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航空食品生产环境中肠杆菌科细菌的分离鉴定及多位点序列分型研究 被引量:1
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作者 邬汶 杨雨 +4 位作者 张青 邓晓东 高国龙 刘杨 胡政泽 《口岸卫生控制》 2024年第1期51-55,58,共6页
目的对航空食品生产环境中肠杆菌科细菌进行分离鉴定和多位点序列分型研究,了解生产环境中肠杆菌科细菌的污染状况和来源。方法采集航空食品生产车间的操作台、推车和地面等32份环境涂抹样品,从中分离肠杆菌科细菌,采用生化实验和16S r... 目的对航空食品生产环境中肠杆菌科细菌进行分离鉴定和多位点序列分型研究,了解生产环境中肠杆菌科细菌的污染状况和来源。方法采集航空食品生产车间的操作台、推车和地面等32份环境涂抹样品,从中分离肠杆菌科细菌,采用生化实验和16S rDNA测序方法鉴定细菌种类,并进行多位点序列分型。结果从32份环境涂抹样品中分离出7株肠杆菌科细菌,包括3株产酸克雷伯菌、2株肺炎克雷伯菌、1株阴沟肠杆菌、1株河生肠杆菌。3株产酸克雷伯菌多位点序列分型的型别为ST126、ST160和ST277。结论本研究未从航空食品生产环境中分离到致病菌,但分离到肺炎克雷伯菌和产酸克雷伯菌、阴沟肠杆菌、河生肠杆菌等条件致病菌,这些条件致病菌对食品的污染风险也应引起重视。 展开更多
关键词 肠杆菌科细菌 16S rDNA测序 多位点序列分型 产酸克雷伯菌
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柠檬酸杆菌基因组多位点序列分型(in silico MLST )研究 被引量:1
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作者 刘亚暖 姜肇旭 颜世敢 《齐鲁工业大学学报》 CAS 2023年第4期55-60,共6页
对4株柠檬酸杆菌分离株进行全基因测序分析,并基于基因组序列进行16s rRNA、多位点序列分型(in silico MLST)及其遗传进化关系研究。对分离的4株柠檬酸杆菌进行全基因组测序,经拼接得到全基因组序列,然后进行16S rRNA物种鉴定、in silic... 对4株柠檬酸杆菌分离株进行全基因测序分析,并基于基因组序列进行16s rRNA、多位点序列分型(in silico MLST)及其遗传进化关系研究。对分离的4株柠檬酸杆菌进行全基因组测序,经拼接得到全基因组序列,然后进行16S rRNA物种鉴定、in silico MLST分析,并基于MLST分型构建遗传进化树,分析分离株的遗传进化关系。全基因组测序分析结果表明,柠檬酸杆菌的基因组大小介于4.771~5.477 Mb之间,平均为5.03 Mb;基因数量在4591~5334之间,平均为4871个。16s rRNA分析结果表明,4株柠檬酸杆菌分离菌中有3株为布雷氏柠檬酸杆菌,1株为沃克曼氏柠檬酸杆菌。MLST分析结果表明,4株柠檬酸杆菌均是新的ST型。该研究分析了4株柠檬酸杆菌的基因组,基因组MLST分型分析表明4株分离菌均为新ST型,丰富了柠檬酸杆菌的菌种资源和遗传信息,为柠檬酸杆菌的防控、溯源奠定了基础。 展开更多
关键词 柠檬酸杆菌 基因组测序 多位点序列分型
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25株艰难梭菌多位点序列分型 被引量:5
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作者 严其容 李文革 +1 位作者 许文荣 程颖 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期183-186,共4页
目的比较两种对艰难梭菌多位点序列分型(MLST)的方案并探讨不同来源艰难梭菌之间的关系。方法选取来自不同人群的25株艰难梭菌,分别用Lemee方案(aroE,ddl,dutA,tpi,recA,gmk,sodA管家基因)和David方案(adk,atpA,dxr,glyA,recA,soda,tpi... 目的比较两种对艰难梭菌多位点序列分型(MLST)的方案并探讨不同来源艰难梭菌之间的关系。方法选取来自不同人群的25株艰难梭菌,分别用Lemee方案(aroE,ddl,dutA,tpi,recA,gmk,sodA管家基因)和David方案(adk,atpA,dxr,glyA,recA,soda,tpi管家基因)进行多位点序列分型,用START系统及Bionumerics软件分析这些位点及等位基因谱的特征。结果位点分析结果表明,Lemee方案中有2株菌的ddl位点为无效位点,其余的6个管家基因有3~5个等位基因,等位基因之间有3~11个多态性位点。非同义突变/同义突变(dN/dS)为0.000 0~0.261 1;David方案中的7个管家基因有3~5个等位基因,等位基因之间有2~9个多态性位点。dN/dS为0.000 0~0.280 6。等位基因图谱特征结果表明,Lemee方案出现了13个ST型别(ST1/2/3/6/7/13/31/39/48/A/B/C/D),ST6(5)为优势型别;David方案共出现11个ST型别(ST2/3/15/35/37/54/55/92/99/102/117),其中ST54(6),ST37(5)为优势型别。来源于成人和婴幼儿的菌株并未形成各自特异的序列型。结论对于艰难梭菌多位点序列分型,David的方案更可取,ST与宿主人群的来源没有明显的相关性。 展开更多
关键词 艰难梭菌 分子分型 多位点序列分型
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禽源多杀性巴氏杆菌多位点序列分型研究 被引量:7
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作者 李伟杰 田野 +3 位作者 岂晓鑫 蒋颖 魏财文 蒋桃珍 《中国兽药杂志》 北大核心 2017年第2期1-6,共6页
为了解国内禽源多杀性巴氏杆菌流行情况,对分离自18省份的84株多杀性巴氏杆菌采用荚膜多重PCR分型和多位点序列分型对其血清型和基因型进行鉴定。结果表明:禽源多杀性巴氏杆菌主要以血清A型为主,占96.4%(81/84);多位点序列分型可将禽源... 为了解国内禽源多杀性巴氏杆菌流行情况,对分离自18省份的84株多杀性巴氏杆菌采用荚膜多重PCR分型和多位点序列分型对其血清型和基因型进行鉴定。结果表明:禽源多杀性巴氏杆菌主要以血清A型为主,占96.4%(81/84);多位点序列分型可将禽源多杀性巴氏杆菌分为5种ST型,其中ST129为主要流行型,占94.0%(79/84)。本研究为我国禽源多杀性巴氏杆菌的流行病学监测和基因多样性提供了数据支持。 展开更多
关键词 多杀性巴氏杆菌 荚膜分型 多位点序列分型
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出入境动物源性食品中单增李斯特菌的多位点序列分型分析 被引量:3
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作者 刘二龙 袁慕云 +6 位作者 邓建英 幸芳 吕英姿 蒋原 薛峰 邵景东 许龙岩 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第12期212-216,共5页
对出入境动物源性食品中分离的单增李斯特菌进行多位点序列分型(mutilocus sequence typing,MLST)分析,了解其序列型分布特点及不同菌株之间的亲缘关系。提取单增李斯特菌基因组DNA,选择其7个管家基因进行聚合酶链式反应扩增并测序。... 对出入境动物源性食品中分离的单增李斯特菌进行多位点序列分型(mutilocus sequence typing,MLST)分析,了解其序列型分布特点及不同菌株之间的亲缘关系。提取单增李斯特菌基因组DNA,选择其7个管家基因进行聚合酶链式反应扩增并测序。将测序结果截成标准序列的长度后上传到MLST数据库进行比对分析,获得7个管家基因的等位基因谱和序列分型编码,并将结果采用不加权算术平均组对(unweighted pair group method using arithmetic averages,UPGMA)法进行聚类分析。89株单增李斯特菌共获得51个STs,其中26个为新获得的STs(STnew1-STnew26);数量最多的5个STs为ST8(9.0%),ST121(9.0%)、ST7(5.6%)、ST87(5.6%)及新发现的STnew3(7.8%);其中ST456、ST34、ST343、ST19、ST517、ST201、ST98、ST330和ST73为在国内首次获得。采用UPGMA算法得到的进化树可将89株菌株分为3大类群,分类的结果与单增李斯特菌血清学家系分类结果一致。MLST结果对了解出入境动物源性食品中分离的单增李斯特菌的亲缘关系及流行病学溯源有重要意义。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 多位点序列分型 亲缘关系
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多位点序列分型技术以及在乳酸菌分类鉴定中的应用 被引量:3
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作者 徐海燕 张和平 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2013年第8期36-39,共4页
多位点序列分型(Multi-Locus Sequence Typing,MLST)技术是通过测定同种细菌管家基因(housekeeping gene)的序列,来确定等位基因的差异,进而比较分析菌株之间进化关系的一种分子分型方法。该方法在细菌生物学基础研究方面已经发挥了重... 多位点序列分型(Multi-Locus Sequence Typing,MLST)技术是通过测定同种细菌管家基因(housekeeping gene)的序列,来确定等位基因的差异,进而比较分析菌株之间进化关系的一种分子分型方法。该方法在细菌生物学基础研究方面已经发挥了重要的作用,本文主要阐述MLST技术的方法和其在乳酸菌分类鉴定中的应用。 展开更多
关键词 多位点序列分型 乳酸菌 分类鉴定
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全球副溶血弧菌环境菌株的基于碱基序列和肽链序列的多位点序列分型 被引量:1
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作者 徐嘉良 杜小莉 卢昕 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第21期95-99,共5页
为了了解来自全球的副溶血弧菌环境菌株的群组结构和克隆复合体构成,利用PubMLST公共数据的数据,筛选其中具有完整序列分型(sequence type,ST)及肽序列型(peptide sequence type,pST)的来自全球的副溶血弧菌环境菌株数据,进行亚群... 为了了解来自全球的副溶血弧菌环境菌株的群组结构和克隆复合体构成,利用PubMLST公共数据的数据,筛选其中具有完整序列分型(sequence type,ST)及肽序列型(peptide sequence type,pST)的来自全球的副溶血弧菌环境菌株数据,进行亚群分析和克隆复合体分析,并分别构建了基于ST型和pST型的最小生成树。结果表明,从数据库中共筛选到具有ST型及pST型的来自全球的副溶血弧菌环境菌株数据886条,共含有663个ST型,以ST3型为最多,但也仅含27条菌株信息。其中,有436条菌株数据来自中国(包括大陆、香港和台湾),覆盖了410个ST型,每个ST型含1~4条菌株数据,这436条菌株数据又可分为128个pST型,其中pST1型为最多,达116条菌株数据。利用eBURST软件对数据进行分析,共发现了73个组,483个单体。STRUCTURE软件分析显示来自全球的副溶血弧菌环境菌株的适宜亚群数为4,各亚群内的样品平均距离为0.981 7。综上结果表明,来自全球的副溶血弧菌环境菌株具有高度多态性,可更细分为4个亚群,MLST分型时以ST3型为多,AA-MLST分型时以pST1型为主。 展开更多
关键词 副溶血弧菌 基于碱基序列多位点序列分型 基于肽链的多位点序列分型 克隆复合体
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2018-2019年我国部分地区猪肺炎支原体多位点序列分型 被引量:1
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作者 张慧 张安洁 +3 位作者 刘爽 董雅琴 李晓成 魏荣 《中国动物检疫》 CAS 2020年第7期13-17,共5页
为了解我国猪肺炎支原体种群结构和进化关系,2018—2019年采集山东、广西、河南、江西、云南、天津、湖南等地猪组织样品1242份,进行猪肺炎支原体荧光定量PCR和巢式PCR检测,并对测序确认的87份阳性样品,采用adk、rpoB、tpiA 3个管家基... 为了解我国猪肺炎支原体种群结构和进化关系,2018—2019年采集山东、广西、河南、江西、云南、天津、湖南等地猪组织样品1242份,进行猪肺炎支原体荧光定量PCR和巢式PCR检测,并对测序确认的87份阳性样品,采用adk、rpoB、tpiA 3个管家基因作为分型参考进行多位点序列分型(MLST),并对3个管家基因均扩增成功的阳性样品进行p146基因分型,分析我国猪肺炎支原体种群结构,并结合pubmlst数据库公布的151个序列类型(ST)进行eBURST分析。结果显示:有24份阳性样品的3个管家基因全部扩增且测序成功,共分为10个ST,均为国内外首次报道;10个ST分为3个克隆复合体(CC)和4个独特型,其中ST128占41.7%(10/24),样品来自江苏、河南和广西,为本次检测的主要流行型。结果表明,我国猪肺炎支原体分布较广,具有一定的基因型独特性。本研究为我国猪肺炎支原体的流行病学数据库研究提供了新资料,有助于掌握国内猪肺炎支原体基因型分布情况,进一步完善了猪肺炎支原体流行病学数据库。 展开更多
关键词 猪肺炎支原体 多位点序列分型 p146基因 eBURST
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鸡滑液支原体的分离鉴定与多位点序列分型 被引量:2
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作者 田野 朱杰 +1 位作者 陈玲 杜鹏飞 《中国兽药杂志》 2022年第12期6-15,共10页
为研究国内鸡滑液支原体(Mycoplasma synoviae,MS)的流行情况,2016-2021年间从山东、四川、河北等9省份共计分离到54株MS,通过多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)方法对分离株进行基因分型,同时结合国内外的分离株信息,... 为研究国内鸡滑液支原体(Mycoplasma synoviae,MS)的流行情况,2016-2021年间从山东、四川、河北等9省份共计分离到54株MS,通过多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)方法对分离株进行基因分型,同时结合国内外的分离株信息,进一步分析了不同菌株间的进化关系。结果表明,54株MS分离株可分为9种ST型,分别是34、44、93、95、96、102、103、148、153,主要流行的ST型为ST34和ST93;按照进化关系可分为A-I共9类,其中最主要的流行株为A类和E类。通过对国内外MS流行株进行遗传进化分析,可依据地域将其分为亚洲株、欧洲株、北美株和其他株,其中中国分离株有独特的地域进化分支。本研究结果丰富了国内的MS流行病学数据,对防控与净化MS具有重要意义。 展开更多
关键词 鸡滑液支原体 分离 多位点序列分型
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金黄色葡萄球菌耐药基因分析及多位点序列分子分型 被引量:3
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作者 吴德群 巢国祥 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第7期513-518,共6页
目的对临床来源金黄色葡萄球菌(金葡菌)进行分子分型及溯源,研究耐药基因与克隆复合体(CC)关系。方法检测94株金葡菌中的耐甲氧西林金葡菌(MRSA)并分型,测定氨基糖苷类耐药基因[aac(6')/aph(2'')、aph(3')-Ⅲ、ant(4... 目的对临床来源金黄色葡萄球菌(金葡菌)进行分子分型及溯源,研究耐药基因与克隆复合体(CC)关系。方法检测94株金葡菌中的耐甲氧西林金葡菌(MRSA)并分型,测定氨基糖苷类耐药基因[aac(6')/aph(2'')、aph(3')-Ⅲ、ant(4',4'')]、大环内酯类耐药基因(ermA、ermC、msrA)、四环素类耐药基因(tetM、tetk)共8个耐药基因;用多位点序列分子分型(MLST)进行克隆分析。结果 94株菌株中共检出MRSA菌株36株,其中,医源MRSA(HA-MRSA)29株,包括Ⅲ型28株,Ⅰ型1株;社区源MRSA(CA-MRSA)7株,包括V型6株,Ⅳd型1株。94株菌株中,耐药基因aac(6')/aph(2'')、aph(3')-Ⅲ、ant(4',4'')、ermA、ermC、msrA、tetM、tetk的携带率分别为55.3%、58.5%、26.6%、37.2%、34.0%、19.1%、37.2%、25.5%;共84株菌株耐药基因阳性,共形成35种耐药基因谱;含3种以上耐药基因的菌株占48.9%(46/94)。MLST分型共得到27个ST型,6个同源复合体;有3个重要同源复合体CC239、CC630、CC5及1个重要ST398型。HA-MRSA均属于CC239,而多数CAMRSA属于CC630;HA-MRSA耐药基因携带率与CA-MRSA及所有甲氧西林敏感金葡菌(MSSA)携带率差异有统计学意义(P<0.01)。CC239克隆与所有其他克隆菌株耐药基因的携带率差异有统计学意义(P<0.01)。结论引起感染的MRSA主要是HA-MRSA-Ⅲ,其次为CA-MRSA-Ⅴ。CC630是国际上新出现的克隆;ST398主要是起源于人而非动物。MRSA主要存在于几类特定克隆中,主要来源于相同克隆的MSSA;金葡菌获得及携带耐药基因主要与CC克隆有关,推测此类复合体中含有相关分子构型,有利于耐药基因如SCCmec插入。 展开更多
关键词 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 耐药基因 多位点序列分子分型 克隆复合体
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婴幼儿配方羊乳粉生产环节蜡样芽孢杆菌分离株多位点序列分型分析 被引量:2
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作者 刘阳 葛武鹏 +5 位作者 张静 郭春锋 梁秀珍 王智 张兴吉 王瑞 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第14期166-171,共6页
为探讨我国婴幼儿配方羊乳粉生产环节阳性分离株的遗传多样性,并将其基因序列与已报道的乳源分离株的基因序列进行比对,确立其特征序列,为婴幼儿配方食品生产体系溯源提供依据,为探究其致病机理和有效防控提供参考依据。实验选取glpF、... 为探讨我国婴幼儿配方羊乳粉生产环节阳性分离株的遗传多样性,并将其基因序列与已报道的乳源分离株的基因序列进行比对,确立其特征序列,为婴幼儿配方食品生产体系溯源提供依据,为探究其致病机理和有效防控提供参考依据。实验选取glpF、gmk、ilvD、pta、pur、pycA、tpi 7个管家基因构建多位点序列分析分型方案,鉴定经随机扩增多态性DNA分型得到的42株Bacillus cereus的序列类型。结果表明:42株B.cereus分为7个序列类型(sequence type,ST),分别为ST-770(4.8%,2/42)、ST-1000(71.4%,30/42)、ST-1084(9.5%,4/42)、ST-1348(2.4%,1/42)、ST-1349(2.4%,1/42)、ST-1350(2.4%,1/42)和ST-1351(7.1%,3/42);所有分离株被识别为205、142、23三个不同克隆谱系,2个单态群(ST-770和ST-1351)和2个独株(ST-1348和ST-1349);发现4个新的ST型和4个新的等位基因,已上传至国际数据库得到新的序列号和等位基因号,分别为ST-1348、ST-1349、ST-1350、ST-1351和glp-253、glp-254、ilv-277、pyc-199。 展开更多
关键词 蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus) 婴幼儿配方羊乳粉 多位点序列分析分型(mlst) 基因序列(ST)
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2017—2018年我国部分地区牛支原体的分离鉴定及多位点序列分型 被引量:13
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作者 康浩然 刘重阳 +3 位作者 于勇 张俊杰 潘子豪 姚火春 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1659-1665,共7页
旨在分离流行于我国部分地区的牛支原体,掌握我国牛支原体的种群结构和进化关系。本研究于2017-2018年采集黑龙江、河北、江苏、安徽、内蒙古等地规模化养殖场327份病牛样品,分离鉴定出20株牛支原体。采用adh1、gltX、gpsA、gyrB、pta2... 旨在分离流行于我国部分地区的牛支原体,掌握我国牛支原体的种群结构和进化关系。本研究于2017-2018年采集黑龙江、河北、江苏、安徽、内蒙古等地规模化养殖场327份病牛样品,分离鉴定出20株牛支原体。采用adh1、gltX、gpsA、gyrB、pta2、tdk、tkt 7个管家基因对分离株进行多位点序列分型(MLST),分析我国牛支原体种群结构并结合GenBank数据库公布的85株牛支原体进行最小生成树(MST)分析。结果显示,MycbPAN005为ST-6型,其余菌株均为ST-10型,分析表明ST-10型为我国的主要流行型。我国牛支原体属于CC1克隆复合体,且除ST-6型外,ST-32、ST-26和ST-43型与ST-10型仅有一个管家基因存在差异,表明我国牛支原体种群结构相对稳定单一。ST-6型中国株MycbPAN005为国内首次报道,可为牛支原体的流行病数据库研究提供新的资料。 展开更多
关键词 牛支原体 分离鉴定 多位点序列分型 最小生成树分析
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西安市与上海市百日咳鲍特菌对大环内酯类抗生素的耐药性、耐药相关分子特征及多位点抗原序列分型的比较研究 被引量:9
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作者 张娟胜 张弟强 +4 位作者 林晨 常玲 马超锋 陈保忠 耿毛 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期691-696,共6页
目的 比较西安市与上海市临床分离百日咳鲍特菌对大环内酯类抗生素的耐药性、耐药相关分子特征及多位点抗原序列分型(MAST)特征,为改进我国百日咳的防治和疫苗策略提供参考。方法 采用E-test法检测2018年至2019年西安市和上海市临床分... 目的 比较西安市与上海市临床分离百日咳鲍特菌对大环内酯类抗生素的耐药性、耐药相关分子特征及多位点抗原序列分型(MAST)特征,为改进我国百日咳的防治和疫苗策略提供参考。方法 采用E-test法检测2018年至2019年西安市和上海市临床分离百日咳鲍特菌对红霉素、阿奇霉素、克拉霉素的耐药性;采用PCR法检测可水平转移的耐药基因与耐药相关突变位点;采用MAST方法对菌株进行分型,比较两市菌株耐药性的差异及抗原序列型别构成比的差异。结果 本研究共分离出百日咳菌株60株,其中西安市34株,上海市26株。西安市与上海市临床分离百日咳鲍特菌对大环内酯类抗生素的耐药性存在统计学差异(χ^(2)=13.650,P<0.001)。两市菌株MAST分型型别构成比也存在统计学差异(χ^(2)=18.642,P<0.001),西安市菌株以prn1/ptxP1/ptxA1/fim3-1/fim2-1型别为主,而上海市prn1/ptxP1/ptxA1/fim3-1/fim2-1与prn2/ptxP3/ptxA1/fim3-1/fim2-1型别几乎各占一半。两市所有耐药株均检出A2047G位点突变,所有敏感株均未检出该突变;耐药基因中,部分耐药株检出甲基化酶基因ermA和ermB,未检出其他耐药基因;所有敏感株均未发现耐药基因和位点突变。结论 西安市与上海市临床分离百日咳鲍特菌对大环内酯类抗生素的耐药性存在差异,两市菌株MAST型别分布亦存在差异,应进一步加强中国百日咳菌株耐药性和基因型演变的监测。 展开更多
关键词 百日咳鲍特菌 大环内酯耐药性 基因型 分子特征 多位点抗原序列分型
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甘肃部分地区奶牛乳房炎金黄色葡萄球菌的细菌多位点序列分型与毒力检测 被引量:11
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作者 陈婷婷 达举云 +6 位作者 申玉龙 门倩云 李宗帅 王媛媛 杨孝朴 张勇 赵兴绪 《动物医学进展》 北大核心 2021年第6期24-30,共7页
为研究甘肃地区牛源金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)的耐药情况、基因型总体结构特征及毒力因子的分布情况,从甘肃省东、中和西部3个地区的3个县市采集41头罹患临床型乳房炎奶牛的93份乳样,采用鉴别培养基分离纯化细菌。采用K-B... 为研究甘肃地区牛源金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)的耐药情况、基因型总体结构特征及毒力因子的分布情况,从甘肃省东、中和西部3个地区的3个县市采集41头罹患临床型乳房炎奶牛的93份乳样,采用鉴别培养基分离纯化细菌。采用K-B法对分离株进行耐药性分析,常规PCR方法检测mecA抗性基因和14种常见毒力基因以及多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)。结果显示,93份乳样中分离出28株金黄色葡萄球菌;分离株有不同程度的耐药且多为多重耐药(16株),多重耐药菌株占57.14%,未发现耐万古霉素菌株(VRSA),万古霉素敏感率为100%;28株分离菌中共检出mecA阳性11株,检出率为39.3%;共获得9个已知ST型;有12种毒力基因不同程度被检出,其中nuc、spa和coa检出率为100%,hlb、set1、clfA、FnBPA和seb阳性检出率均大于50%,sak、seg、PVL和sea的检出率依次为28.6%、7.9%、14.3%和21.4%,而FnBPB、hla基因未检出。研究结果可为甘肃省牛源金黄色葡萄球菌的耐药性评价、溯源分析和治疗提供参考依据。 展开更多
关键词 奶牛乳房炎 金黄色葡萄球菌 耐药性 多位点序列分型 毒力基因
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乳房链球菌多位点序列分型和遗传进化特征分析 被引量:1
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作者 扶绍东 仇亚伟 +5 位作者 温晨 张毅豪 陈伟 罗振华 张金秋 苗晋锋 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第5期1535-1543,共9页
为探究中国不同地区来源的乳房链球菌(Streptococcus uberis,S.uberis)之间的多样性和遗传进化关系,本研究以部分地区分离到的38株乳房链球菌为研究对象,通过对其最小抑菌浓度(minimun inhibitory concentration,MIC)测定和全基因组框... 为探究中国不同地区来源的乳房链球菌(Streptococcus uberis,S.uberis)之间的多样性和遗传进化关系,本研究以部分地区分离到的38株乳房链球菌为研究对象,通过对其最小抑菌浓度(minimun inhibitory concentration,MIC)测定和全基因组框架测序,获取38株菌耐药性、耐药基因及毒力基因等相关信息;通过多位点序列分型技术(multilocus sequence typing,MLST)分析了7个管家基因的等位基因谱、序列型(sequence type,ST)和克隆复合体(clonal complexes,CCs),并构建系统进化树。MIC试验共采用15种抗生素,除头孢噻呋和氟苯尼考外,38株乳房链球菌对其中13种抗生素具有不同程度耐药,且江苏地区的耐药性明显强于新疆地区;耐药和毒力基因比对后发现,仅24株菌携带耐药基因,剩余14株则不携带耐药基因且属新疆地区分离株,与MIC试验结果相符;15种毒力基因中,除cfu、hasA/B和lbp外,余下12种毒力基因的携带率均高达100%。MLST结果表明,38株乳房链球菌共属于17个ST型,其中有15个ST型从未报道,仅supan011株菌属于ST-5 CCs。进化树结果揭示,38株分离株之间的亲缘性较远,分布呈地区依赖性,且中国部分地区当前流行的乳房链球菌与西方国家流行的菌株差异较大。本研究丰富了乳房链球菌的MLST分型数据库,为了解中国乳房链球菌遗传特性和分布特点提供了参考依据。 展开更多
关键词 乳房链球菌 多位点序列分型(mlst) 管家基因
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成人粪便中长双歧杆菌长亚种的分离鉴定及多位点序列分型分析 被引量:3
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作者 刘瑞娜 周雪 +4 位作者 梁玉 贺菁 赵鹏昊 赵桉 孟祥晨 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2019年第21期65-71,共7页
为了对成人粪便中分离的长双歧杆菌长亚种进行多位点序列分型分析,采用改良MRS培养基从健康成人粪便中分离的长双歧杆菌长亚种,通过生理生化试验结合16S rDNA和热应激蛋白60(heat-shock protein,hsp60)同源性分析鉴定分离株,利用同源性... 为了对成人粪便中分离的长双歧杆菌长亚种进行多位点序列分型分析,采用改良MRS培养基从健康成人粪便中分离的长双歧杆菌长亚种,通过生理生化试验结合16S rDNA和热应激蛋白60(heat-shock protein,hsp60)同源性分析鉴定分离株,利用同源性分析及多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术进一步分析长双歧杆菌长亚种的基因多态性。从12个健康成人体内分离得到24株厌氧的细菌菌株,经形态学观察、生理生化试验、16S rDNA及hsp60同源性分析发现,其中14株分离株为长双歧杆菌长亚种(Bifidobacterium longum subsp.longum)。MLST结果表明:14株长双歧杆菌长亚种可分为10种基因型,且均与Bifidobacterium longum subsp.longum ATCC 15707为不同基因型。健康成人粪便中分离的长双歧杆菌长亚种具有较大的基因多态性。 展开更多
关键词 成人粪便 长双歧杆菌长亚种 分离鉴定 热应激蛋白60( hsp60) 多位点序列分型( mlst) 序列型( ST)
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婴幼儿配方乳粉加工环境中蜡样芽孢杆菌多位点序列分型 被引量:2
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作者 吴霜 张紫薇 +5 位作者 李虹甫 孙露宏 王蕊 满朝新 郭鸰 姜毓君 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2018年第23期134-138,145,共6页
以分离自婴幼儿配方乳粉加工环境中蜡样芽孢杆菌为研究对象,利用多位点序列分型(MLST)技术对蜡样芽孢杆菌的多样性和系统进化关系进行探究。结果表明,84株蜡样芽孢杆菌共分成24个ST型,分别是ST-24、ST-26、ST-32、ST-62、ST-144、ST-374... 以分离自婴幼儿配方乳粉加工环境中蜡样芽孢杆菌为研究对象,利用多位点序列分型(MLST)技术对蜡样芽孢杆菌的多样性和系统进化关系进行探究。结果表明,84株蜡样芽孢杆菌共分成24个ST型,分别是ST-24、ST-26、ST-32、ST-62、ST-144、ST-374、ST-999、ST-1119、ST-1243、ST-1284、ST-1333、ST-1334、ST-1335、ST-1336、ST-1337、ST-1338、ST-1339、ST-1340、ST-1341、ST-1342、ST-1343、ST-1344、ST-1345及ST-1347,其中ST-999(22.62%)、ST-1343(15.48%)、ST-1335(7.14%)与ST-1345(7.14%)是该婴幼儿配方乳粉加工环境中的优势ST型。同时发现了3个新的等位基因pur-242,pyc-198,ilv-276与14个新的ST型ST-1333、ST-1334、ST-1335、ST-1336、ST-1337、ST-1338、ST-1339、ST-1340、ST-1341、ST-1342、ST-1343、ST-1344、ST-1345和ST-1347。系统发育分析表明24个ST型与B.cereus、B.anthracis和B.thuringiensis这三个种显示了更近的系统发育关系,与蜡样芽孢杆菌群体中的另外8个种的亲缘关系较远。 展开更多
关键词 蜡样芽孢杆菌 多位点序列分型 婴幼儿配方乳粉 加工环境
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陕西省犊牛安氏隐孢子虫多位点序列分型研究 被引量:1
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作者 任冠静 王雪婷 +2 位作者 张会军 宋军科 赵光辉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期1969-1975,共7页
为了对陕西省犊牛安氏隐孢子虫(Cryptosporidium andersoni)进行多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST),本研究基于4个基因位点对陕西省4个地区的36份犊牛(0~6月龄)C.andersoni阳性粪便样品进行PCR检测和序列分析。结果显示... 为了对陕西省犊牛安氏隐孢子虫(Cryptosporidium andersoni)进行多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST),本研究基于4个基因位点对陕西省4个地区的36份犊牛(0~6月龄)C.andersoni阳性粪便样品进行PCR检测和序列分析。结果显示,15份C.andersoni分离株在CM-MS1、CM-MS2、CM-MS3、CM-MS16 4个基因位点均被成功分型,形成A4、A4、A2、A1,A4、A4、A4、A1,A5、A4、A4、A1和A1、A4、A4、A1共4个MLST亚型。其中A4、A4、A4、A1广泛分布于各个养殖场与不同品种犊牛中,为该地区犊牛C.andersoni的优势亚型。该研究结果表明,陕西地区犊牛C.andersoni存在遗传多样性,具有多种MLST亚型。 展开更多
关键词 安氏隐孢子虫 多位点序列分型 犊牛 陕西
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马乳酒样乳杆菌ZW3多位点序列分型 被引量:1
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作者 段晓微 张阳 +2 位作者 邢竹青 王艳萍 耿伟涛 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2019年第22期60-67,共8页
该研究采用多位点序列分型方法将马乳酒样乳杆菌ZW3与其他同种或近源乳杆菌菌株进行细致的分类鉴定,同时确定马乳酒样乳杆菌ZW3特定的生物遗传标签,使用多位点序列分型方法对马乳酒样乳杆菌ZW3菌株与9株同种或近源乳杆菌一起进行多位点... 该研究采用多位点序列分型方法将马乳酒样乳杆菌ZW3与其他同种或近源乳杆菌菌株进行细致的分类鉴定,同时确定马乳酒样乳杆菌ZW3特定的生物遗传标签,使用多位点序列分型方法对马乳酒样乳杆菌ZW3菌株与9株同种或近源乳杆菌一起进行多位点序列分型研究。该研究选取了7个管家基因(rpo A、Hsp60、Leu S、rps B、gly K、pyr G、fus A)对这10株同种或近源乳杆菌菌株进行分型,最终得到8个序列型,马乳酒样乳杆菌ZW3单独拥有一个序列型ST8。这7个基因中,除pyr G外其余6个基因存在连锁不平衡现象,发生过轻微的基因重组现象,发生的变异通常为中性选择。马乳酒样乳杆菌ZW3与马乳酒样乳杆菌an3、shan3、shan4、shan5之间的遗传距离很近,与另外5株菌之间的遗传距离较远。该研究中选取的这7个管家基因可以将马乳酒样乳杆菌ZW3与其他同种或近源乳杆菌菌株进行区别,马乳酒样乳杆菌ZW3菌株的识别有助于在商业制品中确定其特定的益生功能。 展开更多
关键词 马乳酒样乳杆菌 开菲尔乳杆菌 多位点序列分型 管家基因 遗传进化
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多位点序列分型技术在凝结芽孢杆菌菌株分类中的应用 被引量:1
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作者 冯海霞 王金龙 +2 位作者 吕伟 刘胜利 马艳艳 《中国饲料》 北大核心 2022年第3期39-42,共4页
本文通过16S rRNA基因和多位点序列分型(MLST)技术,对凝结芽孢杆菌不同菌株进行亲缘关系分析。试验选取国内具有代表性的15株凝结芽孢杆菌菌株,菌株纯化后提取基因组DNA,采用传统的16S rRNA基因分子鉴定和MLST技术相结合进行分析。其中M... 本文通过16S rRNA基因和多位点序列分型(MLST)技术,对凝结芽孢杆菌不同菌株进行亲缘关系分析。试验选取国内具有代表性的15株凝结芽孢杆菌菌株,菌株纯化后提取基因组DNA,采用传统的16S rRNA基因分子鉴定和MLST技术相结合进行分析。其中MLST采用5个管家基因:adk、recF、sucC、rpoB和spoOA,结合参考凝结芽孢杆菌菌株DSM1的已知管家基因序列,用CE Design V1.04软件设计引物进行PCR扩增,测序结果剪接、串联后,做系统进化树分析。结果显示:16S rRNA基因显示所有菌株的基因序列相似性在99%以上,无法区分菌株间的差异性。而MLST结果显示,国内大部分凝结芽孢杆菌菌株G1-G9、E21和Y1、Y2为第一类别(Bootstrap值≥99),Y3、Y4、Y5三个菌株为第二类别(Bootstrap值≥99),参考菌株DSM1和国内凝结芽孢杆菌菌株差异较大为第三类别。 展开更多
关键词 凝结芽孢杆菌 多位点序列分型(mlst) 管家基因 亲缘关系
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