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DEV核衣壳蛋白二级结构与B细胞表位预测
被引量：
4
1
作者
代淑燕
程振涛
+2 位作者
汪德生
文明
周碧君
《山地农业生物学报》
2008年第4期335-339,共5页
为预测和分析鸭肠炎病毒NP蛋白的二级结构和B细胞表位，以DEV-NP基因推导的氨基酸序列为基础。采用Chou-Fasman法、Ganmier-Robson法和Karplus-Schulz法预测该蛋白二级结构；按Kyte—Doolittle方案、Emini方案和Jameson-Wolf方案预测其...
为预测和分析鸭肠炎病毒NP蛋白的二级结构和B细胞表位，以DEV-NP基因推导的氨基酸序列为基础。采用Chou-Fasman法、Ganmier-Robson法和Karplus-Schulz法预测该蛋白二级结构；按Kyte—Doolittle方案、Emini方案和Jameson-Wolf方案预测其B细胞抗原表位。结果表明，DEV-NP蛋白的二级结构较为复杂，含有较多的转角、无规则卷曲等柔性区域以及α-螺旋与β-折叠区段，且在蛋白肽链中有多个区段可形成B细胞抗原表位，其中第10—15和182—186区段及其附近可能是DEV-NP蛋白的B细胞表位优势区。
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关键词
鸭肠炎病毒
核衣壳蛋白
二级结构
B细胞抗原表位
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职称材料
鸭肠炎病毒核衣壳蛋白密码子偏爱性分析
被引量：
3
2
作者
高颖
代淑燕
+3 位作者
张荷
程振涛
周碧君
文明
《山地农业生物学报》
2011年第2期136-140,共5页
为给鸭肠炎病毒(DEV)核衣壳蛋白(NP)基因选择良好的宿主表达系统提供参考依据,本研究运用EM-BOSS软件包CHIPS和CUSP程序对DEVNP基因进行了密码子偏爱性分析。结果显示,DEV NP基因的ENC值为51.180,编码NP蛋白的A、I等氨基酸不同密码子的...
为给鸭肠炎病毒(DEV)核衣壳蛋白(NP)基因选择良好的宿主表达系统提供参考依据,本研究运用EM-BOSS软件包CHIPS和CUSP程序对DEVNP基因进行了密码子偏爱性分析。结果显示,DEV NP基因的ENC值为51.180,编码NP蛋白的A、I等氨基酸不同密码子的使用频率存在一定的差异;从与DEV NP基因密码子使用频率比值上看,大肠杆菌22个、酵母18个、鸭12个和人20个密码子存在较大的偏爱性。由此可见,编码DEVNP蛋白密码子出现频率较均一,且酵母等真核生物与其密码子偏爱性较为接近,可作为该基因体外表达宿主的首选。
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关键词
鸭肠炎病毒
核衣壳蛋白
密码子偏爱性
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职称材料
题名
DEV核衣壳蛋白二级结构与B细胞表位预测
被引量：
4
1
作者
代淑燕
程振涛
汪德生
文明
周碧君
机构
贵州大学动物科学学院
出处
《山地农业生物学报》
2008年第4期335-339,共5页
基金
国家自然科学基金项目资助(No.30760182)
文摘
为预测和分析鸭肠炎病毒NP蛋白的二级结构和B细胞表位，以DEV-NP基因推导的氨基酸序列为基础。采用Chou-Fasman法、Ganmier-Robson法和Karplus-Schulz法预测该蛋白二级结构；按Kyte—Doolittle方案、Emini方案和Jameson-Wolf方案预测其B细胞抗原表位。结果表明，DEV-NP蛋白的二级结构较为复杂，含有较多的转角、无规则卷曲等柔性区域以及α-螺旋与β-折叠区段，且在蛋白肽链中有多个区段可形成B细胞抗原表位，其中第10—15和182—186区段及其附近可能是DEV-NP蛋白的B细胞表位优势区。
关键词
鸭肠炎病毒
核衣壳蛋白
二级结构
B细胞抗原表位
Keywords
duck enteritis virus
nucleocapsid protein
secondary structure
antigenic epitopes on B cell
分类号
S858.325.3 [农业科学—临床兽医学]
Q785 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
鸭肠炎病毒核衣壳蛋白密码子偏爱性分析
被引量：
3
2
作者
高颖
代淑燕
张荷
程振涛
周碧君
文明
机构
贵州大学动物科学学院
贵州省动物疫病研究室
出处
《山地农业生物学报》
2011年第2期136-140,共5页
基金
国家自然科学基金项目资助(30760182)
文摘
为给鸭肠炎病毒(DEV)核衣壳蛋白(NP)基因选择良好的宿主表达系统提供参考依据,本研究运用EM-BOSS软件包CHIPS和CUSP程序对DEVNP基因进行了密码子偏爱性分析。结果显示,DEV NP基因的ENC值为51.180,编码NP蛋白的A、I等氨基酸不同密码子的使用频率存在一定的差异;从与DEV NP基因密码子使用频率比值上看,大肠杆菌22个、酵母18个、鸭12个和人20个密码子存在较大的偏爱性。由此可见,编码DEVNP蛋白密码子出现频率较均一,且酵母等真核生物与其密码子偏爱性较为接近,可作为该基因体外表达宿主的首选。
关键词
鸭肠炎病毒
核衣壳蛋白
密码子偏爱性
Keywords
duck enteritis virus
nucleocapsid protein
codon preference
分类号
Q755 [生物学—分子生物学]
S945.4 [农业科学—水产养殖]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
DEV核衣壳蛋白二级结构与B细胞表位预测
代淑燕
程振涛
汪德生
文明
周碧君
《山地农业生物学报》
2008
4
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职称材料
2
鸭肠炎病毒核衣壳蛋白密码子偏爱性分析
高颖
代淑燕
张荷
程振涛
周碧君
文明
《山地农业生物学报》
2011
3
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职称材料
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