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Streptococcus thermophilus IMAU20551胞外多糖基因簇及其表达分析
被引量：
3
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作者
乔少婷
代安娜尔
+3 位作者
解敏
孙思霖
聂佳莹
丹彤
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2022年第22期136-144,共9页
以1株产胞外多糖(exopolysaccharide,EPS)的嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)IMAU20551为研究对象,提取其DNA后采用Illumina HiSeq技术对DNA进行二代基因组重测序,并利用SOAPdenovo软件对其进行组装,通过与RAST、直系同源集、基...
以1株产胞外多糖(exopolysaccharide,EPS)的嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)IMAU20551为研究对象,提取其DNA后采用Illumina HiSeq技术对DNA进行二代基因组重测序,并利用SOAPdenovo软件对其进行组装,通过与RAST、直系同源集、基因本体论、京都基因与基因组百科全书等数据库进行比对,注释基因组中功能基因。发现S.thermophilus IMAU20551基因组全长1725107 bp,共注释出1884个功能基因,其中包含一个长度为19376 bp的完整eps基因簇,该基因簇中与EPS合成相关的基因共有18个,主要包括epsA、epsB、epsC、epsD、epsE、eps1F、eps2F、epsJ、wzx、epsP和epsX等,这些基因分别对EPS的合成、组装以及转运输出进行调控。另一方面,利用实时聚合酶链式反应对S.thermophilus IMAU20551 eps基因簇表达进行验证,发现所有基因均可表达,且除个别糖基转移酶基因外,其他被测基因均在6 h达到最大表达量。本研究介绍了S.thermophilus IMAU20551的基因组特征、eps基因簇及其表达能力,为今后深入研究S.thermophilus EPS基因簇及其表征结构的互作关系奠定基础。
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关键词
胞外多糖
嗜热链球菌
eps基因簇
基因组信息
实时聚合酶链式反应
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职称材料
题名
Streptococcus thermophilus IMAU20551胞外多糖基因簇及其表达分析
被引量：
3
1
作者
乔少婷
代安娜尔
解敏
孙思霖
聂佳莹
丹彤
机构
内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室
出处
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2022年第22期136-144,共9页
基金
国家自然科学基金地区科学基金项目(31860448)。
文摘
以1株产胞外多糖(exopolysaccharide,EPS)的嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)IMAU20551为研究对象,提取其DNA后采用Illumina HiSeq技术对DNA进行二代基因组重测序,并利用SOAPdenovo软件对其进行组装,通过与RAST、直系同源集、基因本体论、京都基因与基因组百科全书等数据库进行比对,注释基因组中功能基因。发现S.thermophilus IMAU20551基因组全长1725107 bp,共注释出1884个功能基因,其中包含一个长度为19376 bp的完整eps基因簇,该基因簇中与EPS合成相关的基因共有18个,主要包括epsA、epsB、epsC、epsD、epsE、eps1F、eps2F、epsJ、wzx、epsP和epsX等,这些基因分别对EPS的合成、组装以及转运输出进行调控。另一方面,利用实时聚合酶链式反应对S.thermophilus IMAU20551 eps基因簇表达进行验证,发现所有基因均可表达,且除个别糖基转移酶基因外,其他被测基因均在6 h达到最大表达量。本研究介绍了S.thermophilus IMAU20551的基因组特征、eps基因簇及其表达能力,为今后深入研究S.thermophilus EPS基因簇及其表征结构的互作关系奠定基础。
关键词
胞外多糖
嗜热链球菌
eps基因簇
基因组信息
实时聚合酶链式反应
Keywords
exopolysaccharide
Streptococcus thermophilus
eps gene cluster
genomic information
real-time polymerase chain reaction
分类号
TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学]
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1
Streptococcus thermophilus IMAU20551胞外多糖基因簇及其表达分析
乔少婷
代安娜尔
解敏
孙思霖
聂佳莹
丹彤
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2022
3
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