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血管平滑肌细胞泡沫化进程差异LncRNA的筛选与分析
被引量：
2
1
作者
黄艳
冯习
+1 位作者
黄方舟
胡亮
《中国医药导报》
CAS
2020年第33期18-23,64,F0004,共8页
目的通过高通量测序获得血管平滑肌细胞(VSMCs)转录谱,筛选VSMCs泡沫化进程中差异表达的主要长链非编码RNA(LncRNA)转录本,并对筛选得到的差异表达LncRNA进行功能预测及分析。方法经氧化低密度脂蛋白(ox-LDL)处理的家兔平滑肌细胞(浓度...
目的通过高通量测序获得血管平滑肌细胞(VSMCs)转录谱,筛选VSMCs泡沫化进程中差异表达的主要长链非编码RNA(LncRNA)转录本,并对筛选得到的差异表达LncRNA进行功能预测及分析。方法经氧化低密度脂蛋白(ox-LDL)处理的家兔平滑肌细胞(浓度为80 mg/mL,24 h)为实验组,对照组无处理。收集实验组和对照组细胞,提取RNA进行质检并进行RNA-seq测序。收集测序结果中差异表达水平显著的LncRNA转录本,利用生物信息学工具预测差异表达LncRNA的潜在靶基因,并通过在线数据库对靶基因功能基因预测以探究筛选到的LncRNA与动脉粥样硬化(AS)相关性。结果RNA提取的浓度和质量符合LncRNA测序要求。通过测序质量评估确定LncRNA在细胞中单个碱基位置测序错误率均<0.1%,测序的结果合格可靠。经筛选得到28个差异显著表达LncRNA,其中显著上调的转录本包括以下7个:TCONS_01701109、TCONS_02288701、TCONS_02636927、TCONS_00846803、TCONS_02499900、TCONS_02236116、TCONS_02225105;表达显著下调的包括以下5个:TCONS_01803508、TCONS_02523114、TCONS_00489746、TCONS_02443383、TCONS_01645487。结论ox-LDL对VSMCs中的LncRNA表达水平有显著影响,本研究得到的差异表达LncRNA转录本可能参与了AS相关疾病的形成和发展,并且可能为后续研究提供了重要备选靶基因。
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关键词
长链非编码RNA
动脉粥样硬化
血管平滑肌细胞
氧化低密度脂蛋白
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职称材料
题名
血管平滑肌细胞泡沫化进程差异LncRNA的筛选与分析
被引量：
2
1
作者
黄艳
冯习
黄方舟
胡亮
机构
湖南省长沙市第四医院急诊科
出处
《中国医药导报》
CAS
2020年第33期18-23,64,F0004,共8页
基金
湖南省卫生计生委科研计划课题项目(B20180479)。
文摘
目的通过高通量测序获得血管平滑肌细胞(VSMCs)转录谱,筛选VSMCs泡沫化进程中差异表达的主要长链非编码RNA(LncRNA)转录本,并对筛选得到的差异表达LncRNA进行功能预测及分析。方法经氧化低密度脂蛋白(ox-LDL)处理的家兔平滑肌细胞(浓度为80 mg/mL,24 h)为实验组,对照组无处理。收集实验组和对照组细胞,提取RNA进行质检并进行RNA-seq测序。收集测序结果中差异表达水平显著的LncRNA转录本,利用生物信息学工具预测差异表达LncRNA的潜在靶基因,并通过在线数据库对靶基因功能基因预测以探究筛选到的LncRNA与动脉粥样硬化(AS)相关性。结果RNA提取的浓度和质量符合LncRNA测序要求。通过测序质量评估确定LncRNA在细胞中单个碱基位置测序错误率均<0.1%,测序的结果合格可靠。经筛选得到28个差异显著表达LncRNA,其中显著上调的转录本包括以下7个:TCONS_01701109、TCONS_02288701、TCONS_02636927、TCONS_00846803、TCONS_02499900、TCONS_02236116、TCONS_02225105;表达显著下调的包括以下5个:TCONS_01803508、TCONS_02523114、TCONS_00489746、TCONS_02443383、TCONS_01645487。结论ox-LDL对VSMCs中的LncRNA表达水平有显著影响,本研究得到的差异表达LncRNA转录本可能参与了AS相关疾病的形成和发展,并且可能为后续研究提供了重要备选靶基因。
关键词
长链非编码RNA
动脉粥样硬化
血管平滑肌细胞
氧化低密度脂蛋白
Keywords
Long nocoding RNA
Atherosclerosis
Vascular smooth muscle cell
Oxidized low density lipoprotein
分类号
R54 [医药卫生—心血管疾病]
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作者
出处
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被引量
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1
血管平滑肌细胞泡沫化进程差异LncRNA的筛选与分析
黄艳
冯习
黄方舟
胡亮
《中国医药导报》
CAS
2020
2
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参考文献
引证文献
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