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畲药十二时辰基源植物重瓣铁线莲的全长转录组分析
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作者 何舒澜 柯兰兰 陈观水 《福建农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第10期1162-1170,共9页
【目的】重瓣铁线莲是畲药十二时辰基源植物,以根入药,含有丰富的活性成分。本研究旨在了解重瓣铁线莲基因注释信息、次级代谢产物代谢通路及基因功能,丰富其转录组信息,为进一步筛选和鉴定其药用成分代谢通路相关基因奠定基础。【方法... 【目的】重瓣铁线莲是畲药十二时辰基源植物,以根入药,含有丰富的活性成分。本研究旨在了解重瓣铁线莲基因注释信息、次级代谢产物代谢通路及基因功能,丰富其转录组信息,为进一步筛选和鉴定其药用成分代谢通路相关基因奠定基础。【方法】利用SMRT测序技术,对重瓣铁线莲根进行全长转录组测序,并借助生物信息学工具进行功能注释、结构分析以及萜类合成途径基因的挖掘。【结果】测序共获得高质量测序subreads数据量62.21 Gb,通过数据处理分析,获得20540条高质量去冗余转录本。利用NR、GO、NT、Pfam、COG/KOG、SwissProt、KEGG等7个数据库对高质量去冗余序列进行基因功能注释,共有19909条转录本至少在1个数据库得到注释,有8888条转录本在NR、NT、COG/KOG、KEGG、GO等5个公共数据库中均有注释。GO注释结果显示,14911条转录本共富集在包含生物学过程、细胞组成和分子功能三大类的53个条目中。KEGG分析显示,19701条转录本序列被富集到6条主通路和44条子通路。COG/KOG注释发现,13204条转录本被注释,其中注释最多的功能类别为一般功能预测。对转录本结构分析发现,共预测到978个转录因子、224条长非编码RNA、7167个SSR。对萜类化合物生物合成途径进行挖掘,共鉴定到48个转录本(16个关键酶候选基因)参与萜类骨架生物合成。【结论】本研究成功对畲药十二时辰基源植物重瓣铁线莲的根进行了全长转录组测序,获得该物种的全长转录组相关基因功能信息,填补了重瓣铁线莲基因信息的空白,为深入研究重瓣铁线莲的调控网络、生物学特征、相关代谢途径、信号通路及分子机制等提供参考。 展开更多
关键词 重瓣铁线莲 全长转录组 转录因子 长非编码RNA
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不同提取方法的大蒜挥发油GC-MS比较分析 被引量:19
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作者 罗兰 刘佳佳 何舒澜 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期139-141,共3页
关键词 大蒜油 提取方法 GC-MS
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响应面法优化组培菊芋叶总黄酮提取工艺及其抑菌活性研究 被引量:3
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作者 何舒澜 朱扶蓉 +2 位作者 朱宏阳 饶雪娥 罗文芳 《福建农业学报》 CAS 北大核心 2017年第8期897-904,共8页
探索组培菊芋叶中总黄酮超声辅助提取最佳工艺条件,并对其抑菌活性进行评价。在单因素试验基础上,以总黄酮提取率为指标,应用响应面法优化其超声提取条件;并考察其总黄酮的抗菌活性。结果表明,响应面优化组培菊芋叶总黄酮提取的最佳工... 探索组培菊芋叶中总黄酮超声辅助提取最佳工艺条件,并对其抑菌活性进行评价。在单因素试验基础上,以总黄酮提取率为指标,应用响应面法优化其超声提取条件;并考察其总黄酮的抗菌活性。结果表明,响应面优化组培菊芋叶总黄酮提取的最佳工艺参数为:液料比1∶40,提取时间20min,乙醇含量(体积分数)40%,提取温度64℃,测得总黄酮提取率为1.47mg·g^(-1)。组培菊芋叶总黄酮对大肠杆菌的抑制效果良好,但对金黄色葡萄球菌和枯草芽孢杆菌的抑制效果不明显。结论:利用响应面法分析得到了组培菊芋叶总黄酮超声提取的最佳工艺条件,提取的总黄酮对大肠杆菌具有良好的抑菌活性,可为进一步研究开发组培菊芋奠定实验基础。 展开更多
关键词 响应面 菊芋 总黄酮 抑菌
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畲药十二时辰及其混淆品基原植物基因组DNA提取及鉴别 被引量:1
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作者 何舒澜 李泳宁 朱扶蓉 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期264-270,共7页
【目的】建立一种快速经济的提取畲药十二时辰基原植物基因组DNA的方法,实现通过分子生药学方法准确鉴别该中草药的真伪,为进一步开发应用该福建地区特色中草药奠定基础。【方法】采用CTAB法、改良CTAB法、试剂盒法、SDS法、高盐低pH法... 【目的】建立一种快速经济的提取畲药十二时辰基原植物基因组DNA的方法,实现通过分子生药学方法准确鉴别该中草药的真伪,为进一步开发应用该福建地区特色中草药奠定基础。【方法】采用CTAB法、改良CTAB法、试剂盒法、SDS法、高盐低pH法提取十二时辰基原植物叶片基因组DNA,采用琼脂糖凝胶电泳检测DNA的质量和完整性,用优选后的方法提取其基因组DNA,与其混淆品DNA分别进行双向测序,评价该分子生药学方法的鉴别效果。【结果】改良CTAB法提取得到的DNA纯度较高,SSR引物扩增与ITS2序列扩增均可得到清晰明亮的条带,是提取畲药十二时辰基原植物基因组DNA的最佳方法。用该方法提取得到的基因组DNA经PCR扩增后的产物可用于双向测序,进而鉴别它的基源,实现与常见混淆品的准确区分。【结论】本研究建立的改良CTAB法能有效地提取畲药十二时辰的基因组DNA,方法操作简单、提取得到的DNA质量较好,可用于畲药十二时辰与其混淆品的分子生药学鉴别。 展开更多
关键词 十二时辰 基因组 DNA提取 鉴别
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大孔树脂分离纯化菊芋叶总黄酮工艺研究 被引量:2
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作者 何舒澜 饶雪娥 +1 位作者 杨幼芬 潘大仁 《福建农业学报》 CAS 北大核心 2017年第9期981-986,共6页
探索大孔树脂分离菊芋叶总黄酮的工艺,分离最佳工艺条件是:大孔树脂型号为X-5;上样流速2BV·h^(-1),洗脱液为70%的乙醇,体积为2BV,控制流速2BV·h^(-1)。纯化后菊芋叶总黄酮含量提高了3.57倍,结果表明大孔树脂X-5对菊芋叶总黄... 探索大孔树脂分离菊芋叶总黄酮的工艺,分离最佳工艺条件是:大孔树脂型号为X-5;上样流速2BV·h^(-1),洗脱液为70%的乙醇,体积为2BV,控制流速2BV·h^(-1)。纯化后菊芋叶总黄酮含量提高了3.57倍,结果表明大孔树脂X-5对菊芋叶总黄酮的纯化作用良好。纯化后的菊芋总黄酮有一定还原力。 展开更多
关键词 菊芋 大孔树脂 黄酮
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重瓣铁线莲鲨烯合酶SQS基因的克隆及表达分析 被引量:1
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作者 何舒澜 杨谨 +1 位作者 黄娴 陈观水 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期1430-1437,共8页
【目的】鲨烯合酶是三萜类物质生物合成途径中的限速酶之一。克隆重瓣铁线莲的鲨烯合酶基因(Clematis florida squalene synthase,CfSQS),为利用基因工程技术提高重瓣铁线莲的三萜类次生代谢物的含量、提升重瓣铁线莲的药用价值奠定理... 【目的】鲨烯合酶是三萜类物质生物合成途径中的限速酶之一。克隆重瓣铁线莲的鲨烯合酶基因(Clematis florida squalene synthase,CfSQS),为利用基因工程技术提高重瓣铁线莲的三萜类次生代谢物的含量、提升重瓣铁线莲的药用价值奠定理论基础。【方法】根据重瓣铁线莲转录组数据并参考其他植物SQS基因设计引物,提取重瓣铁线莲叶片总RNA为模板,利用RT-PCR法扩增并克隆获得CfSQS基因全长cDNA序列,并对其进行生物信息学分析和时空表达分析。【结果】CfSQS ORF序列长度为1 227 bp,编码408个氨基酸,预测编码蛋白相对分子量为46.69 kDa,为不稳定、无信号肽的跨膜疏水蛋白,二级结构以α-螺旋(69.61%)和不规则卷曲(22.06%)为主;CfSQS含有鲨烯合酶家族高度保守的氨基酸残基,包括含有4个高度保守且典型的17~23个氨基酸长度的结构域(Ⅰ~Ⅳ)和1个高度差异的疏水区(Ⅴ)。系统进化分析表明,CfSQS与黑种草(Nigella sativa L.)等毛茛科植物SQS聚在一类,说明其亲缘关系最近。时空表达分析表明,CfSQS在重瓣铁线莲的根、茎和叶器官中都有表达。【结论】首次克隆了重瓣铁线莲三萜类皂苷上游合成的关键酶基因CfSQS的全长编码序列,并对其进行了生物信息学预测和组织表达分析。研究结果可为进一步研究重瓣铁线莲三萜类皂苷生物合成途径提供参考。 展开更多
关键词 重瓣铁线莲 三萜皂苷 鲨烯合酶 生物信息学分析
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基于转录组测序的金钱蒲类黄酮生物合成基因的表达分析
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作者 陈钰 马良 +1 位作者 饶雪娥 何舒澜 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期924-931,共8页
【目的】高通量测序获取金钱蒲(Acorus gramineus)7个不同组织转录组信息,为不同组织中类黄酮化学成分合成差异提供分子信息,进而在分子水平上研究金钱蒲不同组织内类黄酮化学成分合成差异。【方法】利用高通量测序技术平台完成金钱蒲7... 【目的】高通量测序获取金钱蒲(Acorus gramineus)7个不同组织转录组信息,为不同组织中类黄酮化学成分合成差异提供分子信息,进而在分子水平上研究金钱蒲不同组织内类黄酮化学成分合成差异。【方法】利用高通量测序技术平台完成金钱蒲7个不同部位的转录组测序,对unigenes进行功能注释,借助注释结果挖掘类黄酮生物合成通路,筛选通路中的差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs)并进行表达量分析。【结果】共获得高质量数据39.91~42.97 M,总碱基量为5.98~6.45 Gb,Q30碱基百分比大于94.05%,GC含量为47.81%~50.32%。18616条unigenes在GO数据库中获得62506个注释,根据功能划分为细胞组分、分子功能及生物过程三大类,分别对应6、14、21个亚类,大量基因分布在细胞解剖实体、连接、催化活性和细胞过程等亚类中。10124条unigenes富集在KEGG数据库的5大类19个亚类中,从其中筛选出4条类黄酮生物合成途径,14个关键酶,63个差异表达酶基因。这些基因在金钱蒲7个组织中具有表达差异性,表明这些结构基因在类黄酮生物合成过程中于不同部位发挥作用。【结论】研究结果丰富了金钱蒲的遗传信息,也为进一步解析金钱蒲类黄酮生物合成基因功能提供参考依据。 展开更多
关键词 金钱蒲 转录组 类黄酮 基因表达量
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