东养马岛贝类养殖海域水质较好,适宜贝类养殖。
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关键词
养马岛
贝类养殖
细菌
水质
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职称材料
题名
异质生境下山东银莲花的转录组分析及EST-SSR分子标记开发
1
作者
单筱涵
安康
周春霞
张鑫
逄玉娟
李丽霞
卞福花
机构
烟台大学生命科学学院
出处
《广西植物》
北大核心
2025年第1期95-107,共13页
基金
国家自然科学基金面上项目(31971546)。
文摘
为探究稀有物种山东银莲花在全光照的山顶灌丛和阴暗的针阔混交林下两种不同生境中的生态适应机制,并开发其EST-SSR分子标记,该研究利用Illumina高通量测序技术对开花期的山东银莲花叶片进行转录组测序,获取其功能注释和差异表达基因(DEGs)。结果表明:(1)转录组测序共得到53536条Unigenes序列,其中27448条成功获得注释。(2)差异表达基因5635个,1600个在山顶灌丛的山东银莲花中上调表达,其余4035个下调表达。有2460个差异表达基因注释到GO数据库2533个三级条目中,1051个差异表达基因注释到KEGG数据库的113条代谢通路中。(3)山东银莲花适应于异质生境的代谢通路主要涉及光合作用-天线蛋白通路和类黄酮生物合成通路,光合作用-天线蛋白通路中lhca 5基因上调表达,lhcb 1、lhcb 2和lhcb 3基因下调表达,类黄酮生物合成通路中chs、c 4 h、f 3′h、f 3 h、fls、ans、chi、ccoaomt和hct基因均上调表达。(4)从山东银莲花转录组数据中共获得7146个SSR位点分布于6006条Unigenes序列中,共计106种重复基序,优势重复基序为单核苷酸重复。设计合成100对EST-SSR引物中共有68对引物具有有效性,其中11对具有多态性,共扩增24个多态性片段。该研究首次开发了山东银莲花EST-SSR分子标记,为山东银莲花的保护和利用提供了重要的分子标记资源。
关键词
异质生境
山东银莲花
转录组
EST-SSR
生态适应机制
Keywords
heterogeneous habitat
Anemone shikokiana
transcriptome
EST-SSR
ecological adaptation mechanisms
分类号
Q943 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
山东养马岛贝类养殖海域细菌及相关因素的研究
被引量：
1
2
作者
单筱涵
冯延凯
李雪
让笑展
崔龙波
机构
烟台大学生命科学学院
出处
《水产养殖》
CAS
2021年第2期24-29,36,共7页
基金
山东省现代农业产业技术体系建设专项资金(SDAIT-14)
山东省重点研发计划(2019GHY112016)。
文摘
为确定适宜贝类的养殖环境,促进贝类养殖业健康可持续发展,于2019年5—11月对山东养马岛贝类养殖海域的细菌及相关理化指标进行检测与分析,并运用异养细菌总数等级评价和内梅罗指数法对该海域进行评价。研究显示,养马岛贝类养殖海域弧菌数量总体较低,异养细菌数量受人为因素影响较大,但整体无明显污染迹象;水温、盐度和透明度均处于正常范围,酸碱度和溶解氧符合海水水质一、二类标准;内梅罗综合指数小于0.75,海域环境相对清洁,污染程度低。总体上,山东养马岛贝类养殖海域水质较好,适宜贝类养殖。
关键词
养马岛
贝类养殖
细菌
水质
Keywords
Yangma Island
shellfish aquaculture
bacteria
water quality
分类号
S917 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
异质生境下山东银莲花的转录组分析及EST-SSR分子标记开发
单筱涵
安康
周春霞
张鑫
逄玉娟
李丽霞
卞福花
《广西植物》
北大核心
2025
0
在线阅读
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职称材料
2
山东养马岛贝类养殖海域细菌及相关因素的研究
单筱涵
冯延凯
李雪
让笑展
崔龙波
《水产养殖》
CAS
2021
1
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职称材料
已选择
0
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引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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