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鼩鼱科三物种转录组初步分析
被引量：
1
1
作者
周婧晶
丘银彬
+4 位作者
万韬
何水旺
蒋学龙
潘星华
何锴
《兽类学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期173-181,共9页
中国是鼩鼱科物种十分丰富的国家,已知有12属61个物种在中国分布,并演化出多种生态适应型。本研究采用高通量测序技术对小纹背鼩鼱、云南长尾鼩鼱和蹼足鼩3个物种的心和肺组织样本进行转录组测序。其中小纹背鼩鼱和云南长尾鼩营地表生活...
中国是鼩鼱科物种十分丰富的国家,已知有12属61个物种在中国分布,并演化出多种生态适应型。本研究采用高通量测序技术对小纹背鼩鼱、云南长尾鼩鼱和蹼足鼩3个物种的心和肺组织样本进行转录组测序。其中小纹背鼩鼱和云南长尾鼩营地表生活,蹼足鼩适应半水生生活。3个物种的转录组测序一共获得20.5 Gb的Clean Data,拼接后分别获得131045条、153621条和135838条Unigenes,BUSCO分析显示其中完整的保守基因最高为82.2%,共有同源基因家族超过8000个。此外,我们发现通过优化分析方案,可以将单拷贝基因的比例提高18%~25%,同时将多拷贝基因比例从28.4%~31.8%降为0.7%~1.1%。同物种不同组织间的基因差异表达分析找到各组织的标志性基因。转录组差异表达分析发现,蹼足鼩心脏和肺均高表达HIF1A基因,该基因是缺氧诱导因子信号通路中的关键基因,调节下游与缺氧应激相关基因的表达,可能与水生适应有关。
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关键词
劳亚食虫类
鼩鼱科
转录组从头组装
低氧适应
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职称材料
云南省两种兽类新纪录——藏鼩鼱(Sorex thibetanus Kast-schenko,1905)和甘肃鼩鼱(Sorex cansulus Thomas,1912)
被引量：
3
2
作者
宋文宇
王洪娇
+2 位作者
李弈仙
何水旺
蒋学龙
《兽类学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期352-360,共9页
目前对藏鼩鼱(Sorex thibetanus)和甘肃鼩鼱(Sorex cansulus)的分布范围和生物学资料了解较少。2017年,在云南省西北部的高山区域采集了48号鼩鼱属(Sorex)动物标本。用形态学和基于Cyt b基因的分子系统学对采集标本进行了物种鉴定。结...
目前对藏鼩鼱(Sorex thibetanus)和甘肃鼩鼱(Sorex cansulus)的分布范围和生物学资料了解较少。2017年,在云南省西北部的高山区域采集了48号鼩鼱属(Sorex)动物标本。用形态学和基于Cyt b基因的分子系统学对采集标本进行了物种鉴定。结果显示来自4个地点的27号标本形态上与藏鼩鼱相符,来自2个地点的21号标本与甘肃鼩鼱相似,但存在一定差异。基于Kimura-2-parameter的遗传距离显示,藏鼩鼱组内遗传距离为0.46%,甘肃鼩鼱组内遗传距离为0.42%。它们与其它鼩鼱属物种的组间遗传距离分别为10.76%~17.04%和6.59%~14.52%。最大似然(Maximum likelihood)树结果显示,来自云南省西北部的两种鼩鼱动物分别与藏鼩鼱(BS=71%)和甘肃鼩鼱(BS=100%)构成单系。上述结果支持这两种鼩鼱属动物分别为藏鼩鼱和甘肃鼩鼱,均为云南省兽类新纪录。
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关键词
红齿鼩鼱
区系
古北界
横断山
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职称材料
题名
鼩鼱科三物种转录组初步分析
被引量：
1
1
作者
周婧晶
丘银彬
万韬
何水旺
蒋学龙
潘星华
何锴
机构
南方医科大学基础医学院
陕西师范大学生命科学学院
中国科学院昆明动物研究所
出处
《兽类学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期173-181,共9页
基金
国家自然科学基金面上基金(31970389)
中国博士后科学基金面上项目(2009M652952)
广东省珠江人才计划本土创新科研团队(2017BT01S131)。
文摘
中国是鼩鼱科物种十分丰富的国家,已知有12属61个物种在中国分布,并演化出多种生态适应型。本研究采用高通量测序技术对小纹背鼩鼱、云南长尾鼩鼱和蹼足鼩3个物种的心和肺组织样本进行转录组测序。其中小纹背鼩鼱和云南长尾鼩营地表生活,蹼足鼩适应半水生生活。3个物种的转录组测序一共获得20.5 Gb的Clean Data,拼接后分别获得131045条、153621条和135838条Unigenes,BUSCO分析显示其中完整的保守基因最高为82.2%,共有同源基因家族超过8000个。此外,我们发现通过优化分析方案,可以将单拷贝基因的比例提高18%~25%,同时将多拷贝基因比例从28.4%~31.8%降为0.7%~1.1%。同物种不同组织间的基因差异表达分析找到各组织的标志性基因。转录组差异表达分析发现,蹼足鼩心脏和肺均高表达HIF1A基因,该基因是缺氧诱导因子信号通路中的关键基因,调节下游与缺氧应激相关基因的表达,可能与水生适应有关。
关键词
劳亚食虫类
鼩鼱科
转录组从头组装
低氧适应
Keywords
Eulipotyphla
Soricidae
Transcriptome de novo assembly
Adaptation to hypoxia
分类号
Q75 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
云南省两种兽类新纪录——藏鼩鼱(Sorex thibetanus Kast-schenko,1905)和甘肃鼩鼱(Sorex cansulus Thomas,1912)
被引量：
3
2
作者
宋文宇
王洪娇
李弈仙
何水旺
蒋学龙
机构
大理大学病原与媒介生物研究所
中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室
出处
《兽类学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期352-360,共9页
基金
第二次青藏高原综合考察研究专题(2019QZKK0501)
国家重点研发计划课题(2017YFC0505200)。
文摘
目前对藏鼩鼱(Sorex thibetanus)和甘肃鼩鼱(Sorex cansulus)的分布范围和生物学资料了解较少。2017年,在云南省西北部的高山区域采集了48号鼩鼱属(Sorex)动物标本。用形态学和基于Cyt b基因的分子系统学对采集标本进行了物种鉴定。结果显示来自4个地点的27号标本形态上与藏鼩鼱相符,来自2个地点的21号标本与甘肃鼩鼱相似,但存在一定差异。基于Kimura-2-parameter的遗传距离显示,藏鼩鼱组内遗传距离为0.46%,甘肃鼩鼱组内遗传距离为0.42%。它们与其它鼩鼱属物种的组间遗传距离分别为10.76%~17.04%和6.59%~14.52%。最大似然(Maximum likelihood)树结果显示,来自云南省西北部的两种鼩鼱动物分别与藏鼩鼱(BS=71%)和甘肃鼩鼱(BS=100%)构成单系。上述结果支持这两种鼩鼱属动物分别为藏鼩鼱和甘肃鼩鼱,均为云南省兽类新纪录。
关键词
红齿鼩鼱
区系
古北界
横断山
Keywords
Red-toothed shrew
Fauna
Palaearctic
Hengduan Mountain
分类号
Q958.1 [生物学—动物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
鼩鼱科三物种转录组初步分析
周婧晶
丘银彬
万韬
何水旺
蒋学龙
潘星华
何锴
《兽类学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
1
在线阅读
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职称材料
2
云南省两种兽类新纪录——藏鼩鼱(Sorex thibetanus Kast-schenko,1905)和甘肃鼩鼱(Sorex cansulus Thomas,1912)
宋文宇
王洪娇
李弈仙
何水旺
蒋学龙
《兽类学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
3
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