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牙鲆mstn基因SNPs位点多态性与生长性状的关联分析
1
作者
李兵部
王桂兴
+9 位作者
张晓彦
刘玉峰
何忠伟
曹巍
任建功
任玉芹
张祎桐
伞利择
王玉芬
侯吉伦
《南方水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期119-128,共10页
为研究牙鲆(Paralichthys olivaceus)肌肉生长抑制基因(mstn)多态性,开发其分子辅助育种新标记,采用重测序方法对120尾牙鲆(3个双克隆杂交家系:60尾;3个雌核发育家系:60尾)的mstn基因进行单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism...
为研究牙鲆(Paralichthys olivaceus)肌肉生长抑制基因(mstn)多态性,开发其分子辅助育种新标记,采用重测序方法对120尾牙鲆(3个双克隆杂交家系:60尾;3个雌核发育家系:60尾)的mstn基因进行单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点筛选,并对不同基因型个体的生长性状进行多重比较及SNP标记验证。结果显示,共检测到7个SNPs位点,均为颠换型突变;外显子区3个(Exonl 1:G2063A;Exonl 3:C3883T,C4009A),为同义突变;内含子区3个(Intron 1:A2444T;Intron 2:T3816C,A3832C);3'端非编码区1个(3'UTR:C4564A)。SNPs与生长性状关联分析结果表明,A3832C和C4564A标记位点与牙鲆体质量、体长、体高等生长性状显著相关(P<0.05),其中A3832C位点AA基因型和C4564A位点AC基因型在生长上表现出优势,A3832C位点CC和C4564A位点AA、CC基因型在生长上表现出劣势,其他5个SNPs位点对牙鲆生长性状影响不显著(P>0.05)。将A3832C和C4564A标记位点在牙鲆生长快速群体(F:60尾)和生长缓慢群体(S:60尾)中验证,验证结果与多重比对结果一致,表明2个SNPs位点具有较高的稳定性。综上所述,研究筛选出了牙鲆mstn基因中与生长性状显著相关的A3832C和C4564A两个标记位点,为牙鲆分子辅助育种提供了理论参考。
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关键词
牙鲆
肌肉生长抑制基因
单核苷酸多态性
生长性状
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职称材料
基于卵形鲳鲹基因组重测序的InDel标记挖掘与耐低氧性状关联分析
被引量：
4
2
作者
伞利择
刘宝锁
+4 位作者
张楠
郭梁
郭华阳
朱克诚
张殿昌
《南方水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第5期100-109,共10页
卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)是高耗氧率的鱼类,低氧极易导致其死亡。筛选其耐低氧性状InDel分子标记并挖掘影响耐低氧性状的功能基因,可为选育具有较强耐低氧能力的卵形鲳鲹提供有益指导。利用全基因组重测序技术分析了卵形鲳鲹基因In...
卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)是高耗氧率的鱼类,低氧极易导致其死亡。筛选其耐低氧性状InDel分子标记并挖掘影响耐低氧性状的功能基因,可为选育具有较强耐低氧能力的卵形鲳鲹提供有益指导。利用全基因组重测序技术分析了卵形鲳鲹基因InDel差异,挖掘卵形鲳鲹与耐低氧性状显著关联的InDel位点,并探讨了与耐低氧性状相关的候选基因。结果表明,测序共获得693.48 Gb数据,其中Q30的平均值为90.8%,注释分析发现了共2574178个InDel位点。敏感组50尾卵形鲳鲹所特有的InDel共249395个,其中2209个位于外显子上,在核苷酸切除修复信号通路和细胞黏着分子中存在变异基因。将InDel位点与耐低氧性状关联分析发现,3个InDel位点(InDel 22883061、InDel 24919481和InDel 14451779)接近显著性阈值,注释分析获得了9个候选基因。筛选到的InDel位点对后期分子标记选择育种的选择和鉴定有重要价值,注释到的候选基因为卵形鲳鲹耐低氧的机理研究提供了基础和依据。
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关键词
卵形鲳鲹
INDEL
重测序
耐低氧性状
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职称材料
题名
牙鲆mstn基因SNPs位点多态性与生长性状的关联分析
1
作者
李兵部
王桂兴
张晓彦
刘玉峰
何忠伟
曹巍
任建功
任玉芹
张祎桐
伞利择
王玉芬
侯吉伦
机构
中国水产科学研究院北戴河中心实验站/河北省渤海鱼类种质资源保护与利用重点实验室
中国水产科学研究院渤海渔业研究中心
出处
《南方水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期119-128,共10页
基金
河北省自然科学基金面上项目(C2022107003)
中国水产科学研究院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金资助(2023-TD43)
国家现代农业产业技术体系(CARS-47)。
文摘
为研究牙鲆(Paralichthys olivaceus)肌肉生长抑制基因(mstn)多态性,开发其分子辅助育种新标记,采用重测序方法对120尾牙鲆(3个双克隆杂交家系:60尾;3个雌核发育家系:60尾)的mstn基因进行单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点筛选,并对不同基因型个体的生长性状进行多重比较及SNP标记验证。结果显示,共检测到7个SNPs位点,均为颠换型突变;外显子区3个(Exonl 1:G2063A;Exonl 3:C3883T,C4009A),为同义突变;内含子区3个(Intron 1:A2444T;Intron 2:T3816C,A3832C);3'端非编码区1个(3'UTR:C4564A)。SNPs与生长性状关联分析结果表明,A3832C和C4564A标记位点与牙鲆体质量、体长、体高等生长性状显著相关(P<0.05),其中A3832C位点AA基因型和C4564A位点AC基因型在生长上表现出优势,A3832C位点CC和C4564A位点AA、CC基因型在生长上表现出劣势,其他5个SNPs位点对牙鲆生长性状影响不显著(P>0.05)。将A3832C和C4564A标记位点在牙鲆生长快速群体(F:60尾)和生长缓慢群体(S:60尾)中验证,验证结果与多重比对结果一致,表明2个SNPs位点具有较高的稳定性。综上所述,研究筛选出了牙鲆mstn基因中与生长性状显著相关的A3832C和C4564A两个标记位点,为牙鲆分子辅助育种提供了理论参考。
关键词
牙鲆
肌肉生长抑制基因
单核苷酸多态性
生长性状
Keywords
Paralichthys olivaceus
mstn gene
SNPs
Growth traits
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
基于卵形鲳鲹基因组重测序的InDel标记挖掘与耐低氧性状关联分析
被引量：
4
2
作者
伞利择
刘宝锁
张楠
郭梁
郭华阳
朱克诚
张殿昌
机构
河北农业大学海洋学院
中国水产科学研究院南海水产研究所/农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室
广东省海洋生物种业工程技术研究中心
出处
《南方水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第5期100-109,共10页
基金
国家自然科学基金项目(U20A2064)
财政部和农业农村部:国家海水鱼产业技术体系资助(CARS-47)
+1 种基金
国家重点研发计划项目(2018YFD0900301)
中国水产科学研究院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金资助(2020TD29)。
文摘
卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)是高耗氧率的鱼类,低氧极易导致其死亡。筛选其耐低氧性状InDel分子标记并挖掘影响耐低氧性状的功能基因,可为选育具有较强耐低氧能力的卵形鲳鲹提供有益指导。利用全基因组重测序技术分析了卵形鲳鲹基因InDel差异,挖掘卵形鲳鲹与耐低氧性状显著关联的InDel位点,并探讨了与耐低氧性状相关的候选基因。结果表明,测序共获得693.48 Gb数据,其中Q30的平均值为90.8%,注释分析发现了共2574178个InDel位点。敏感组50尾卵形鲳鲹所特有的InDel共249395个,其中2209个位于外显子上,在核苷酸切除修复信号通路和细胞黏着分子中存在变异基因。将InDel位点与耐低氧性状关联分析发现,3个InDel位点(InDel 22883061、InDel 24919481和InDel 14451779)接近显著性阈值,注释分析获得了9个候选基因。筛选到的InDel位点对后期分子标记选择育种的选择和鉴定有重要价值,注释到的候选基因为卵形鲳鲹耐低氧的机理研究提供了基础和依据。
关键词
卵形鲳鲹
INDEL
重测序
耐低氧性状
Keywords
Trachinotus ovatus
InDel
Resequencing
Hypoxia tolerance trait
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
牙鲆mstn基因SNPs位点多态性与生长性状的关联分析
李兵部
王桂兴
张晓彦
刘玉峰
何忠伟
曹巍
任建功
任玉芹
张祎桐
伞利择
王玉芬
侯吉伦
《南方水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于卵形鲳鲹基因组重测序的InDel标记挖掘与耐低氧性状关联分析
伞利择
刘宝锁
张楠
郭梁
郭华阳
朱克诚
张殿昌
《南方水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2022
4
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