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基于转录组测序技术筛选NSUN2在卵巢癌细胞的基因差异表达
被引量：
2
1
作者
何婉珊
洪小山
+5 位作者
陈冠桥
陈斌
文斌
林育
韦之富
罗喜平
《实用医学杂志》
CAS
北大核心
2023年第9期1079-1085,共7页
目的应用RNA⁃seq技术研究NSUN2对卵巢癌细胞株A2780基因表达的影响,为阐明NSUN2在卵巢癌症发生发展中的作用提供理论依据。方法慢病毒介导的RNA干扰技术抑制A2780细胞中NSUN2的表达。以转染空载体的细胞为对照,使用RNA⁃seq技术对干扰细...
目的应用RNA⁃seq技术研究NSUN2对卵巢癌细胞株A2780基因表达的影响,为阐明NSUN2在卵巢癌症发生发展中的作用提供理论依据。方法慢病毒介导的RNA干扰技术抑制A2780细胞中NSUN2的表达。以转染空载体的细胞为对照,使用RNA⁃seq技术对干扰细胞株进行基因谱高通量测序分析,筛选出差异表达的基因。并通过KEGG Pathway、GO分析和GSEA富集分析,探索NSUN2调控的差异基因主要参与的相关信号通路和生物学过程。结果与对照组细胞相比,NSUN2敲低的A2780细胞株有1642个差异表达的基因,其中上调基因有1020个,下调基因有622个;通过GO分析、KEGG Pathway和GSEA富集分析发现差异表达基因主要富集在hedgehog信号通路、P53等信号通路上,参与了病毒转录、翻译起始和调节等生物过程;通过对P53信号通路的相关基因进一步分析,筛选出与改通路相关的3个关键基因(ZMAT3、EI24和CCND2),RT⁃qPCR验证其表达结果与测序结果相符。结论A2780 sh⁃NSUN2组与A2780 sh⁃NC组的基因表达谱间存在明显的差异,其差异基因主要富集于P53信号通路。在卵巢癌中NSUN2可能通过调控P53信号通路相关因子的表达,从而调控了卵巢癌的发生发展。
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关键词
NSUN2
卵巢癌
转录组测序技术
P53信号通路
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职称材料
基于转录组测序探索腺苷脱氨酶1对宫颈癌细胞的调控机制
2
作者
张华明
何婉珊
+5 位作者
韩芸
陈冠桥
陈斌
韦之富
伍恒英
文斌
《实用医学杂志》
CAS
北大核心
2023年第24期3169-3174,共6页
目的使用RNA-seq技术分析腺苷脱氨酶1(ADAR1)在宫颈癌Hela细胞株中对基因表达的调控情况,并为揭示ADAR1在宫颈癌发生和进展中的作用提供理论依据。方法对正常和ADAR1敲低的Hela细胞株进行RNA-seq测序,筛选出差异表达基因。通过KEGG Path...
目的使用RNA-seq技术分析腺苷脱氨酶1(ADAR1)在宫颈癌Hela细胞株中对基因表达的调控情况,并为揭示ADAR1在宫颈癌发生和进展中的作用提供理论依据。方法对正常和ADAR1敲低的Hela细胞株进行RNA-seq测序,筛选出差异表达基因。通过KEGG Pathway、GO cellular和GSEA富集分析,分析ADAR1在Hela细胞株中参与的相关信号通路和生物学过程。结果差异表达基因主要富集在免疫和炎症相关信号通路(如TNF-α/NF-κB、NIK/NF-κB、Jak/Stat-IL-6)、Hippo信号通路、TGF-β等信号通路上,参与了干扰素应答、细胞氨基酸代谢调控、蛋白质泛素化/去泛素化、病毒转录等生物过程;对NF-κB信号通路的相关基因进行深入分析后发现,ADAR1敲低后,NF-κB1和TRAF5的mRNA表达水平明显升高(P<0.05)。结论ADAR1可能通过调控NF-κB信号通路相关因子的表达,进而调控宫颈癌的发生和发展。
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关键词
腺苷脱氨酶1
宫颈癌
转录组测序技术
NF-ΚB信号通路
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职称材料
题名
基于转录组测序技术筛选NSUN2在卵巢癌细胞的基因差异表达
被引量：
2
1
作者
何婉珊
洪小山
陈冠桥
陈斌
文斌
林育
韦之富
罗喜平
机构
广州医科大学
广东省妇幼保健院妇科
南方医科大学
暨南大学附属顺德医院妇科
出处
《实用医学杂志》
CAS
北大核心
2023年第9期1079-1085,共7页
基金
广州市科技计划项目(编号:202002030174)。
文摘
目的应用RNA⁃seq技术研究NSUN2对卵巢癌细胞株A2780基因表达的影响,为阐明NSUN2在卵巢癌症发生发展中的作用提供理论依据。方法慢病毒介导的RNA干扰技术抑制A2780细胞中NSUN2的表达。以转染空载体的细胞为对照,使用RNA⁃seq技术对干扰细胞株进行基因谱高通量测序分析,筛选出差异表达的基因。并通过KEGG Pathway、GO分析和GSEA富集分析,探索NSUN2调控的差异基因主要参与的相关信号通路和生物学过程。结果与对照组细胞相比,NSUN2敲低的A2780细胞株有1642个差异表达的基因,其中上调基因有1020个,下调基因有622个;通过GO分析、KEGG Pathway和GSEA富集分析发现差异表达基因主要富集在hedgehog信号通路、P53等信号通路上,参与了病毒转录、翻译起始和调节等生物过程;通过对P53信号通路的相关基因进一步分析,筛选出与改通路相关的3个关键基因(ZMAT3、EI24和CCND2),RT⁃qPCR验证其表达结果与测序结果相符。结论A2780 sh⁃NSUN2组与A2780 sh⁃NC组的基因表达谱间存在明显的差异,其差异基因主要富集于P53信号通路。在卵巢癌中NSUN2可能通过调控P53信号通路相关因子的表达,从而调控了卵巢癌的发生发展。
关键词
NSUN2
卵巢癌
转录组测序技术
P53信号通路
Keywords
NSUN2
ovarian cancer
RNA⁃seq technology
P53 signaling pathway
分类号
R711.75 [医药卫生—妇产科学]
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职称材料
题名
基于转录组测序探索腺苷脱氨酶1对宫颈癌细胞的调控机制
2
作者
张华明
何婉珊
韩芸
陈冠桥
陈斌
韦之富
伍恒英
文斌
机构
广东省妇幼保健院
广州医科大学
暨南大学附属顺德医院
出处
《实用医学杂志》
CAS
北大核心
2023年第24期3169-3174,共6页
基金
广东省中医药局科研项目(编号:20223033)
广州市科技计划项目(编号:202002030174)。
文摘
目的使用RNA-seq技术分析腺苷脱氨酶1(ADAR1)在宫颈癌Hela细胞株中对基因表达的调控情况,并为揭示ADAR1在宫颈癌发生和进展中的作用提供理论依据。方法对正常和ADAR1敲低的Hela细胞株进行RNA-seq测序,筛选出差异表达基因。通过KEGG Pathway、GO cellular和GSEA富集分析,分析ADAR1在Hela细胞株中参与的相关信号通路和生物学过程。结果差异表达基因主要富集在免疫和炎症相关信号通路(如TNF-α/NF-κB、NIK/NF-κB、Jak/Stat-IL-6)、Hippo信号通路、TGF-β等信号通路上,参与了干扰素应答、细胞氨基酸代谢调控、蛋白质泛素化/去泛素化、病毒转录等生物过程;对NF-κB信号通路的相关基因进行深入分析后发现,ADAR1敲低后,NF-κB1和TRAF5的mRNA表达水平明显升高(P<0.05)。结论ADAR1可能通过调控NF-κB信号通路相关因子的表达,进而调控宫颈癌的发生和发展。
关键词
腺苷脱氨酶1
宫颈癌
转录组测序技术
NF-ΚB信号通路
Keywords
adenosine deaminase RNA specific 1
cervical cancer
RNA-seq technology
NF-κB signaling pathway
分类号
R711.74 [医药卫生—妇产科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于转录组测序技术筛选NSUN2在卵巢癌细胞的基因差异表达
何婉珊
洪小山
陈冠桥
陈斌
文斌
林育
韦之富
罗喜平
《实用医学杂志》
CAS
北大核心
2023
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于转录组测序探索腺苷脱氨酶1对宫颈癌细胞的调控机制
张华明
何婉珊
韩芸
陈冠桥
陈斌
韦之富
伍恒英
文斌
《实用医学杂志》
CAS
北大核心
2023
0
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