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Asp25质子化有利于HIV-1蛋白酶与抑制剂GRL02031结合被引量：7: 1; 作者伊长虹陈建中 +1 位作者朱通张庆刚《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期11-16,共6页; GRL02031是人体免疫缺陷病毒(HIV-1)天冬氨酸蛋白酶的抑制剂,是潜在的治疗艾滋病药物,HIV-1蛋白酶中Asp25/Asp25’的质子化状态对于理解HIV-1蛋白酶和抑制剂的作用机制以及氨基酸变异对抗药性的影响有重要意义.本文对Protease-GRL02031(... 展开更多; 关键词 HIV-1蛋白酶分子动力学 MM-PBSA方法结合自由能质子化; 在线阅读下载PDF 职称材料

HIV-1蛋白酶与抑制剂BEG相互作用的分子对接计算研究被引量：4: 2; 作者伊长虹梁志强 +3 位作者王伟张少龙张庆刚陈建中《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期718-723,共6页; 本文使用分子对接方法和MM/PBSA方法计算抑制剂BEG与HIV-1蛋白酶的结合自由能,结果表明范德华相互作用主宰了BEG与HIV-1蛋白酶的结合,还证明分子对接采用的分子力场相比于Amber12力场更适合于BEG-HIV蛋白酶系统.本文采用基于残基的自由... 展开更多; 关键词分子动力学结合自由能 H IV-1蛋白酶分子对接方法; 在线阅读下载PDF 职称材料

HIV-1蛋白酶与抑制剂3G3相互作用机制的分子动力学研究被引量：2: 3; 作者伊长虹梁志强 +3 位作者王伟尹妍妍李洪云陈建中《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期994-1001,共8页; HIV-1蛋白酶已经成为治疗艾滋病药物设计的重要靶标.本文采用分子动力学模拟和MM-PB/SA方法计算了抑制剂3G3与HIV-1蛋白酶的结合自由能,结果表明范德华作用驱动了3G3与蛋白酶的结合.同时也采用了基于残基的自由能分解方法计算了抑制剂-... 展开更多; 关键词分子动力学模拟 MM—PB SA方法抑制剂-残基相互作用 HIV-1蛋白酶; 在线阅读下载PDF 职称材料

抑制剂G4G与HIV-1蛋白酶作用模式的结合自由能计算研究被引量：1: 4; 作者伊长虹梁志强 +3 位作者王伟张少龙张庆刚陈建中《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期855-860,共6页; 本文采用分子动力学模拟和结合自由能计算研究了抑制剂G4G与HIV-1蛋白酶的作用机制.研究结果表明范德华作用主导了抑制剂G4G与HIV-1蛋白酶的结合.基于残基的自由能计算表明残基Gly49、Ile50、Val82、Ile84、Gly27′、Ala28′、Ile50′和... 展开更多; 关键词分子动力学结合自由能 HIV-1蛋白酶; 在线阅读下载PDF 职称材料

p53-MDM2相互作用的分子力学和动力学研究被引量：11: 5; 作者程伟渊梁志强 +3 位作者张庆刚伊长虹王伟王克彦《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期393-399,共7页; p53-MDM2相互作用的抑制已经成为治疗癌症的新方法.本文将分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics/passion-Boltzman surface area)方法结合起来研究MDM2-p53相互作用机制。结果证明范德华相互作用驱动了MDM2与p53的结合.基于残基... 展开更多; 关键词分子动力学 MM-PBSA 结合自由能 p53-MDM2相互作用氢键动力学; 在线阅读下载PDF 职称材料

抑制剂8CA与脂肪细胞脂肪酸结合蛋白(A-FABP)结合模式的分子动力学研究被引量：1: 6; 作者尹妍妍梁志强 +4 位作者王伟伊长虹李洪云赵娟张庆刚《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期339-344,共6页; 脂肪细胞脂肪酸结合蛋白A-FABP(Adipocyte fatty-acid binding protein)是治疗脂质调节生物过程相关疾病的重要靶标.采用分子动力学模拟和MM-PBSA方法研究抑制剂8CA与A-FABP结合模式,结果表明静电相互作用和范德华作用驱动了抑制剂8CA与... 展开更多; 关键词分子动力学模拟 MM-PBSA方法 A-FABP 抑制剂-残基相互作用; 在线阅读下载PDF 职称材料

抑制剂Benzamidine与胰岛素作用机制的分子动力学和结合自由能计算研究被引量：2: 7; 作者王青梁志强 +3 位作者王伟伊长虹李洪云赵娟《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期951-956,共6页; 氢键和极性相互作用在抑制剂-蛋白结合专一性识别过程中起到重要作用.抑制剂Benzamidine(BEN)与胰岛素trypsin相互作用机制的阐明有助于胰岛素高效抑制剂的研发.本文采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Poisson Boltzmann... 展开更多; 关键词胰岛素trypsin 分子动力学结合自由能抑制剂Benzamidine.; 在线阅读下载PDF 职称材料

I50V变异对HIV-1蛋白酶抑制剂Amprenavir抗药机制的分子动力学研究被引量：1: 8; 作者吴世亮梁志强 +3 位作者王伟伊长虹李洪云赵娟《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2017年第1期130-135,共6页; HIV-1蛋白酶PR(HIV-1 protease)的变异对抑制剂产生抗药性,严重消弱抗艾滋病的治疗效果.I50V变异是HIV-1蛋白酶残基变异中最重要的一个.采用分子动力学模拟和溶解相互作用能方法SIE(solvated interaction energy)研究I50V变异对抑制剂AP... 展开更多; 关键词 HIV-1蛋白酶溶解相互作用能方法分子动力学模拟抗药性; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名Asp25质子化有利于HIV-1蛋白酶与抑制剂GRL02031结合被引量：7: 1; 作者伊长虹陈建中朱通张庆刚; 机构山东师范大学物理与电子科学学院山东交通学院数理系中国科学院大连化物所分子模拟与设计实验室; 出处《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期11-16,共6页; 基金国家自然科学基金(10874104) 山东省自然科学基金(Z2007A05); 文摘 GRL02031是人体免疫缺陷病毒(HIV-1)天冬氨酸蛋白酶的抑制剂,是潜在的治疗艾滋病药物,HIV-1蛋白酶中Asp25/Asp25’的质子化状态对于理解HIV-1蛋白酶和抑制剂的作用机制以及氨基酸变异对抗药性的影响有重要意义.本文对Protease-GRL02031(PR-031)复合物的最可能的四种质子化状态进行了5ns分子动力学模拟,分析了Asp25/Asp25’不同的质子化状态对动力学特征和作用机制的影响,用MM-PBSA的方法计算了PR-031复合物在各种质子化状态下的结合自由能,同时对作为PR-031作用桥梁的水分子与PR-031复合物形成氢键的分析,表明水分子在ASP25质子化状态下最为稳定.结果显示A链ASP25中OD2质子化更有利于蛋白酶与抑制剂GRL02031的结合,是最可能的质子化状态.这对更高效的抗变异药物的设计提供了理论上的指导.; 关键词 HIV-1蛋白酶分子动力学 MM-PBSA方法结合自由能质子化; Keywords HIV-protease, molecular dynamics, MM-PBSA method, binding free energy, protonation state; 分类号 Q641.12 [生物学—生物物理学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名HIV-1蛋白酶与抑制剂BEG相互作用的分子对接计算研究被引量：4: 2; 作者伊长虹梁志强王伟张少龙张庆刚陈建中; 机构山东交通学院理学院山东师范大学物理与电子科学学院; 出处《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期718-723,共6页; 基金国家自然科学基金(11104164 11274206和31200545) +1 种基金山东交通学院博士启动资金和校自然基金; 文摘本文使用分子对接方法和MM/PBSA方法计算抑制剂BEG与HIV-1蛋白酶的结合自由能,结果表明范德华相互作用主宰了BEG与HIV-1蛋白酶的结合,还证明分子对接采用的分子力场相比于Amber12力场更适合于BEG-HIV蛋白酶系统.本文采用基于残基的自由能分解方法计算了抑制剂-残基相互作用,结果表明残基Leu23、Gly49、Ile50、Val82、Ile84、Asp25′、Gly27′、Ala28′、Gly49′、Ile50′和Ile84′与BEG产生了较强的相互作用,同时也证明CH-π和CH-O相互作用驱动了抑制剂BEG与HIV-1蛋白酶的结合.我们期望这个研究能为艾滋病治疗药物的合理化设计提供理论上的指导和实验上的参考.; 关键词分子动力学结合自由能 H IV-1蛋白酶分子对接方法; Keywords Molecular dynamics Binding free energy HIV-1 protease Molecular docking method; 分类号 TQ321 [化学工程—合成树脂塑料工业]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名HIV-1蛋白酶与抑制剂3G3相互作用机制的分子动力学研究被引量：2: 3; 作者伊长虹梁志强王伟尹妍妍李洪云陈建中; 机构山东交通学院理学院; 出处《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期994-1001,共8页; 基金国家自然科学基金(11104164) 山东省自然科学基金(ZR2011HM048) +1 种基金山东交通学院博士基金山东交通学院自然科学基金; 文摘 HIV-1蛋白酶已经成为治疗艾滋病药物设计的重要靶标.本文采用分子动力学模拟和MM-PB/SA方法计算了抑制剂3G3与HIV-1蛋白酶的结合自由能,结果表明范德华作用驱动了3G3与蛋白酶的结合.同时也采用了基于残基的自由能分解方法计算了抑制剂-残基相互作用,结果证明残基Ala28,Val32/Val32′,Ile47,Gly49,Ile50/Ile50′,Ile84/Ile84′和Pro81′能与蛋白酶产生较为强烈的相互作用,同时也表明CH-π,π-π和CH-O相互作用控制了3G3与蛋白酶的结合.我们期望这个研究能为抗艾滋病的药物设计提供理论上的指导.; 关键词分子动力学模拟 MM—PB SA方法抑制剂-残基相互作用 HIV-1蛋白酶; Keywords molecular dynamics simulation, MM-PB/SA method, inhibitor-residue interaction, HIV-1 protease; 分类号 Q641.12 [生物学—生物物理学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名抑制剂G4G与HIV-1蛋白酶作用模式的结合自由能计算研究被引量：1: 4; 作者伊长虹梁志强王伟张少龙张庆刚陈建中; 机构山东交通学院理学院山东师范大学物理与电子科学学院; 出处《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期855-860,共6页; 基金国家自然科学基金(11104164 11274206 +3 种基金 31200545) 山东交通学院博士启动资金校自然基金; 文摘本文采用分子动力学模拟和结合自由能计算研究了抑制剂G4G与HIV-1蛋白酶的作用机制.研究结果表明范德华作用主导了抑制剂G4G与HIV-1蛋白酶的结合.基于残基的自由能计算表明残基Gly49、Ile50、Val82、Ile84、Gly27′、Ala28′、Ile50′和Ile84′与G4G产生了较强的相互作用,同时研究也表明CH-π,CH-O相互作用和氢键是其主要的作用形式.该研究能为以HIV-1蛋白酶为靶标的抗艾滋病药物设计提供理论上的指导.; 关键词分子动力学结合自由能 HIV-1蛋白酶; Keywords molecular dynamics, binding free energy, HIV-1 protease; 分类号 Q641.12 [生物学—生物物理学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名p53-MDM2相互作用的分子力学和动力学研究被引量：11: 5; 作者程伟渊梁志强张庆刚伊长虹王伟王克彦; 机构山东交通学院外语系山东交通学院数理系山东师范大学物理与电子科学学院; 出处《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期393-399,共7页; 基金国家自然科学基金(10874104 11104164); 文摘 p53-MDM2相互作用的抑制已经成为治疗癌症的新方法.本文将分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics/passion-Boltzman surface area)方法结合起来研究MDM2-p53相互作用机制。结果证明范德华相互作用驱动了MDM2与p53的结合.基于残基-残基相互作用的计算不仅证明p53的三个残基Phe19′,Trp23′和Leu26′与MDM2有较强的相互作用,而且还发现另外两个残基Leu22′和Pro27′也与MDM2有较强的相互作用,这为抗癌药物的设计提供了新靶标.同时也证明CH-CH,CH-π和π-π相互作用驱动了p53在MDM2疏水性裂缝中的结合.; 关键词分子动力学 MM-PBSA 结合自由能 p53-MDM2相互作用氢键动力学; Keywords Molecular dynamics, binding free energy, MM-PBSA, p53-MDM2 interaction, hydrogenbond; 分类号 Q641.12 [生物学—生物物理学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名抑制剂8CA与脂肪细胞脂肪酸结合蛋白(A-FABP)结合模式的分子动力学研究被引量：1: 6; 作者尹妍妍梁志强王伟伊长虹李洪云赵娟张庆刚; 机构山东交通学院理学院山东师范大学物理与电子科学学院; 出处《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期339-344,共6页; 基金国家自然科学基金(11504206 11274206) 山东省高等学校科技计划项目(J14LJ07); 文摘脂肪细胞脂肪酸结合蛋白A-FABP(Adipocyte fatty-acid binding protein)是治疗脂质调节生物过程相关疾病的重要靶标.采用分子动力学模拟和MM-PBSA方法研究抑制剂8CA与A-FABP结合模式,结果表明静电相互作用和范德华作用驱动了抑制剂8CA与A-FABP的结合.基于残基的能量分解表明抑制剂8CA与R126间的极性相互作用为抑制剂与A-FABP的结合提供了重要贡献,该残基与8CA的相互作用较好地稳定了抑制剂与A-FABP复合物的稳定性.期望该研究可为治疗炎症、动脉硬化和代谢病药物设计提供一定的理论指导.; 关键词分子动力学模拟 MM-PBSA方法 A-FABP 抑制剂-残基相互作用; Keywords Molecular dynamics simulation MM- PBSA A- FABP Inhibitor- residue interaction; 分类号 Q641.12 [生物学—生物物理学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名抑制剂Benzamidine与胰岛素作用机制的分子动力学和结合自由能计算研究被引量：2: 7; 作者王青梁志强王伟伊长虹李洪云赵娟; 机构山东交通学院理学院; 出处《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期951-956,共6页; 基金国家自然科学基金(11504206 11274206) 山东省高等学校科技计划项目(J14LJ07); 文摘氢键和极性相互作用在抑制剂-蛋白结合专一性识别过程中起到重要作用.抑制剂Benzamidine(BEN)与胰岛素trypsin相互作用机制的阐明有助于胰岛素高效抑制剂的研发.本文采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Poisson Boltzmann surface area)从原子层次上研究BEN与胰岛素的结合模式.结果表明抑制剂BEN的脒基不仅与Asp189的羰基产生静电相互作用,而且与残基Ser190和Gly214形成氢键相互作用.基于残基能量分解的计算表明抑制剂的苯基与残基His58,Cys191,Gln192,Trp211,Gly212和Cys215形成有利于抑制剂结合的疏水性相互作用.期望当前的研究能为胰岛素有效抑制剂的研发提供重要的理论指导.; 关键词胰岛素trypsin 分子动力学结合自由能抑制剂Benzamidine.; Keywords Trypsin Molecular dynamics simulations Binding free energy Inhibitor benzamidine; 分类号 Q641.12 [生物学—生物物理学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名I50V变异对HIV-1蛋白酶抑制剂Amprenavir抗药机制的分子动力学研究被引量：1: 8; 作者吴世亮梁志强王伟伊长虹李洪云赵娟; 机构山东交通学院理学院; 出处《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2017年第1期130-135,共6页; 基金国家自然科学基金(11504206 11274206) 山东省高等学校科技计划项目(J14LJ07); 文摘 HIV-1蛋白酶PR(HIV-1 protease)的变异对抑制剂产生抗药性,严重消弱抗艾滋病的治疗效果.I50V变异是HIV-1蛋白酶残基变异中最重要的一个.采用分子动力学模拟和溶解相互作用能方法SIE(solvated interaction energy)研究I50V变异对抑制剂APV(amprenavir)抗药机制.分子动力学分析表明I50V变异诱导HIV-1蛋白酶整体柔性的增加,影响了抑制剂与蛋白酶的相互作用.结合自由能计算表明范德华作用的下降驱动了I50V变异对APV的抗药性.基于残基的能量分解证明V50/V50'与APV的相互作用相对于野生型的I50/I50'明显减弱,诱导了抗药性.本研究能为高效的缓解抗药性抑制剂的研发提供一定的理论指导.; 关键词 HIV-1蛋白酶溶解相互作用能方法分子动力学模拟抗药性; Keywords HIV - 1 protease Solvated interaction energy Molecular dynamics simulation Drug resistance; 分类号 Q641.12 [生物学—生物物理学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	Asp25质子化有利于HIV-1蛋白酶与抑制剂GRL02031结合	伊长虹陈建中朱通张庆刚	《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心	2011	7	在线阅读下载PDF 职称材料
2	HIV-1蛋白酶与抑制剂BEG相互作用的分子对接计算研究	伊长虹梁志强王伟张少龙张庆刚陈建中	《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心	2014	4	在线阅读下载PDF 职称材料
3	HIV-1蛋白酶与抑制剂3G3相互作用机制的分子动力学研究	伊长虹梁志强王伟尹妍妍李洪云陈建中	《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心	2013	2	在线阅读下载PDF 职称材料
4	抑制剂G4G与HIV-1蛋白酶作用模式的结合自由能计算研究	伊长虹梁志强王伟张少龙张庆刚陈建中	《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心	2013	1	在线阅读下载PDF 职称材料
5	p53-MDM2相互作用的分子力学和动力学研究	程伟渊梁志强张庆刚伊长虹王伟王克彦	《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心	2012	11	在线阅读下载PDF 职称材料
6	抑制剂8CA与脂肪细胞脂肪酸结合蛋白(A-FABP)结合模式的分子动力学研究	尹妍妍梁志强王伟伊长虹李洪云赵娟张庆刚	《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心	2016	1	在线阅读下载PDF 职称材料
7	抑制剂Benzamidine与胰岛素作用机制的分子动力学和结合自由能计算研究	王青梁志强王伟伊长虹李洪云赵娟	《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心	2016	2	在线阅读下载PDF 职称材料
8	I50V变异对HIV-1蛋白酶抑制剂Amprenavir抗药机制的分子动力学研究	吴世亮梁志强王伟伊长虹李洪云赵娟	《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心	2017	1	在线阅读下载PDF 职称材料