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京海黄鸡G蛋白偶联受体1基因生物信息学及组织表达分析
被引量:
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作者
袁曼曼
张涛
+5 位作者
张向前
李婷婷
凌娇娇
吴鹏飞
王金玉
施会强
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2017年第8期2215-2225,共11页
试验旨在研究参与激素调节并调控卵巢功能的可能基因,挑选候选基因G蛋白偶联受体1(G protein-coupled receptor 1),深入研究其是否参与激素调节。根据转录组测序获得的京海黄鸡GPR1基因的CDS序列设计一对引物,利用实时荧光定量RT-PCR方...
试验旨在研究参与激素调节并调控卵巢功能的可能基因,挑选候选基因G蛋白偶联受体1(G protein-coupled receptor 1),深入研究其是否参与激素调节。根据转录组测序获得的京海黄鸡GPR1基因的CDS序列设计一对引物,利用实时荧光定量RT-PCR方法,检测GPR1基因在高、低产京海黄鸡卵巢组织中的表达情况,并与生物信息学进行关联,使用多种生物软件和在线工具对目的序列进行生物信息学分析,分析GPR1基因与其他物种的同源性、蛋白质的理化性质、蛋白质序列的跨膜区、亚细胞定位、亲水性、潜在的磷酸化位点、保守结构域及该基因所编码蛋白质的二、三级结构。结果显示,京海黄鸡与GenBank中原鸡、人、牛、野猪、黑猩猩、家兔、马、绵羊、藏羚羊、大鼠、小鼠、斑马鱼的同源性分别为100.0%、69.0%、69.1%、69.3%、68.9%、69.6%、69.2%、68.8%、68.9%、67.5%、69.0%和50.3%;氨基酸分析发现GPR1蛋白为疏水性蛋白,分子质量为40.41ku,理论等电点为6.91,为7次跨膜蛋白;亚细胞定位显示,该蛋白属于非分泌蛋白;预测该蛋白含有25个潜在的磷酸化位点,1糖基化位点;二级结构以无规则卷曲为主,三级结构为7次跨膜螺旋结构;组织表达分析显示,GPR1基因在低产组的表达情况极显著高于高产组(P<0.01)。本试验结果将有利于GPR1基因功能的进一步分析,为研究该基因对京海黄鸡产蛋性状的调控机理提供理论依据。
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关键词
京海黄鸡
G蛋白偶联受体1
生物信息学分析
蛋白
组织表达
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职称材料
题名
京海黄鸡G蛋白偶联受体1基因生物信息学及组织表达分析
被引量:
3
1
作者
袁曼曼
张涛
张向前
李婷婷
凌娇娇
吴鹏飞
王金玉
施会强
机构
扬州大学动物科学与技术学院
江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室
江苏京海集团
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2017年第8期2215-2225,共11页
基金
基金项目:国家肉鸡产业技术体系(nycytx-42-G1-05)
江苏高校优势学科建设工程
江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室
文摘
试验旨在研究参与激素调节并调控卵巢功能的可能基因,挑选候选基因G蛋白偶联受体1(G protein-coupled receptor 1),深入研究其是否参与激素调节。根据转录组测序获得的京海黄鸡GPR1基因的CDS序列设计一对引物,利用实时荧光定量RT-PCR方法,检测GPR1基因在高、低产京海黄鸡卵巢组织中的表达情况,并与生物信息学进行关联,使用多种生物软件和在线工具对目的序列进行生物信息学分析,分析GPR1基因与其他物种的同源性、蛋白质的理化性质、蛋白质序列的跨膜区、亚细胞定位、亲水性、潜在的磷酸化位点、保守结构域及该基因所编码蛋白质的二、三级结构。结果显示,京海黄鸡与GenBank中原鸡、人、牛、野猪、黑猩猩、家兔、马、绵羊、藏羚羊、大鼠、小鼠、斑马鱼的同源性分别为100.0%、69.0%、69.1%、69.3%、68.9%、69.6%、69.2%、68.8%、68.9%、67.5%、69.0%和50.3%;氨基酸分析发现GPR1蛋白为疏水性蛋白,分子质量为40.41ku,理论等电点为6.91,为7次跨膜蛋白;亚细胞定位显示,该蛋白属于非分泌蛋白;预测该蛋白含有25个潜在的磷酸化位点,1糖基化位点;二级结构以无规则卷曲为主,三级结构为7次跨膜螺旋结构;组织表达分析显示,GPR1基因在低产组的表达情况极显著高于高产组(P<0.01)。本试验结果将有利于GPR1基因功能的进一步分析,为研究该基因对京海黄鸡产蛋性状的调控机理提供理论依据。
关键词
京海黄鸡
G蛋白偶联受体1
生物信息学分析
蛋白
组织表达
Keywords
Jinghai Yellow chicken
G protein-coupled receptor 1
bioinformatics analysis
protein
tissue expression
分类号
S831 [农业科学—畜牧学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
京海黄鸡G蛋白偶联受体1基因生物信息学及组织表达分析
袁曼曼
张涛
张向前
李婷婷
凌娇娇
吴鹏飞
王金玉
施会强
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2017
3
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