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宏基因组来源高活性酯酶的鉴定及其酶学性质表征
1
作者
张颖
董耀
+2 位作者
吕云斌
王绍琛
冯治洋
《食品与发酵工业》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期22-28,共7页
土壤中大量的非培养微生物是新酶发现的重要资源。该研究利用功能宏基因组学策略筛选获得高活性酯酶,并对其进行鉴定分析。采用三丁酸甘油酯平板法对土壤微生物宏基因组文库中具有酯酶活性的克隆进行筛选,获得高活性的阳性克隆,通过生...
土壤中大量的非培养微生物是新酶发现的重要资源。该研究利用功能宏基因组学策略筛选获得高活性酯酶,并对其进行鉴定分析。采用三丁酸甘油酯平板法对土壤微生物宏基因组文库中具有酯酶活性的克隆进行筛选,获得高活性的阳性克隆,通过生物信息学分析和生化实验对酯酶的酶学性质进行研究表征。获得一个比活力高达(3 957±3) U/mg的酯酶AesZF899,该酯酶为不含信号肽的酯酶第四家族胞内酯酶,蛋白大小34 kDa,与来自Afipia sp.P52-10中未表征的α/β水解酶(GenBank登录号为WP_034470467.1)一致性达76.43%。AesZF899的最佳底物为对硝基苯乙酸酯,酶反应的最适pH值和最适温度分别是9.0和40℃。AesZF899在30℃温育8 h后仍可保持初始活性,在35、40℃分别温育7和4 h后仍可保持50%的活性,在反应温度大于80℃后酶活性丧失。终浓度10 mmol/L的Fe3+可以增强酶活性,而终浓度10 mmol/L的Na+、Li+和Mg2+有较强的抑制作用。体积分数为1%二甲基亚砜可以增强酶活性,异戊醇也对酶活性有一定的促进作用。
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关键词
酯酶
HSL家族
宏基因组
异源表达
高活性
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职称材料
金属β-内酰胺酶GOB-54的发现与表征
2
作者
章升霞
王绍琛
+1 位作者
吕云斌
冯治洋
《食品与发酵工业》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第24期44-50,共7页
该文旨在从土壤中挖掘新型β-内酰胺类抗生素耐药基因,分析耐药机制,做好临床预警,为开发新型β-内酰胺类药物提供信息。利用功能筛选策略,从土壤宏基因组文库中筛选获得阳性克隆,通过亚克隆构建和序列测定,得到耐药基因序列。利用序列...
该文旨在从土壤中挖掘新型β-内酰胺类抗生素耐药基因,分析耐药机制,做好临床预警,为开发新型β-内酰胺类药物提供信息。利用功能筛选策略,从土壤宏基因组文库中筛选获得阳性克隆,通过亚克隆构建和序列测定,得到耐药基因序列。利用序列比对、系统发育树分析、三维结构建模等生物信息学方法对耐药基因进行分析。使用微量肉汤稀释法评估β-内酰胺酶的耐药活性,利用生化实验分析酶水解抗生素的能力。鉴定出一个β-内酰胺抗生素耐药基因,与已知的β-内酰胺酶基因最高只有52.30%氨基酸序列一致性,命名为gob-54,编码β-内酰胺酶GOB-54。SWISS-MODEL三维建模发现GOB-54与临床来源的GOB-18具有高度相似的结构。动力学参数表明在所测试的β-内酰胺抗生素中,GOB-54对哌拉西林具有最高的亲和力和催化活性,动力学参数Km和Kcat/Km分别为121.82μmol/L和49.15 L/(mmol·s)。该研究利用功能宏基因组学方法挖掘出土壤来源的β-内酰胺抗生素耐药基因gob-54,编码广谱β-内酰胺酶GOB-54,为临床上监测和防控β-内酰胺类抗生素耐药基因的传播提供借鉴。
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关键词
Β-内酰胺酶
土壤微生物
功能宏基因组学
抗生素耐药基因
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职称材料
海洋链霉菌Streptomyces sp.MCCC 1A09830抗菌成分的分离与鉴定
被引量：
1
3
作者
刘象博
柴树茂
+2 位作者
曹明明
张改云
冯治洋
《食品工业科技》
CAS
北大核心
2020年第9期108-113,118,共7页
目的:研究海洋链霉菌Streptomyces sp.MCCC 1A09830与其它菌种的亲缘关系,并分离纯化Streptomyces sp.MCCC 1A09830产生的抗菌成分,鉴定抗菌成分的结构。方法:通过构建系统发育树研究Streptomyces sp.MCCC 1A09830与其它菌种的亲缘关系...
目的:研究海洋链霉菌Streptomyces sp.MCCC 1A09830与其它菌种的亲缘关系,并分离纯化Streptomyces sp.MCCC 1A09830产生的抗菌成分,鉴定抗菌成分的结构。方法:通过构建系统发育树研究Streptomyces sp.MCCC 1A09830与其它菌种的亲缘关系;采用甲醇提取、硅胶柱层析、高效液相色谱法等分离技术纯化抗菌成分,鉴定抗菌成分的结构。结果:Streptomyces sp.MCCC 1A09830与Streptomyces sp.NEAE-126存在很近的亲缘关系;Streptomyces sp.MCCC 1A09830产生的抗菌成分得到了纯化,获得了化合物1。化合物1经高分辨质谱(High Resolution Mass Spectrometry,HRMS)、一维及二维核磁共振(Nuclear Magnetic Resonance,NMR)分析鉴定为Borrelidin A(疏螺旋体素)。结论:从Streptomyces sp.MCCC 1A09830的发酵液中分离得到1种抗菌成分,丰富了Borrelidin的生产菌库,为海洋菌株活性产物的分离提供了支持。
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关键词
海洋链霉菌
亲缘关系
抗菌成分
疏螺旋体素
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职称材料
题名
宏基因组来源高活性酯酶的鉴定及其酶学性质表征
1
作者
张颖
董耀
吕云斌
王绍琛
冯治洋
机构
南京农业大学食品科技学院
出处
《食品与发酵工业》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期22-28,共7页
基金
国家自然科学基金面上项目(31770049)。
文摘
土壤中大量的非培养微生物是新酶发现的重要资源。该研究利用功能宏基因组学策略筛选获得高活性酯酶,并对其进行鉴定分析。采用三丁酸甘油酯平板法对土壤微生物宏基因组文库中具有酯酶活性的克隆进行筛选,获得高活性的阳性克隆,通过生物信息学分析和生化实验对酯酶的酶学性质进行研究表征。获得一个比活力高达(3 957±3) U/mg的酯酶AesZF899,该酯酶为不含信号肽的酯酶第四家族胞内酯酶,蛋白大小34 kDa,与来自Afipia sp.P52-10中未表征的α/β水解酶(GenBank登录号为WP_034470467.1)一致性达76.43%。AesZF899的最佳底物为对硝基苯乙酸酯,酶反应的最适pH值和最适温度分别是9.0和40℃。AesZF899在30℃温育8 h后仍可保持初始活性,在35、40℃分别温育7和4 h后仍可保持50%的活性,在反应温度大于80℃后酶活性丧失。终浓度10 mmol/L的Fe3+可以增强酶活性,而终浓度10 mmol/L的Na+、Li+和Mg2+有较强的抑制作用。体积分数为1%二甲基亚砜可以增强酶活性,异戊醇也对酶活性有一定的促进作用。
关键词
酯酶
HSL家族
宏基因组
异源表达
高活性
Keywords
esterase
HSL family
metagenomic library
heterologous expression
high activity
分类号
TQ925 [轻工技术与工程—发酵工程]
Q78 [生物学—分子生物学]
Q55 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
金属β-内酰胺酶GOB-54的发现与表征
2
作者
章升霞
王绍琛
吕云斌
冯治洋
机构
南京农业大学食品科技学院
出处
《食品与发酵工业》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第24期44-50,共7页
基金
国家自然科学基金项目(32370089)。
文摘
该文旨在从土壤中挖掘新型β-内酰胺类抗生素耐药基因,分析耐药机制,做好临床预警,为开发新型β-内酰胺类药物提供信息。利用功能筛选策略,从土壤宏基因组文库中筛选获得阳性克隆,通过亚克隆构建和序列测定,得到耐药基因序列。利用序列比对、系统发育树分析、三维结构建模等生物信息学方法对耐药基因进行分析。使用微量肉汤稀释法评估β-内酰胺酶的耐药活性,利用生化实验分析酶水解抗生素的能力。鉴定出一个β-内酰胺抗生素耐药基因,与已知的β-内酰胺酶基因最高只有52.30%氨基酸序列一致性,命名为gob-54,编码β-内酰胺酶GOB-54。SWISS-MODEL三维建模发现GOB-54与临床来源的GOB-18具有高度相似的结构。动力学参数表明在所测试的β-内酰胺抗生素中,GOB-54对哌拉西林具有最高的亲和力和催化活性,动力学参数Km和Kcat/Km分别为121.82μmol/L和49.15 L/(mmol·s)。该研究利用功能宏基因组学方法挖掘出土壤来源的β-内酰胺抗生素耐药基因gob-54,编码广谱β-内酰胺酶GOB-54,为临床上监测和防控β-内酰胺类抗生素耐药基因的传播提供借鉴。
关键词
Β-内酰胺酶
土壤微生物
功能宏基因组学
抗生素耐药基因
Keywords
β-lactamase
soil microorganism
functional metagenomics
drug resistance genes
分类号
R914 [医药卫生—药物化学]
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职称材料
题名
海洋链霉菌Streptomyces sp.MCCC 1A09830抗菌成分的分离与鉴定
被引量：
1
3
作者
刘象博
柴树茂
曹明明
张改云
冯治洋
机构
南京农业大学食品科技学院
自然资源部第三海洋研究所海洋生物遗传资源重点实验室
出处
《食品工业科技》
CAS
北大核心
2020年第9期108-113,118,共7页
基金
国家自然科学基金项目(31370088,31770049,31500035)。
文摘
目的:研究海洋链霉菌Streptomyces sp.MCCC 1A09830与其它菌种的亲缘关系,并分离纯化Streptomyces sp.MCCC 1A09830产生的抗菌成分,鉴定抗菌成分的结构。方法:通过构建系统发育树研究Streptomyces sp.MCCC 1A09830与其它菌种的亲缘关系;采用甲醇提取、硅胶柱层析、高效液相色谱法等分离技术纯化抗菌成分,鉴定抗菌成分的结构。结果:Streptomyces sp.MCCC 1A09830与Streptomyces sp.NEAE-126存在很近的亲缘关系;Streptomyces sp.MCCC 1A09830产生的抗菌成分得到了纯化,获得了化合物1。化合物1经高分辨质谱(High Resolution Mass Spectrometry,HRMS)、一维及二维核磁共振(Nuclear Magnetic Resonance,NMR)分析鉴定为Borrelidin A(疏螺旋体素)。结论:从Streptomyces sp.MCCC 1A09830的发酵液中分离得到1种抗菌成分,丰富了Borrelidin的生产菌库,为海洋菌株活性产物的分离提供了支持。
关键词
海洋链霉菌
亲缘关系
抗菌成分
疏螺旋体素
Keywords
Marine Streptomyces
relationship
antimicrobial active substances
Borrelidin A
分类号
TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
宏基因组来源高活性酯酶的鉴定及其酶学性质表征
张颖
董耀
吕云斌
王绍琛
冯治洋
《食品与发酵工业》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
金属β-内酰胺酶GOB-54的发现与表征
章升霞
王绍琛
吕云斌
冯治洋
《食品与发酵工业》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
海洋链霉菌Streptomyces sp.MCCC 1A09830抗菌成分的分离与鉴定
刘象博
柴树茂
曹明明
张改云
冯治洋
《食品工业科技》
CAS
北大核心
2020
1
在线阅读
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职称材料
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