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温度及光照对苦参种子萌发的影响 被引量:9
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作者 刘霞宇 乔永刚 +2 位作者 陈亮 崔芬芬 王金胜 《山西农业科学》 2017年第2期206-207,210,共3页
为获得苦参种子发芽适宜的温度和光照条件,试验选择5,10,15,20,25,30,35℃共7个温度梯度,分别在全光照或全黑暗下进行处理,研究温度及光照对苦参种子萌发的影响。结果表明,适宜苦参种子萌发的温度为15~30℃,且15℃时发芽率达到最高;全... 为获得苦参种子发芽适宜的温度和光照条件,试验选择5,10,15,20,25,30,35℃共7个温度梯度,分别在全光照或全黑暗下进行处理,研究温度及光照对苦参种子萌发的影响。结果表明,适宜苦参种子萌发的温度为15~30℃,且15℃时发芽率达到最高;全光照或全黑暗对苦参种子的发芽情况影响不明显。 展开更多
关键词 苦参 温度 光照 种子萌发
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金银花花器官实时荧光定量PCR内参基因的筛选 被引量:6
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作者 刘霞宇 陈亮 +2 位作者 乔永刚 宋芸 王金胜 《山西农业科学》 2017年第4期514-517,共4页
为了筛选金银花花器官基因表达分析的适宜内参基因,试验以金银花花器官6个时期为材料,选取金银花的9个候选内参基因Lonja.ACT11,Lonja.ACT2/7,Lonja.G6PD,Lonja.GAPDH,Lonja.MTP,Lonja.TUA,Lonja.UBQ10,Lonja.EF1A,Lonja.UBC,利用q RT-... 为了筛选金银花花器官基因表达分析的适宜内参基因,试验以金银花花器官6个时期为材料,选取金银花的9个候选内参基因Lonja.ACT11,Lonja.ACT2/7,Lonja.G6PD,Lonja.GAPDH,Lonja.MTP,Lonja.TUA,Lonja.UBQ10,Lonja.EF1A,Lonja.UBC,利用q RT-PCR技术及Ge Norm,Norm Finder软件对它们的表达稳定性进行分析评价。结果表明,Lonja.ACT2/7和Lonja.G6PD在金银花花器官生长的不同时期表达水平较稳定,运用q RT-PCR研究金银花花器官基因表达时可选用Lonja.ACT2/7和Lonja.G6PD组合作为内参基因。 展开更多
关键词 实时荧光定量PCR 金银花花器官 内参基因
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三裂叶薯SPL基因家族鉴定、表达及miR156的调控分析 被引量:6
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作者 王婷 唐锐敏 +5 位作者 王瑞晋 贺立恒 刘霞宇 刘世芳 李润植 贾小云 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期736-749,共14页
SQUAMOSA promoter binding protein-like(SPL)是一类广泛存在于植物中的转录因子,均含有一个高度保守的SBP结构域(SQUAMOSA-PROMOTER BINDING PROTEIN)。本研究通过SBP结构域的隐马尔可夫模型、Blastp、CDD和SMART等程序从栽培甘薯的... SQUAMOSA promoter binding protein-like(SPL)是一类广泛存在于植物中的转录因子,均含有一个高度保守的SBP结构域(SQUAMOSA-PROMOTER BINDING PROTEIN)。本研究通过SBP结构域的隐马尔可夫模型、Blastp、CDD和SMART等程序从栽培甘薯的二倍体近缘野生种三裂叶薯(Ipomoea triloba L.)全基因组中鉴定出26个SPL基因家族成员。它们不均匀分布于三裂叶薯的12条染色体上。利用系统进化分析将新鉴定的26个三裂叶薯ItbSPL基因和来源于苔藓植物、单子叶植物、双子叶植物的116个SPL基因构建进化树,并根据拟南芥AtSPL基因家族的分类标准将26个ItbSPL基因家族分为7组。GSDS 2.0基因结构和MEME 4.12.0保守基序分析表明,不同进化分支中的ItbSPL基因的外显子/内含子数目及其蛋白基序组成差异明显。利用拟南芥中已知功能的SPL对ItbSPL基因的功能进行预测,发现三裂叶薯ItbSPL家族基因成员可能与植物开花、逆境胁迫、次生代谢产物等生物学过程相关。通过预测microRNA156(miR156)的作用位点发现,在26个ItbSPL基因中14个含有miR156的作用位点,其中13个ItbSPL基因具有PCR扩增产物。利用qRT-PCR检测13个候选靶基因及miR156在三裂叶薯叶、茎、根中的表达量,发现13个ItbSPL均在茎中的表达量最低,显著低于叶与根中的表达,而miR156则在茎中的表达量最高,在根中的表达量最低,初步推测这13个ItbSPL是miR156的靶基因。以上研究结果为六倍体栽培甘薯SPL基因家族成员的鉴定、进化分析及功能研究提供了方法和基础。 展开更多
关键词 三裂叶薯 SPL基因家族 全基因组鉴定 miR156 表达分析
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利用WGCNA鉴定甘薯耐盐相关共表达网络及核心基因 被引量:8
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作者 张毅 吴万亿 +3 位作者 刘霞宇 张洁 唐锐敏 贾小云 《河南农业科学》 北大核心 2021年第6期16-27,共12页
为了挖掘甘薯耐盐基因,利用不同盐胁迫时间甘薯根系的转录组数据,选取在样本间表达量变异最大的前50%基因(共32147个),进行加权基因共表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)。结果表明,共构建了20个基因共... 为了挖掘甘薯耐盐基因,利用不同盐胁迫时间甘薯根系的转录组数据,选取在样本间表达量变异最大的前50%基因(共32147个),进行加权基因共表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)。结果表明,共构建了20个基因共表达模块,从中筛选出6个与甘薯盐胁迫相关的特异性基因共表达模块。其中,Green模块和Red模块与盐胁迫48 h正相关,Black模块和Yellow模块与盐胁迫12 h正相关;Midnightblue模块和Magenta模块与盐胁迫48 h负相关。选取4个与盐胁迫正相关的特异性模块进行深入分析,GO功能富集分析结果表明,4个与盐胁迫正相关的特异性模块主要显著富集到跨膜运输、水杨酸刺激的细胞反应、非生物刺激的反应及高渗响应等多个耐盐相关条目。分别计算模块内基因的模块关系值,发现bHLH115(Basic helix-loop-helix 115)、HAK5(High affinity K+transporter 5)、NAGS2(N-acetyl-L-glutamate synthase 2)、DUF699(GNAT acetyltransferase)、TLP5(Tubby like protein 5)等是模块的核心基因,功能预测发现这些基因可能在逆境胁迫响应中发挥重要作用。通过构建核心基因的互作网络,发现FAR1(Far-red-impaired response 1)、NAC[NAM(no apical meristem),ATAF1(Arabidopsis transcription activation factor 1),ATAF2,CUC2(cup-shaped cotyledon 2)]基因家族NAC2、HsfB2a(Heat shock transcription factor B2a)等基因与核心基因互作关系较强,为进一步研究甘薯耐盐的分子机制提供了新思路。 展开更多
关键词 甘薯 加权基因共表达网络分析(WGCNA) 盐胁迫 转录组 核心基因
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甘薯二倍体近缘野生种三裂叶薯MYB转录因子全基因组分析及逆境胁迫响应 被引量:6
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作者 石晓雯 贺立恒 +5 位作者 焦晋华 刘霞宇 王婷 刘世芳 贾小云 李润植 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期1338-1348,共11页
MYB是真核生物中一类重要的转录因子,参与调控植物生长发育、初生次生代谢和生物或非生物胁迫响应。为全面解析甘薯基因组MYB转录因子信息,本研究基于甘薯二倍体近缘野生种三裂叶薯的全基因组测序数据,利用多种生物学软件和在线工具对... MYB是真核生物中一类重要的转录因子,参与调控植物生长发育、初生次生代谢和生物或非生物胁迫响应。为全面解析甘薯基因组MYB转录因子信息,本研究基于甘薯二倍体近缘野生种三裂叶薯的全基因组测序数据,利用多种生物学软件和在线工具对三裂叶薯MYB转录因子的结构域、基因结构、保守基序、染色体定位和系统进化等进行鉴定和分析。利用qRT-PCR检测其中10个R2R3-MYB基因在干旱和盐胁迫下的表达情况。结果表明,在三裂叶薯的全基因组中共鉴定出不均匀分布于15条染色体的160个Itb MYB基因,其中第7号染色体上分布最多(21个基因),第8号染色体上分布最少(6个基因)。根据MYB结构域所含MYB重复个数,160个Itb MYB家族转录因子被分为4类,其中1R类包含36个基因、R2R3类120个基因、3R类4个基因、4R类1个基因。系统进化分析显示,160个Itb MYB聚为18个亚家族,且同一亚家族的Itb MYB转录因子的motif类型和数目相似,但所含外显子和内含子的数目不同。根据拟南芥R2R3-MYB转录因子的分类标准,进一步将三裂叶薯R2R3-MYB类分为30个亚类。qRT-PCR检测结果表明,R2R3-MYB响应干旱和盐胁迫,且不同胁迫时间下不同组织中的表达量存在差异。本试验为进一步研究甘薯MYB转录因子的功能奠定了一定的理论基础。 展开更多
关键词 三裂叶薯 MYB转录因子 基因组鉴定 逆境胁迫 表达分析
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番茄遗传转化与筛选鉴定的改进研究 被引量:1
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作者 祁春芳 王婷 +5 位作者 刘霞宇 石晓雯 于治芹 刘世芳 梁建萍 贾小云 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期554-561,共8页
将At-pri-miR828基因的过表达载体pC2300-pOT2-At-pri-miR828通过农杆菌侵染法转入番茄(Solanum lycopersicum L.)品种‘Ailsa Craig’为例,来对番茄的遗传转化过程中番茄种子消毒处理、无菌苗培养、转基因阳性植株的Kan筛选浓度、PCR... 将At-pri-miR828基因的过表达载体pC2300-pOT2-At-pri-miR828通过农杆菌侵染法转入番茄(Solanum lycopersicum L.)品种‘Ailsa Craig’为例,来对番茄的遗传转化过程中番茄种子消毒处理、无菌苗培养、转基因阳性植株的Kan筛选浓度、PCR检测等方法进行研究,旨在探索一套快速高效的番茄遗传转化及鉴定方法。研究发现:采用C_2H_5OH、Na_3PO_3及NaClO分别浸泡及无菌水反复冲洗的种子消毒方法,可使污染率减少到5%以下;种子震荡培养法可以提高发芽率并促进种苗的生长势一致;筛选转基因阳性植株的Kan最佳质量浓度为100mg·L^(-1);100mg·L^(-1)的Kan溶液浇灌蛭石和在MS培养基中添加Kan的方法都可以用来筛选转基因番茄。最终Kan筛选和PCR检测等鉴定方法显示番茄的遗传转化效率为32.5%。 展开更多
关键词 番茄 种子消毒 遗传转化 Kan筛选
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