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芦笋EXP基因家族鉴定及其在茎伸长阶段表达分析
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作者 李威龙 贺茂林 +6 位作者 仇公凯 李欢 李梦瑶 谢婉 鲜登宇 岳诚 郑阳霞 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第2期296-305,共10页
【目的】全基因组鉴定芦笋EXP基因家族成员,探究EXP基因参与芦笋嫩茎生长的机制。【方法】利用生物信息学方法对芦笋基因组中的EXP基因家族成员进行鉴定和分析,并通过实时荧光定量PCR验证分析AoEXPs在不同生长阶段的表达情况。【结果】... 【目的】全基因组鉴定芦笋EXP基因家族成员,探究EXP基因参与芦笋嫩茎生长的机制。【方法】利用生物信息学方法对芦笋基因组中的EXP基因家族成员进行鉴定和分析,并通过实时荧光定量PCR验证分析AoEXPs在不同生长阶段的表达情况。【结果】芦笋基因组中共有23个EXP基因成员,随机分布在8个染色体上,编码蛋白均定位于细胞壁。结构和进化分析显示,23个AoEXPs基因可分为EXPA、EXPB及EXPLB 3个亚家族。所有基因均具有3个共同的motif结构,且启动子区域均含有数量不等的与植物激素、细胞分裂伸长相关的顺式作用元件。转录组分析表明,在23个EXP基因成员中,17个EXP在芦笋茎伸长过程中表达,其中10个EXP成员在不同发育阶段呈现显著差异表达特征。进一步采用qRT-PCR验证发现,AoEXPs基因具有各自特异的时空表达模式,并与转录组表达丰度相一致。例如AoEXPA5、AoEXPA7、AoEXPA10和AoEXPB1这4个基因随着嫩茎的伸长,表达水平逐渐降低。进而可以推测这10个EXP基因成员可能参与了调控芦笋的伸长生长的过程。【结论】初步鉴定并提供了芦笋EXP基因家族成员信息,为今后进一步探索芦笋EXP基因功能提供了重要的研究基础。 展开更多
关键词 芦笋 EXP家族 序列分析 茎伸长
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