基于SEER数据库相关数据构建老年女性卵巢癌不良预后预测模型

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作者 丁琨 赵蕾 +1 位作者 程亚玉 赵淑萍 《山东医药》 CAS 2024年第12期60-64,共5页

目的构建老年女性卵巢癌不良预后的预测模型。方法通过SEER数据库收集2010—2015年老年(≥65岁)卵巢癌的临床数据资料,共筛选3556例,随机分为建模组(2511例)与验证组(1045例),对建模组的临床资料数据进行单因素COX回归分析,将所得与不... 目的构建老年女性卵巢癌不良预后的预测模型。方法通过SEER数据库收集2010—2015年老年(≥65岁)卵巢癌的临床数据资料,共筛选3556例,随机分为建模组(2511例)与验证组(1045例),对建模组的临床资料数据进行单因素COX回归分析,将所得与不良预后相关的危险因素纳入多因素COX回归分析,筛选出卵巢癌不良预后的独立危险因素。以独立危险因素为主要预测指标,以生存结局为预测结局,利用R4.2.2软件“rms”包将其可视化为预测6个月、1年、3年生存率的Nomogram图;建模组及验证组分别应用“rms”、“ggDCA”、“survival”软件包进行计算,得出两组数据的应用C指数(C-index)、受试者工作特征曲线下面积(AUC)、临床校准曲线、决策曲线分析(DCA),以评估Nomogram图的预测性能、区分度、一致性、临床效能。结果年龄、种族、病理学分型、肿瘤分化程度、T分期、M分期、CA125水平、是否行手术、化疗是影响老年女性卵巢癌不良预后的独立危险因素(P均<0.05)。成功建立Nomogram图,建模组、验证组的C-index分别为0.686、0.681,6个月、1年、3年的AUC提示模型图具有较好的区分度,3年校准曲线显示预测值与实际值具有较高的一致性,决策性曲线表明预测模型具有较好的临床效能。结论成功构建了老年女性卵巢癌不良预后Nomogram图,可指导患者不良预后及临床决策,C-index、AUC、3年校准曲线、DCA均提示Nomogram图具有较好的预测准确性。 展开更多

关键词 卵巢癌 不良预后预测模型 C指数 受试者工作特征曲线 临床校准曲线 决策曲线

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无法实施根治性手术治疗的晚期HCC患者肝动脉灌注化疗后0.5、1、2年预后预测列线图构建及评价

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作者 王希 杨洪吉 《山东医药》 CAS 2024年第21期1-5,共5页

目的构建无法实施根治性手术治疗的晚期肝细胞癌(HCC)患者肝动脉灌注化疗(HAIC)后0.5、1、2年预后预测列线图,并进行验证评价。方法接受HAIC的无法实施根治性手术治疗的HCC患者124例,按照6∶4被随机分为训练组和验证组,训练组74例用于... 目的构建无法实施根治性手术治疗的晚期肝细胞癌(HCC)患者肝动脉灌注化疗(HAIC)后0.5、1、2年预后预测列线图,并进行验证评价。方法接受HAIC的无法实施根治性手术治疗的HCC患者124例,按照6∶4被随机分为训练组和验证组,训练组74例用于构建列线图,并进行内部验证,验证组50例用于外部验证。采用单因素COX回归模型进行生存分析,纳入因素包括年龄、性别、ECOG评分、影像学可见的肝硬化、肿瘤大小、肿瘤数量、是否具有门脉癌栓、是否有肝外转移以及Child-Pugh分级、甲胎蛋白(AFP)、AST、ALT、Alb、TBIL、CRP、HBV等,初步筛选接受HAIC的无法实施根治性手术治疗的HCC患者预后影响因素。然后进行多因素COX回归分析,获得接受HAIC的无法实施根治性手术治疗的HCC患者预后独立影响因素,并基于队列中的COX模型参数估计值构建接受HAIC的无法实施根治性手术治疗的HCC患者0.5、1、2年预后预测列线图。采用区分度和校准度来评估列线图模型的预测效果。通过分析受试者工作特征(ROC)曲线的曲线下面积(AUC)评估预测列线图的区分度,采用校准曲线评估列线图模型预测的校准度。结果肿瘤大小、AFP、癌栓、CRP等4个因素是接受HAIC的无法实施根治性手术治疗的HCC患者预后独立影响因素,并成功构建接受HAIC的无法实施根治性手术治疗的HCC患者0.5、1、2年预后预测列线图。ROC分析结果显示,构建的列线图模型预测训练组接受HAIC的无法实施根治性手术治疗的HCC患者的0.5、1、2年总生存率的AUC值均大于0.70,说明构建的列线图具有良好的区分度。校准曲线显示构建的列线图预测概率与实际结果之间具有良好的一致性。结论成功构建了由肿瘤大小、AFP、癌栓、CRP等4个预后独立影响因素组成的接受HAIC的无法实施根治性手术治疗的HCC患者0.5、1、2年预后预测列线图,验证评价效果较好。 展开更多

关键词 化学疗法 肝动脉灌注化疗 肝细胞癌 列线图 预后预测列线图

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胃癌合并幽门螺杆菌感染患者的CYP2C19基因型分布及其预后预测分析

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作者 龚涛 钟俊东 +2 位作者 廖上腾 廖小丽 陈娟 《抗感染药学》 2024年第9期937-940,共4页

目的:分析胃癌合并幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)感染患者的CYP2C19基因型分布及其对患者2年内病亡的预测分析,为胃癌患者不良预后的防控提供参考。方法:选取2019年1月—2020年4月医院收治的102例胃癌患者设为胃癌组,另选同期收治... 目的:分析胃癌合并幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)感染患者的CYP2C19基因型分布及其对患者2年内病亡的预测分析,为胃癌患者不良预后的防控提供参考。方法:选取2019年1月—2020年4月医院收治的102例胃癌患者设为胃癌组,另选同期收治的70例慢性胃炎患者设为慢性胃炎组,对所有患者进行Hp抗体检测和CYP2C19基因型检测,采集胃癌合并Hp感染患者的年龄、性别、肿瘤位置、肿瘤分期、CYP2C19基因型等信息,分析胃癌和慢性胃炎患者的Hp感染和CYP2C19基因型情况,以及胃癌合并Hp感染患者2年内病亡的影响因素。结果:胃癌组患者的Hp感染发生率高于慢性胃炎组(70.59%vs 60.00%),但经比较其差异无统计学意义(χ^(2)=2.082,P>0.05);胃癌组和慢性胃炎组患者CYP2C19基因型分为纯合子快代谢型、杂合子快代谢型和慢代谢型,其分布经组间比较差异无统计学意义(P>0.05);胃癌组和慢性胃炎组中Hp感染者的CYP2C19基因型分布经组间比较其差异有统计学意义(P<0.05),并且表现为胃癌合并Hp感染患者慢代谢型CYP2C19基因的比例明显高于慢性胃炎合并Hp感染患者(P<0.05);72例胃癌合并Hp感染患者2年内病亡的有17例,死亡率为23.61%;Logistic回归分析结果显示,胃癌合并Hp感染患者2年内病亡与患者的年龄、肿瘤分期、CYP2C19基因型具有相关性(P<0.05),其中年龄≥60岁、Ⅲ期肿瘤分期、慢代谢型CYP2C19基因是胃癌合并Hp感染患者2年内病亡的独立危险因素(P<0.05);受试者工作特征曲线显示,慢代谢型CYP2C19基因对胃癌合并Hp感染患者2年内病亡的曲线下面积为0.766,约登指数为0.533,特异度为0.824,敏感度为0.709。结论:慢代谢型CYP2C19基因可能增加胃癌患者发生Hp感染的风险,而胃癌合并Hp感染患者有着较高的死亡率,而胃癌合并Hp感染患者2年内病亡与患者的年龄、肿瘤分期、CYP2C19基因型关系密切,对此临床应加强重视,对高风险患者应积极干预,以提高患者的生存率。 展开更多

关键词 胃癌 幽门螺杆菌感染 CYP2C19基因型 预后预测

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英国国家早期预警评分与改良早期预警评分在急诊内科患者预后预测中的对比研究 被引量：37

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作者 方婷婷 李萍 +1 位作者 肖江琴 王海燕 《护士进修杂志》 2016年第5期429-431,共3页

目的通过对英国国家早期预警评分(NEWS)与改良早期预警评分(MEWS)进行比较,探讨NEWS评分的适用性和可行性。方法选取我院急诊内科收治的5 710例患者为研究对象,采集相关数据,采用NEWS与MEWS评分对其进行预测,追踪患者预后,比较两种评分... 目的通过对英国国家早期预警评分(NEWS)与改良早期预警评分(MEWS)进行比较,探讨NEWS评分的适用性和可行性。方法选取我院急诊内科收治的5 710例患者为研究对象,采集相关数据,采用NEWS与MEWS评分对其进行预测,追踪患者预后,比较两种评分系统预测的准确度。结果以死亡作为预测指标时,NEWS评分界值是4.5分,灵敏度80.2%,特异度78.4%,ROC曲线下面积AZ=0.867;MEWS评分界值是3.5分,灵敏度72.0%,特异度82.4%,ROC曲线下面积AZ=0.832,NEWS评分预测能力高于MEWS评分,差异有统计学意义(Z=4.22>1.96 P<0.05)。结论 NEWS评分和MEWS评分均能够有效地预测急诊内科患者的预后,但NEWS评分预测价值优于MEWS评分。 展开更多

关键词 英国国家早期预警评分 改良早期预警评分 急诊内科患者 预后预测

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氨基末端脑钠肽前体对脓毒症的诊断及预后预测价值 被引量：2

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作者 李召辉 肖军 《山东医药》 CAS 北大核心 2011年第29期110-111,共2页

脓毒症早期诊断和病死率的评估可提高存活率，减轻患者经济负担，但通常需要较长的时间、复杂的技术和专业医师。因此找到一种容易测量的循环指标能方便脓毒症的早期诊断。氨基末端脑钠肽前体（NT—pro-BNP）是脑钠肽（BNP）基因表达的... 脓毒症早期诊断和病死率的评估可提高存活率，减轻患者经济负担，但通常需要较长的时间、复杂的技术和专业医师。因此找到一种容易测量的循环指标能方便脓毒症的早期诊断。氨基末端脑钠肽前体（NT—pro-BNP）是脑钠肽（BNP）基因表达的产物，其有可能成为早期脓毒症诊断鉴别及预后预测的有效指标。 展开更多

关键词 脓毒症 氨基末端脑钠肽前体 心功能障碍 预后预测

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三阴性乳腺癌免疫相关LncRNA筛选及预后预测模型构建 被引量：1

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作者 曹雷雨 刘伟 +5 位作者 高艳 马晓丽 魏瑜 渠成程 努尔斯曼古丽·买买提明 张莉 《山东医药》 CAS 2023年第15期28-32,共5页

目的筛选出三阴性乳腺癌(TNBC)免疫相关LncRNA基因,构建TNBC预后预测模型。方法①从癌症基因组图谱(TCGA)项目下载TNBC组织和癌旁组织的转录组RNA表达谱原始数据,结合Immport数据库,筛选TNBC免疫相关的LncRNA。进一步应用单因素及多因素... 目的筛选出三阴性乳腺癌(TNBC)免疫相关LncRNA基因,构建TNBC预后预测模型。方法①从癌症基因组图谱(TCGA)项目下载TNBC组织和癌旁组织的转录组RNA表达谱原始数据,结合Immport数据库,筛选TNBC免疫相关的LncRNA。进一步应用单因素及多因素Cox分析筛选TNBC与预后关系密切的免疫相关LncRNA,然后再根据最佳AIC值确定与预后关系密切的免疫相关LncRNA。②根据预后关系密切的免疫相关LncRNA,构建TNBC预后预测模型。③根据TNBC预后风险模型测算的风险评分值的中位值将TNBC患者样本分为高风险组和低风险组,比较高低风险组生存率。④采用ROC、主成分分析(PCA)评估构建的TNBC预后预测模型的预测效能。⑤采用多因素Cox分析TNBC预后预测模型预测效能的独立性。结果共计65例份TNBC组织样本,得到369个免疫相关LncRNA,通过单因素和多因素Cox分析,共得到3个与预后关系密切的免疫相关LncRNA(AC090181.2、LINC01235、LINC01943),并构建TNBC预后预测模型,该模型表达公式如下:风险评分(RS)=(-6.24904×A C090181.2)+(0.240562×LINC01235)+(-2.18153×LINC01943)。高风险组和低风险组患者生率差异有统计学意义(P<0.001)。TNBC预后预测模型对患者预后预测效能好(AUC=0.910;高、低风险组投影点分布有区别,区分度高)。TNBC预后预测模型能独立预测TNBC预后(HR=1.028,P<0.05)。结论成功构建了由3个与预后关系密切的免疫相关LncRNA(AC090181.2、LINC01235、LINC01943)组成的TNBC预后预测模型,其能较好预测TNBC患者的预后。 展开更多

关键词 预后预测模型 三阴性乳腺癌 长链非编码RNA 免疫相关长链非编码RNA 预后相关长链非编码RNA

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急性肝功能衰竭的早期诊断及预后预测研究进展

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作者 方念 张焜和 +1 位作者 刘亮明 张吉翔 《山东医药》 CAS 北大核心 2008年第5期112-113,共2页

关键词 急性肝功能衰竭 早期诊断 预后预测

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心脏肌钙蛋白Ⅰ在不稳定型心绞痛患者预后预测中的价值

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作者 韦建瑞 王西平 +1 位作者 郭衡山 赵进 《皖南医学院学报》 CAS 2002年第4期264-266,共3页

目的　探讨心脏肌钙蛋白Ⅰ (cTnI)对不稳定型心绞痛患者危险度的预测价值。方法　对 70例不稳定型心绞痛 (UAP)患者进行血清cTnI、肌酸磷酸激酶同工酶 (CK MB)测定 ,并随访 1年 ,观察其心脏事件的发生情况。结果　 70例UAP患者中 2 2例c... 目的　探讨心脏肌钙蛋白Ⅰ (cTnI)对不稳定型心绞痛患者危险度的预测价值。方法　对 70例不稳定型心绞痛 (UAP)患者进行血清cTnI、肌酸磷酸激酶同工酶 (CK MB)测定 ,并随访 1年 ,观察其心脏事件的发生情况。结果　 70例UAP患者中 2 2例cTnI浓度 >0 .0 3μg/L。随Braunwald临床分级增高 ,血清cTnI浓度升高 (P <0 .0 5 )。Ⅲ级UAP患者血清cTnI阳性率高于Ⅰ、Ⅱ级 ,心脏事件发生率均高于Ⅰ、Ⅱ级 (P <0 .0 5 )。血清cTnI阳性组心脏事件发生率 4 5 .4 % ,血清cTnI阴性组发生率 6 .3% ,血清cTnI预测心脏事件的灵敏度为 76 .9% ,特异度为78.9% ,阳性预测价值为 4 5 .4 % ,阴性预测价值为 93.8%。 展开更多

关键词 肌钙蛋白I 心绞痛 不稳定型 预后预测

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滑膜肉瘤患者3、5年预后预测列线图的构建及验证

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作者 许建发 冯和林 +2 位作者 檀紫瑞 苏明明 王贵英 《山东医药》 CAS 2020年第33期27-30,共4页

目的构建滑膜肉瘤患者3、5年预后预测列线图,并进行验证。方法通过SEER*Stat软件搜索SEER数据库中1975年~2016年的滑膜肉瘤患者资料。应用单因素Cox回归模型进行生存分析,纳入因素包括性别、年龄、人种、原发灶情况、T分期、N分期、M分... 目的构建滑膜肉瘤患者3、5年预后预测列线图,并进行验证。方法通过SEER*Stat软件搜索SEER数据库中1975年~2016年的滑膜肉瘤患者资料。应用单因素Cox回归模型进行生存分析,纳入因素包括性别、年龄、人种、原发灶情况、T分期、N分期、M分期、是否手术、淋巴结转移情况、肺转移情况、放疗情况、化疗情况等,初步筛选滑膜肉瘤患者预后影响因素。采用lasso回归筛选滑膜肉瘤患者预后独立影响因素,构建滑膜肉瘤患者3、5年预后预测列线图。采用Bootstrap法对列线图进行内部验证,计算C指数值;应用列线图预测模型ROC及临床决策曲线(DCA)对预测列线图准确性进行评价;应用列线图预测模型的校正曲线进行一致性评价。结果滑膜肉瘤患者的年龄、原发灶情况、T分期、N分期、M分期、是否手术、肺转移情况、放疗情况、化疗情况等因素与预后存在相关性(P均<0.05)。年龄、T分期、N分期、M分期、是否手术等5个因素是滑膜肉瘤患者预后独立影响因素,并构建滑膜肉瘤患者3、5年预后预测列线图。对滑膜肉瘤患者3、5年预后预测列线图的Bootstrap法内部验证C指数为0.813,ROC和DCA准确性评价显示可信度较高,校正曲线结果显示生存率预测值与实际观测值之间具有良好的一致性。结论成功构建了由年龄、T分期、N分期、M分期、是否手术等5个预后独立影响因素组成的滑膜肉瘤患者3、5年预后预测列线图。 展开更多

关键词 滑膜肉瘤 列线图 预后预测 SEER数据库

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基于病理图像集成深度学习的胃癌预后预测方法 被引量：6

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作者 金怀平 薛飞跃 +2 位作者 李振辉 陶海波 王彬 《电子与信息学报》 EI CSCD 北大核心 2023年第7期2623-2633,共11页

病理图像分析对胃癌的诊断和预后具有重要意义,但在临床应用上仍然面临着目视阅片一致性低、多分辨率图像差异大等挑战。为此,该文提出一种基于病理图像集成深度学习的胃癌预后预测方法。首先,对患者不同分辨率下的病理图像进行切分、... 病理图像分析对胃癌的诊断和预后具有重要意义,但在临床应用上仍然面临着目视阅片一致性低、多分辨率图像差异大等挑战。为此,该文提出一种基于病理图像集成深度学习的胃癌预后预测方法。首先,对患者不同分辨率下的病理图像进行切分、筛选等预处理;然后,采用ResNet,MobileNetV3,EfficientNetV2深度学习方法分别对不同分辨率下的切片(Tile)进行深度特征提取和融合,以此获得患者层面(Patient-level)的单分辨率子分类器预测结果;最终,采用双重集成策略对不同分辨率下异质子分类器预测结果进行融合以获得患者层面的预后预测结果。实验中收集了250例胃癌患者的组织病理图像,并以远处转移预测为例进行验证,实验结果表明,所提方法在测试集上的预测准确率为89.10%,敏感度为89.57%,特异度为88.61%,马修斯相关系数为78.19%,相比于单模型预测结果获得了显著提升,可为胃癌患者的治疗和预后提供重要参考。 展开更多

关键词 病理图像 集成学习 深度学习 胃癌 预后预测

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基于对照CT影像的股骨头坏死预后预测 被引量：4

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作者 赵文哲 胡守业 +5 位作者 赵益童 刘毅楠 李瑶 李达宁 黄定兴 孙健 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期732-736,共5页

目的利用影像组学方法开发一种基于CT影像的股骨头坏死患者预后预测模型,探究对侧正常股骨头区域的影像特征对预后预测的附加价值。方法本回顾性研究共纳入患者51例,所有患者均在术前行CT扫描。对每位患者勾画坏死股骨头和对侧正常股骨... 目的利用影像组学方法开发一种基于CT影像的股骨头坏死患者预后预测模型,探究对侧正常股骨头区域的影像特征对预后预测的附加价值。方法本回顾性研究共纳入患者51例,所有患者均在术前行CT扫描。对每位患者勾画坏死股骨头和对侧正常股骨头两部分作为感兴趣区域。对患者的感兴趣区域共提取968个影像组学特征。综合利用单变量和多变量分析,根据股骨头坏死区域、对侧正常股骨头区域和综合两个区域的特征开发了3个预测模型。使用10次随机实验的方式进行模型构建及验证,计算10次实验的平均结果作为最终结果。结果对于坏死股骨头的影像特征,37个特征显示出对预后的预测价值,平均AUC值为0.7082±0.0299。预测模型在训练集和验证集的AUC分别为0.9110±0.0294和0.6886±0.0893。对于对侧正常股骨头的影像特征,14个特征显示出对预后的预测价值,这些特征的平均AUC为0.7036±0.0069,基于正常股骨头的影像特征构建的预测模型在训练集和验证集的AUC分别为0.8672±0.0395和0.6690±0.0726。综合预测模型在训练集和验证集的AUC值均高于基于坏死股骨头的影像特征构建的预测模型(训练集:0.9358±0.0166;验证集:0.7379±0.0908)。结论基于CT影像的影像组学方法可对股骨头坏死患者的预后进行预测;此外,患者的对侧正常股骨头的影像特征对患者预后预测具有额外价值;综合坏死股骨头和对侧正常股骨头的影像特征可对患者预后实现更准确的预测。 展开更多

关键词 股骨头坏死 影像组学 对照CT影像 预后预测

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人工神经网络算法在消化道恶性肿瘤病理诊断及患者预后预测中的应用 被引量：3

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作者 肖雅 王漱阳 +1 位作者 凌人 宋毓飞 《浙江大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期243-248,共6页

消化道恶性肿瘤相关的人工神经网络诊断研究成为人工智能研究热点领域。研究工具主要集中在基于卷积神经网络的模型开发上,少部分采用卷积神经网络与循环神经网络联用的方式;研究内容方面则聚焦于基于人工神经网络实现经典组织病理学诊... 消化道恶性肿瘤相关的人工神经网络诊断研究成为人工智能研究热点领域。研究工具主要集中在基于卷积神经网络的模型开发上,少部分采用卷积神经网络与循环神经网络联用的方式;研究内容方面则聚焦于基于人工神经网络实现经典组织病理学诊断、利用人工神经网络进行肿瘤分子分型诊断以及预测患者预后情况。本文综述了消化道恶性肿瘤病理诊断及预后预测中人工神经网络算法的相关研究。 展开更多

关键词 人工神经网络 算法 消化道恶性肿瘤 病理诊断 预后预测 综述

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转移性乳腺癌患者预后相关关键基因筛选、预后预测模型构建及验证 被引量：1

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作者 毛昀 蔡亚芳 +2 位作者 谢飞宇 薛鹏 朱世杰 《山东医药》 CAS 2020年第21期1-5,共5页

目的筛选转移性乳腺癌患者预后相关关键基因,构建并验证转移性乳腺癌患者的预后预测模型。方法从GEO数据库获取转移性乳腺癌组织基因表达数据集GSE124648,筛选转移性乳腺癌组织与乳腺癌原发灶组织、转移性乳腺癌组织与正常乳腺组织之间... 目的筛选转移性乳腺癌患者预后相关关键基因,构建并验证转移性乳腺癌患者的预后预测模型。方法从GEO数据库获取转移性乳腺癌组织基因表达数据集GSE124648,筛选转移性乳腺癌组织与乳腺癌原发灶组织、转移性乳腺癌组织与正常乳腺组织之间的差异表达基因(DEGs),并进行基因本体(GO)功能富集、京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。将140例转移性乳腺癌患者数据集随机分为训练集(72例)和测试集(68例)。利用LASSO&COX回归模型对训练集进行转移性乳腺癌患者预后相关关键基因的筛选,构建出训练集转移性乳腺癌患者预后预测模型。根据风险值中位数将训练集患者分为高、低风险组,绘制Kaplan-Meier生存曲线分析中位生存时间,绘制ROC曲线对模型进行预测效能评价。将预后预测模型应用于测试集患者,检验预后预测模型的预测效能。结果筛选出287个转移性乳腺癌组织DEGs,包括29个高表达基因和258个低表达基因,DEGs的功能主要涉及乳腺癌细胞增殖和迁移、细胞外基质调节降解、血管生成、免疫炎症反应等,其中EGFR、GEM、PTPRB、RARRES1、LAMA4、NFAT5、LHFP等7个基因为转移性乳腺癌患者预后相关关键基因。构建训练集转移性乳腺癌患者预后预测模型:风险值=(0.279×EGFR)+(0.704×GEM)+(0.326×PTPRB)+(0.138×RARRES1)+(-0.570×LAMA4)+(0.262×NFAT5)+(-0.555×LHFP)。训练集中高风险组患者的中位生存时间明显低于低风险组患者(P<0.001),转移性乳腺癌患者3年生存率的曲线下面积为0.787。测试集中高风险组患者的中位生存时间亦明显低于低风险组患者(P<0.05),转移性乳腺癌患者3年生存率的曲线下面积为0.785。结论成功构建了由EGFR、GEM、PTPRB、RARRES1、LAMA4、NFAT5、LHFP等7个基因组成的转移性乳腺癌患者预后预测模型。 展开更多

关键词 乳腺肿瘤 乳腺癌 转移性乳腺癌 差异表达基因 预后预测模型

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基于生物信息学方法的喉鳞癌相分离相关基因调控机制分型分析与预后预测模型构建

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作者 郑希望 薛绪亭 +5 位作者 郭慧娜 张宇良 牛敏 张春明 吴勇延 高伟 《山东医药》 CAS 2023年第2期6-10,共5页

目的根据喉鳞癌患者转录组数据和临床参数,分析喉鳞癌相分离相关基因调控机制分型,并建立用于预测喉鳞癌患者生存时间的预后预测模型。方法从TCGA数据库下载111例喉鳞癌、12例正常组织转录组测序数据作为TCGA队列,以本实验室自有的107... 目的根据喉鳞癌患者转录组数据和临床参数,分析喉鳞癌相分离相关基因调控机制分型,并建立用于预测喉鳞癌患者生存时间的预后预测模型。方法从TCGA数据库下载111例喉鳞癌、12例正常组织转录组测序数据作为TCGA队列,以本实验室自有的107例喉鳞癌及其对应癌旁组织转录组测序数据作为自测队列,进行生物信息学分析。使用R语言DESeq2分析癌组织中的差异表达的相分离相关基因。使用GSEA Preranked算法对每例患者个体进行调控机制评分,使用一致性聚类对患者进行调控机制分子分型;使用STRING在线数据库构建相分离相关基因互作网络,使用cluster Profiler对相分离相关基因进行富集分析;使用Cox回归法从喉鳞癌表达差异的相分离相关基因中筛选与喉鳞癌患者生存时间相关的基因,以此建立喉鳞癌预后预测模型,采用Kaplan-Meier显示相分离相关基因对喉鳞癌患者生存时间的影响;使用LASSO算法构建相分离相关基因喉鳞癌患者预后预测模型。基于预后预测模型和喉鳞癌患者的临床参数构建诺莫图,评估预后预测模型对喉鳞癌患者生存时间的预测能力。结果从两个独立患者队列中共筛选出105个在喉鳞癌组织中呈显著差异表达的相分离相关基因。基于GSEA Preranked算法进行调控机制评分,将喉鳞癌患者分成3个具有不同调控机制的亚型。经过生存分析,13个相分离相关基因(TFRC、SLC7A5、CPEB3、PIMREG、KIF2C、SERPINH1、POU4F1、PRKAA2、SLC3A2、LGALS7B、PIWIL2、SPANXC和TUBB3)与喉鳞癌患者总生存率相关。预后预测模型公式为:0.2067×Ex_(TUBB3)+0.0530×Ex_(SPANXC)+(-0.0129)×Ex_(PIWIL2)+(-0.0897)×Ex_(LGALS7B)+0.1047×Ex_(SERPINH1)+(-0.1032)×Ex_(KIF2C)+(-0.0626)×Ex_(PIMREG)+(-0.1744)×Ex_(CPEB3)+0.1279×Ex_(TFRC)。根据模型对患者进行危险因子评分,将患者分为高、低风险组。高风险组总生存率低于低风险组(HR=5.47,95%CI为2.68~11.15,P<0.01);ROC曲线分析显示,模型风险评分预测喉鳞癌患者1、2、5年总生存率的AUC分别为0.650、0.794和0.727。高危险组无进展间隔率(HR=1.02,95%CI为1.00~1.04,P<0.05)和疾病特异性生存率(HR=1.02,95%CI为1.00~1.04,P<0.05)低于低危险组;ROC曲线分析显示,模型风险评分对喉鳞癌患者1、2、5年的无进展间隔率预测的AUC分别为0.697、0.687和0.71,对疾病特异性生存率预测的AUC分别为0.649、0.654和0.725。诺莫图决策曲线显示,预后预测模型对喉鳞癌患者生存时间具有良好的预测能力。结论喉鳞癌相分离相关基因调控机制可分为3种不同亚型;基于喉鳞癌组织中差异表达的相分离相关基因,成功构建了预后预测模型。 展开更多

关键词 相分离 预后预测模型 生物信息学 喉鳞癌

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基于铜死亡相关LncRNA的肝细胞癌预后预测模型构建及验证

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作者 李京城 张永芳 +4 位作者 胡婵 刘玲 彭倩 桑圣刚 曾江正 《山东医药》 CAS 2022年第31期5-10,共6页

目的 基于铜死亡相关长链非编码RNA(LncRNA)建立肝细胞癌(HCC)预后预测模型,并进行效能验证。方法 从癌症基因图谱(TCGA)数据库获取肝细胞癌的RNA表达数据和临床数据,从文献中获取铜死亡相关基因集,相关性分析筛选铜死亡相关的LncRNA,La... 目的 基于铜死亡相关长链非编码RNA(LncRNA)建立肝细胞癌(HCC)预后预测模型,并进行效能验证。方法 从癌症基因图谱(TCGA)数据库获取肝细胞癌的RNA表达数据和临床数据,从文献中获取铜死亡相关基因集,相关性分析筛选铜死亡相关的LncRNA,Lasso回归和Cox回归筛选有临床预后意义的LncRNA并构建预后预测模型,通过生存分析、受试者工作特征曲线、校准曲线评估该模型的预测效能。结果 共纳入6个具有独立预后意义的LncRNA(PICSAR、AC026356.1、MKLN1-AS、AL928921.1、LINC00479、AC026412.3),并成功构建预后预测模型。分别对整个数据集、测试集、训练集按高、低风险分组进行生存分析,结果表明,在3个数据集中高风险组的总生存期均短于低风险组,整个数据集中高风险组的无进展生存期短于低风险组(P均<0.05);随着风险评分的增加,样本死亡的数量也在增加,在测试集与整个数据集中也验证了该结论。该风险模型预测1、3、5年生存率的曲线下面积分别为0.765、0.664、0.649;与TNM分期(0.667)、年龄(0.538)、性别(0.512)、分化程度(0.507)相比,风险评分模型的曲线下面积(0.765)最大。单因素和多因素Cox回归分析表明,TNM分期、风险评分是独立预后因素;绘制列线图,一致性指数为0.679(95%CI:0.652~0.705),结合校准曲线,表明预测的生存率与实际观测到的生存率基本一致。结论 根据6个铜死亡相关LncRNA成功构建了HCC患者的预后预测模型,经验证该模型预测效能较高。 展开更多

关键词 肝细胞癌 铜死亡相关基因 长链非编码RNA 预后预测模型

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基于铜死亡相关lncRNA构建乳腺癌预后预测模型

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作者 张庆雪 赵硕 +2 位作者 张莹莹 高东程 李靖若 《山东医药》 CAS 2023年第27期29-36,共8页

目的构建铜死亡相关长链非编码核糖核酸(long non-coding RNA,lncRNA)预后预测模型,并进行效能验证。方法从癌症基因组图谱数据库下载女性乳腺癌患者的转录组数据及临床信息,通过Pearson相关性分析鉴定乳腺癌组织中的铜死亡相关lncRNA... 目的构建铜死亡相关长链非编码核糖核酸(long non-coding RNA,lncRNA)预后预测模型,并进行效能验证。方法从癌症基因组图谱数据库下载女性乳腺癌患者的转录组数据及临床信息,通过Pearson相关性分析鉴定乳腺癌组织中的铜死亡相关lncRNA。将铜死亡相关lncRNA及临床资料均完整的乳腺癌患者作为整体组,以1:1的比例随机分为训练组和验证组。在训练组中通过单因素Cox回归、Lasso回归筛选与乳腺癌患者预后关系密切的铜死亡相关lncRNA。基于上述选择的lncRNA,采用多因素Cox回归分析构建乳腺癌预后预测模型,再根据AIC值选择最佳乳腺癌预后预测模型(AIC值最小)。依据最佳乳腺癌预后预测模型计算所有患者的风险评分。以训练组患者的中位风险评分作为截断值,将所有患者分为高、低风险组,通过生存曲线、亚组生存分析验证预后预测模型的区分能力,通过ROC及一致性指数曲线验证预后预测模型的准确性,通过单因素和多因素Cox回归验证预后预测模型的独立性。通过对高、低风险组差异表达基因进行GO及KEGG富集分析,对高、低风险组患者进行免疫浸润分析验证预后预测模型的临床实用性。结果乳腺癌预后预测模型由10个铜死亡相关lncRNA(AKT3.IT1、AL137847.1、AL807757.2、AC079766.1、AL451123.1、LINC02043、AL683813.1、AC073127.1、MFF.DT和AC091588.1)构建而成,模型公式为风险评分=(-1.129216501573150×AKT3.IT1表达量)+(-1.16609568525672×AL137847.1表达量)+(0.729804497137164×LINC02043表达量)+(0.745696645441295×AL683813.1表达量)+(-0.903562388041113×AL807757.2表达量)+(1.040608675397110×AC073127.1表达量)+(2.160133554898460×MFF.DT表达量)+(1.417144256517410×AC091588.1表达量)+(-0.764700719748750×AC079766.1表达量)+(-3.608177447126010×AL451123.1表达量)。生存曲线表明高风险组患者的生存率更低(P<0.001);亚组生存分析表明除M1分期外,不同临床阶段的高、低风险组乳腺癌患者的预后差异均有统计学意义(P<0.05)。ROC显示预后预测模型预测乳腺癌患者1年、3年和5年生存率的曲线下面积分别为0.807、0.739和0.709,ROC及一致性指数曲线结果显示风险评分的预测效能优于其他临床特征。单因素和多因素Cox回归分析表明风险评分是乳腺癌患者预后的独立影响因素。高、低风险组之间差异表达的基因富集于免疫和耐药相关通路;与低风险组比较,高风险组患者的免疫细胞和基质细胞评分低,M2巨噬细胞浸润丰度高(P<0.05)。结论基于铜死亡相关lncRNA构建了乳腺癌预后预测模型,其区分能力、准确性、独立性及临床实用性良好。 展开更多

关键词 长链非编码核糖核酸 铜死亡 乳腺癌 预后预测模型 基因本体功能 信号通路 免疫细胞浸润

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基于SEER数据库数据的脉络膜黑色素瘤预后预测模型构建

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作者 吴小清 刘向玲 +2 位作者 苏绍波 赵淑宁 宋子宣 《山东医药》 CAS 2023年第15期33-37,共5页

目的构建脉络膜黑色素瘤预后预测模型。方法收集美国国家癌症研究所SEER数据库中2010—2015年2235例诊断为脉络膜黑色素瘤患者的临床资料数据(年龄、性别、婚姻状况、种族、TNM分期、病理学类型、骨转移、肺转移、肝转移、手术信息、放... 目的构建脉络膜黑色素瘤预后预测模型。方法收集美国国家癌症研究所SEER数据库中2010—2015年2235例诊断为脉络膜黑色素瘤患者的临床资料数据(年龄、性别、婚姻状况、种族、TNM分期、病理学类型、骨转移、肺转移、肝转移、手术信息、放化疗情况、生存时间、生存状态等信息),将所有患者以7∶3的比例,随机分为建模组1584例及验证组651例。首先将建模组中的临床资料数据利用R4.1.2软件中“survival”包的Cox风险比例回归模型进行单因素及多因素分析,得出影响脉络膜黑色素瘤患者预后的独立影响因素。基于筛选出的影响因素使用R4.1.2软件中“rms”包构建脉络膜黑色素瘤预后预测模型。在建模组和验证组中通过C指数、ROC以及校准曲线评价该预测模型的区分度和一致性。结果年龄、病理学类型、T分期、M分期、局部放疗为影响脉络膜黑色素瘤预后的独立影响因素,基于以上因素,构建脉络膜黑色素瘤预后预测模型。在建模组和验证组中预后预测模型C指数分别为0.732(95%CI:0.710,0.761)和0.713(95%CI:0.670,0.756)。建模组中预后预测模型预测1年、2年、3年预后的ROC下面积分别为0.780、0.766、0.777;在验证组中预后预测模型预测1、2、3年预后的ROC下面积分别为0.890、0.755、0.734,两组数据均高于0.7,说明具有良好的区分度。建模组和验证组的校准曲线均与平面直角坐标系中45°的直线重合度较高,说明具有良好的一致性。结论脉络膜黑色素瘤预后预测模型建立成功,其对患者预后具有良好的预测效能。 展开更多

关键词 预后预测模型 列线图 脉络膜黑色素瘤 SEER数据库

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慢性乙型肝炎患者血浆HO-1、HMGB1水平与病情相关性及预后预测效能 被引量：3

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作者 王乡 陈积 唐茂华 《山东医药》 CAS 2022年第14期86-88,共3页

目的探讨慢性乙型肝炎(CHB)患者血浆血红素加氧酶1(HO-1)、高迁移率族蛋白B1(HMGB1)水平与病情程度的相关性,及其对预后的预测效能。方法选取CHB患者100例(CHB组),Child-Pugh分级A级36例、B级40例、C级24例,另选取同期健康体检者50例作... 目的探讨慢性乙型肝炎(CHB)患者血浆血红素加氧酶1(HO-1)、高迁移率族蛋白B1(HMGB1)水平与病情程度的相关性,及其对预后的预测效能。方法选取CHB患者100例(CHB组),Child-Pugh分级A级36例、B级40例、C级24例,另选取同期健康体检者50例作为对照组。抽取受试者外周空腹静脉血,采用ELISA法测定血浆HO-1、HMGB1水平。采用Spearman相关分析HO-1、HMGB1与Child-Pugh分级的关系。CHB组治疗并随访2年,观察患者生存情况,比较不同预后患者的临床资料和实验室指标,采用受试者工作特征(ROC)曲线分析HO-1、HMGB1对预后的预测效能。结果CHB组不同Child-Pugh分级患者的血浆HO-1、HMGB1水平均高于对照组(P均<0.05);CHB组不同Child-Pugh分级患者比较,C级HO-1水平低于A、B级,HMGB1水平高于A、B级(P均<0.05);B级HO-1水平低于A级,HMGB1水平高于A级(P均<0.05)。CHB患者血浆HO-1与Child-Pugh分级呈负相关(r=-0.782,P<0.01),HMGB1与Child-Pugh分级呈正相关(r=0.613,P<0.01)。对CHB患者随访2年,存活84例,死亡16例。死亡患者HMGB1水平高于存活患者,HO-1水平低于存活患者(P均<0.05)。ROC曲线分析显示,HO-1与HMGB1联合预测CHB患者死亡的曲线下面积为0.905(0.844~0.965),灵敏度为99.2%,特异度为77.4%,高于HO-1、HMGB1单独检测。结论CHB患者随Child-Pugh分级的升高,血浆HO-1逐渐降低而HMGB1逐渐升高,二者可以反映CHB病情严重程度,并对患者预后具有较高的预测效能。 展开更多

关键词 慢性病毒性乙型肝炎 血红素加氧酶1 高迁移率族蛋白B1 病情评估 预后预测

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肺腺癌预后相关的炎症反应关键基因筛选及其预后预测模型建立

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作者 胥婉婷 加依娜·拉兹别克 +2 位作者 刘新亚 文保锋 曹明芹 《山东医药》 CAS 2023年第35期19-23,共5页

目的筛选基于肺腺癌(LUAD)预后相关的炎症反应关键基因,并基于该基因构建预后预测模型。方法在TCGA数据库中下载肺腺癌组织数据作为训练集,在GTEx数据库中下载正常肺组织数据作为训练集的正常对照,筛选差异表达基因(DEG);在分子特征数... 目的筛选基于肺腺癌(LUAD)预后相关的炎症反应关键基因,并基于该基因构建预后预测模型。方法在TCGA数据库中下载肺腺癌组织数据作为训练集,在GTEx数据库中下载正常肺组织数据作为训练集的正常对照,筛选差异表达基因(DEG);在分子特征数据库中下载炎症反应相关基因列表,采用单变量COX回归分析其中与预后相关的炎症反应相关基因,与DEG取交集得到与LUAD预后相关的炎症反应相关基因,应用LASSO回归和随机生存森林(RSF)算法筛选与LUAD预后相关的炎症反应关键基因,并建立预后风险评分公式。使用训练集进行内部验证,从GEO数据库中下载LUAD数据作为验证集进行外部验证,绘制该预后风险评分预测患者1年、3年和5年生存率的受试者工作特征(ROC)曲线,根据cut-off值分为高、低风险组,比较其总生存期(OS)。单因素及多因素COX回归分析风险评分与训练集和验证集OS的关系,整合所有独立的预后相关因素,构建预测训练集患者1年、3年和5年生存率的列线图。结果LUAD组织和正常肺组织的DEG共48个,与预后相关的炎症反应相关基因共50个,取交集后获得与LUAD预后相关的炎症反应相关基因共11个,LASSO回归和RSF算法筛选得到9个关键基因,即肾上腺髓质素(ADM)、LCCL结构域蛋白2(DCBLD2)、白细胞介素7受体(IL-7R)、MAX二聚化蛋白1(MXD1)、神经介素U受体1(NMUR1)、原钙粘蛋白(PCDH7)、磷酸肌醇3激酶调节亚基5(PIK3R5)、清道夫受体F类成员1(SCARF1)、人纤溶酶原激活物抑制剂1(SERPINE1)。内外部验证结果显示,该预后风险评分预测训练集患者1年、3年和5年生存率的曲线下面积(AUC)分别为0.73、0.64和0.68,预测验证集患者1年、3年和5年生存率的AUC分别为0.578、0.602和0.581,高风险组OS均短于低风险组(P均<0.01)。单因素及多因素COX回归分析结果显示,预后风险评分是训练集和验证集患者OS的独立影响因素(训练集HR=2.99、P<0.01,验证集HR=2.47、P<0.01)。构建包含所有独立预后相关因素(年龄、性别、肿瘤分期、预后风险评分)的列线图,其总体的一致性指数为0.710,模型预测精度高,校准曲线和标准曲线的重合度较好。结论筛选出LUAD预后相关的炎症反应关键基因9个,即ADM、DCBLD2、IL-7R、MXD1、NMUR1、PCDH7、PIK3R5、SCARF1、SERPINE1,基于上述炎症反应关键基因的预后风险模型有助于判断LUAD患者的预后。 展开更多

关键词 炎症反应相关基因 预后预测 机器学习 生物信息学 肺腺癌

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基于多数据库筛选胃癌的自噬相关基因及预后预测模型的建立

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作者 罗志鹏 苗志国 +1 位作者 金瑞日 魏海云 《中国医药科学》 2022年第13期44-47,共4页

目的 通过多种癌症基因数据库构建胃癌自噬相关基因(ARGs)预后预测模型。方法 从人类自噬数据库和GSEA分子特征数据库获得自噬基因,与GEO数据库得到的胃癌差异表达基因进行比对,从而筛选出胃癌ARGs。对胃癌ARGs进行富集分析及通路分析... 目的 通过多种癌症基因数据库构建胃癌自噬相关基因(ARGs)预后预测模型。方法 从人类自噬数据库和GSEA分子特征数据库获得自噬基因,与GEO数据库得到的胃癌差异表达基因进行比对,从而筛选出胃癌ARGs。对胃癌ARGs进行富集分析及通路分析、多因素COX回归分析,筛选关键ARGs,应用R语言进行生存曲线分析、构建列线图及预测模型并对模型进行检验。结果 从多种数据库下载得到胃癌差异表达基因和自噬基因,从中筛选出102个重合基因即胃癌ARGs,Lasso回归和COX多因素分析筛选最终得到2个关键ARGs,即DYNC1I1、RNASE1。基于两个基因建立1、3、5年生存期预测模型和诺莫列线图校正曲线,C值为0.68,提示该模型有相对较好的预测能力。结论 本研究构建了基于DYNC1I1、RNASE1两个关键ARGs胃癌预后风险模型,该模型可有效预测胃癌患者预后。 展开更多

关键词 胃癌 自噬 癌症基因数据库 预后预测模型 列线图

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