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蓖麻DNA甲基转移酶序列与基因表达分析
被引量:
2
1
作者
代梦媛
高梅
+2 位作者
郭丽芬
邓剑川
李文昌
《云南农业大学学报(自然科学版)》
CSCD
北大核心
2016年第4期604-614,共11页
植物DNA甲基化是与调控基因表达、保护基因组免受逆境胁迫等相关的表观遗传现象,其中关键酶DNA甲基转移酶催化DNA序列维持甲基化和从头甲基化。本研究基于蓖麻全基因组、利用生物信息学分析方法、结合转录组数据和RT-PCR半定量表达分析...
植物DNA甲基化是与调控基因表达、保护基因组免受逆境胁迫等相关的表观遗传现象,其中关键酶DNA甲基转移酶催化DNA序列维持甲基化和从头甲基化。本研究基于蓖麻全基因组、利用生物信息学分析方法、结合转录组数据和RT-PCR半定量表达分析,鉴别出蓖麻DNA甲基转移酶氨基酸序列的结构特征、系统发生和表达形式。结果如下:通过同源序列BLAST从蓖麻基因组数据库中获得8个DNA甲基转移酶基因;系统进化分析将8个蛋白分为4个亚家族:2个MET同源蛋白、2个CMT同源蛋白、3个DRM同源蛋白和1个DNMT2同源蛋白,进一步发现DNA甲基转移酶在系统进化上较为保守,分化发生在单双子叶植物分化之后;亚细胞定位分析发现8个DNA甲基转移酶都定位在细胞核中;蛋白结构域比对结果显示8个蛋白的C端催化结构域都有6个保守motif参与甲基化修饰催化功能,表明蛋白具有基本的催化甲基化功能,而N端调节功能域的差异将蛋白分为四类,其中Rc DNMT2缺少N端调节结构域;结合转录组数据和RT-PCR半定量表达分析发现蓖麻DNA甲基转移酶基因(除Rc DRM2外)在发育胚乳中相对其他检测组织高表达,推测是该时期的胚乳低甲基化诱导甲基化基因高表达。该结果有助于全面了解蓖麻DNA甲基转移酶特征及为从表观遗传深入开展蓖麻品种改良具有重要理论指导作用。
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关键词
蓖麻
DAN甲基转移酶
甲基化
生物信息学
基因表达
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职称材料
蓖麻DNA糖基化酶的序列与基因表达分析
被引量:
1
2
作者
代梦媛
敖涛
+1 位作者
徐伟
刘爱忠
《中国油料作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第2期181-188,共8页
为揭示DNA糖基化酶在调节蓖麻生长发育和影响基因印记过程中的分子机理,本研究基于蓖麻全基因组、利用生物信息学的方法结合转录组数据和RT-PCR半定量表达分析,鉴别蓖麻DNA糖基化酶氨基酸序列的结构特征、系统发生和表达形式。结果显示...
为揭示DNA糖基化酶在调节蓖麻生长发育和影响基因印记过程中的分子机理,本研究基于蓖麻全基因组、利用生物信息学的方法结合转录组数据和RT-PCR半定量表达分析,鉴别蓖麻DNA糖基化酶氨基酸序列的结构特征、系统发生和表达形式。结果显示:三种DNA糖基化酶(DME、ROS和DML)氨基酸均为不稳定氨基酸,具有典型的与DNA结合和碱基切除修复有关的保守结构域;系统进化分析发现三种DNA糖基化酶在植物中同源性强,而且是独立演化的结果;在不同组织的表达上,蓖麻的DME和ROS基因具有相似的表达形式,即在根、茎和叶中不表达,在胚乳中表达最高,而DML在各个组织中都未检测到基因的表达。
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关键词
蓖麻
DNA糖基化酶
脱甲基化
表观调控
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职称材料
影响蓖麻种子萌发的因素及对策
被引量:
7
3
作者
郭丽芬
张跃
+3 位作者
代梦媛
高梅
邓剑川
李文昌
《农业科技通讯》
2015年第11期192-193,共2页
对影响蓖麻种子萌发的因素进行分析,采取有效的技术措施,合理选择蓖麻制种基地,因地制宜地根据品种特性、生育期等合理布局。加强肥水管理,增加种子饱满度,有效地提高种子发芽率,为蓖麻育苗技术及规模化生产,解决生产上苗齐、苗壮问题,...
对影响蓖麻种子萌发的因素进行分析,采取有效的技术措施,合理选择蓖麻制种基地,因地制宜地根据品种特性、生育期等合理布局。加强肥水管理,增加种子饱满度,有效地提高种子发芽率,为蓖麻育苗技术及规模化生产,解决生产上苗齐、苗壮问题,提高蓖麻产量达到增产增收的目的,对指导农业生产具有重要意义。
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关键词
蓖麻
种子萌发
影响因素
措施
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职称材料
藜麦品种冬春季试种初报
被引量:
1
4
作者
代梦媛
李文昌
+1 位作者
高梅
刘旭云
《云南农业》
2017年第10期50-52,共3页
为探究藜麦在昆明地区冬春季种植的适应性,对引进的2个藜麦品种(雨琪六号和黑种一号)进行生育期、株高、产量、田间表现观察试验。结果表明,2个品种在山地种植的生育期较水田种植长,株高和产量较水田种植高,山地种植株高分别为1.02 m、0...
为探究藜麦在昆明地区冬春季种植的适应性,对引进的2个藜麦品种(雨琪六号和黑种一号)进行生育期、株高、产量、田间表现观察试验。结果表明,2个品种在山地种植的生育期较水田种植长,株高和产量较水田种植高,山地种植株高分别为1.02 m、0.74 m;产量较水田高,亩产量分别为150.75 kg、100.51 kg;雨琪六号的生长势较黑种一号整齐,黑种一号种源杂合度高。综上所述藜麦适宜在昆明地区冬春季种植,施肥对藜麦高产具有重要作用。
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关键词
藜麦品种
试种
适应性
昆明
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职称材料
题名
蓖麻DNA甲基转移酶序列与基因表达分析
被引量:
2
1
作者
代梦媛
高梅
郭丽芬
邓剑川
李文昌
机构
云南省农业科学院经济作物研究所
出处
《云南农业大学学报(自然科学版)》
CSCD
北大核心
2016年第4期604-614,共11页
基金
云南省重点新产品开发专项(2016BB005)
文摘
植物DNA甲基化是与调控基因表达、保护基因组免受逆境胁迫等相关的表观遗传现象,其中关键酶DNA甲基转移酶催化DNA序列维持甲基化和从头甲基化。本研究基于蓖麻全基因组、利用生物信息学分析方法、结合转录组数据和RT-PCR半定量表达分析,鉴别出蓖麻DNA甲基转移酶氨基酸序列的结构特征、系统发生和表达形式。结果如下:通过同源序列BLAST从蓖麻基因组数据库中获得8个DNA甲基转移酶基因;系统进化分析将8个蛋白分为4个亚家族:2个MET同源蛋白、2个CMT同源蛋白、3个DRM同源蛋白和1个DNMT2同源蛋白,进一步发现DNA甲基转移酶在系统进化上较为保守,分化发生在单双子叶植物分化之后;亚细胞定位分析发现8个DNA甲基转移酶都定位在细胞核中;蛋白结构域比对结果显示8个蛋白的C端催化结构域都有6个保守motif参与甲基化修饰催化功能,表明蛋白具有基本的催化甲基化功能,而N端调节功能域的差异将蛋白分为四类,其中Rc DNMT2缺少N端调节结构域;结合转录组数据和RT-PCR半定量表达分析发现蓖麻DNA甲基转移酶基因(除Rc DRM2外)在发育胚乳中相对其他检测组织高表达,推测是该时期的胚乳低甲基化诱导甲基化基因高表达。该结果有助于全面了解蓖麻DNA甲基转移酶特征及为从表观遗传深入开展蓖麻品种改良具有重要理论指导作用。
关键词
蓖麻
DAN甲基转移酶
甲基化
生物信息学
基因表达
Keywords
Ricinus communis
DNA methyhransferase
methylation
bioinformatics
gene expression
分类号
S565.6 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
蓖麻DNA糖基化酶的序列与基因表达分析
被引量:
1
2
作者
代梦媛
敖涛
徐伟
刘爱忠
机构
中国科学院西双版纳热带植物园热带植物资源开放实验室
中国科学院大学
中国科学院昆明植物研究所
出处
《中国油料作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第2期181-188,共8页
基金
中国科学院重点方向性项目(KSCX2-EW-Z-15)
文摘
为揭示DNA糖基化酶在调节蓖麻生长发育和影响基因印记过程中的分子机理,本研究基于蓖麻全基因组、利用生物信息学的方法结合转录组数据和RT-PCR半定量表达分析,鉴别蓖麻DNA糖基化酶氨基酸序列的结构特征、系统发生和表达形式。结果显示:三种DNA糖基化酶(DME、ROS和DML)氨基酸均为不稳定氨基酸,具有典型的与DNA结合和碱基切除修复有关的保守结构域;系统进化分析发现三种DNA糖基化酶在植物中同源性强,而且是独立演化的结果;在不同组织的表达上,蓖麻的DME和ROS基因具有相似的表达形式,即在根、茎和叶中不表达,在胚乳中表达最高,而DML在各个组织中都未检测到基因的表达。
关键词
蓖麻
DNA糖基化酶
脱甲基化
表观调控
Keywords
Ricinus communis
DNA glycosylase
Demethylation
Epigenetic regulation
分类号
S565.603 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
影响蓖麻种子萌发的因素及对策
被引量:
7
3
作者
郭丽芬
张跃
代梦媛
高梅
邓剑川
李文昌
机构
云南省农业科学院经济作物研究所
云南省昆明市盘龙区人民政府双龙街道办事处
出处
《农业科技通讯》
2015年第11期192-193,共2页
基金
云南省科技计划项目"蓖麻
亚麻良种选育与示范"(2012BB018)
文摘
对影响蓖麻种子萌发的因素进行分析,采取有效的技术措施,合理选择蓖麻制种基地,因地制宜地根据品种特性、生育期等合理布局。加强肥水管理,增加种子饱满度,有效地提高种子发芽率,为蓖麻育苗技术及规模化生产,解决生产上苗齐、苗壮问题,提高蓖麻产量达到增产增收的目的,对指导农业生产具有重要意义。
关键词
蓖麻
种子萌发
影响因素
措施
分类号
S565.6 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
藜麦品种冬春季试种初报
被引量:
1
4
作者
代梦媛
李文昌
高梅
刘旭云
机构
云南省农业科学院经济作物研究所
出处
《云南农业》
2017年第10期50-52,共3页
基金
云南省国际科技特派员项目(2015IA017)资助
文摘
为探究藜麦在昆明地区冬春季种植的适应性,对引进的2个藜麦品种(雨琪六号和黑种一号)进行生育期、株高、产量、田间表现观察试验。结果表明,2个品种在山地种植的生育期较水田种植长,株高和产量较水田种植高,山地种植株高分别为1.02 m、0.74 m;产量较水田高,亩产量分别为150.75 kg、100.51 kg;雨琪六号的生长势较黑种一号整齐,黑种一号种源杂合度高。综上所述藜麦适宜在昆明地区冬春季种植,施肥对藜麦高产具有重要作用。
关键词
藜麦品种
试种
适应性
昆明
分类号
S791.256 [农业科学—林木遗传育种]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
蓖麻DNA甲基转移酶序列与基因表达分析
代梦媛
高梅
郭丽芬
邓剑川
李文昌
《云南农业大学学报(自然科学版)》
CSCD
北大核心
2016
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
蓖麻DNA糖基化酶的序列与基因表达分析
代梦媛
敖涛
徐伟
刘爱忠
《中国油料作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
影响蓖麻种子萌发的因素及对策
郭丽芬
张跃
代梦媛
高梅
邓剑川
李文昌
《农业科技通讯》
2015
7
在线阅读
下载PDF
职称材料
4
藜麦品种冬春季试种初报
代梦媛
李文昌
高梅
刘旭云
《云南农业》
2017
1
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职称材料
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