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母猪闭锁卵泡的基因表达分析研究
1
作者 席广银 庞明月 +2 位作者 郭喜峰 刘彦 秦玉圣 《猪业科学》 2025年第3期104-106,共3页
卵泡是卵巢的基本结构组成和功能单位,卵泡排出健康成熟的卵子依赖于卵泡的正常发育。卵泡闭锁是指卵泡在多种生理或病理因素刺激下退出正常生理发育轨迹的现象。正常情况下,卵泡闭锁有助于维持卵巢内环境的稳定,然而,由于规模猪场逐渐... 卵泡是卵巢的基本结构组成和功能单位,卵泡排出健康成熟的卵子依赖于卵泡的正常发育。卵泡闭锁是指卵泡在多种生理或病理因素刺激下退出正常生理发育轨迹的现象。正常情况下,卵泡闭锁有助于维持卵巢内环境的稳定,然而,由于规模猪场逐渐成为我国主要的生猪养殖方式,母猪饲养密度过大、频繁转群及其他环境因素等极易引起母猪应激,导致性腺轴功能紊乱,引发卵泡异常闭锁,不仅影响了母猪繁殖性能,而且降低猪场经济效益。 展开更多
关键词 闭锁卵泡 基因表达分析 性腺轴功能紊乱 卵泡发育 卵泡闭锁
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不同逆境胁迫下杉木Cu/Zn-SOD基因表达分析 被引量：9
2
作者 饶丽莎 许珊珊 +3 位作者 黄田盛 王培 曹光球 林思祖 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2018年第1期7-12,共6页
逆境胁迫会对植物的生长发育产生影响,适度的胁迫会促进一些次生代谢产物的合成和积累,因而有利于品质的提高。逆境胁迫条件下,超氧化物歧化酶(SOD)介导的活性氧清除在维持植物体内活性氧稳态平衡,保护细胞免受活性氧伤害中扮演着关键... 逆境胁迫会对植物的生长发育产生影响,适度的胁迫会促进一些次生代谢产物的合成和积累,因而有利于品质的提高。逆境胁迫条件下,超氧化物歧化酶(SOD)介导的活性氧清除在维持植物体内活性氧稳态平衡,保护细胞免受活性氧伤害中扮演着关键角色。为揭示Cu/Zn-SOD基因在杉木逆境胁迫中的作用,采用荧光定量PCR(qRT-PCR)技术,分析杉木组培苗Cu/Zn-SOD基因在4℃低温、0.054 6 g·mL^(-1)甘露醇、2 mmol·L^(-1)铝离子和300 mmol·L^(-1)的Na Cl胁迫中的表达模式,同时探究SOD在不同处理下的活性变化规律。结果表明:在不同逆境胁迫下,杉木组培苗Cu/Zn-SOD基因均受到诱导,表达量总体呈现出先升高后降低的趋势。在4℃低温、干旱、铝离子和盐胁迫下,分别在48、48、16、24 h时达到最高,是对照的6.4、5.3、6.4、10.4倍,且与对照组相比,不同胁迫处理下Cu/Zn-SOD基因的表达量差异均达到显著水平,与该结果类似的是,SOD也发生不同变化趋势,但均高于对照组,推测可能存在SOD基因成员增加基因的表达量从而增加SOD含量。Cu/Zn-SOD基因在杉木组培苗逆境胁迫中发挥着重要的调控作用,为今后深入了解杉木Cu/Zn-SOD基因在逆境胁迫中的分子机制和杉木抗逆育种机理提供理论依据。 展开更多
关键词 杉木组培苗 Cu/Zn-SOD QRT-PCR SOD活性 基因表达分析
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基于WGCNA分析CPPU和TDZ对天工墨玉葡萄香气影响及关键基因挖掘
3
作者 郑婷 向江 +2 位作者 魏灵珠 吴江 程建徽 《浙江农业学报》 北大核心 2025年第2期311-320,共10页
为研究处理剂对无核葡萄香气的影响,以天工墨玉为试材,用氯吡脲(CPPU)和噻苯隆(TDZ)搭配赤霉素(GA3)处理花序,检测成熟果实香气组分和萜类代谢基因表达水平,结合转录组通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)探析萜类组分的变化,筛选相关基... 为研究处理剂对无核葡萄香气的影响,以天工墨玉为试材,用氯吡脲(CPPU)和噻苯隆(TDZ)搭配赤霉素(GA3)处理花序,检测成熟果实香气组分和萜类代谢基因表达水平,结合转录组通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)探析萜类组分的变化,筛选相关基因。结果表明,在成熟果实中共有35种香气组分,其中,萜类13种。处理后,特征物质——橙花醇、香叶醇和芳樟醇的含量显著(P<0.05)下降。萜类合成甲羟戊酸途径(mevalonate pathway,MVA)关键基因HMGR在处理后表达降低;2-甲基赤藓糖醇-4-磷酸路径(methylerythritol phosphate pathway,MEP)关键基因DXR在CPPU处理后呈下降-上升趋势,TDZ相反。WGCNA结果显示,芳樟醇、橙花醇和香叶醇聚在一起,与turquoise模块高度相关,关联到MYB44基因在处理后大幅下调,尤其TDZ处理后,与物质含量变化一致。研究结果为葡萄生产中CPPU和TDZ的使用提供了理论依据。 展开更多
关键词 葡萄 香气 氯吡脲(CPPU) 噻苯隆(TDZ) 加权基因共表达网络分析(WGCNA)
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雨生红球藻虾青素调控下珍珠龙胆石斑鱼抗氧化能力及相关基因的加权基因共表达网络分析
4
作者 高金伟 姜智飞 +2 位作者 张文慧 周文礼 卢文玉 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2024年第5期586-598,共13页
为研究雨生红球藻(Haematococcus pluvialis)虾青素对珍珠龙胆石斑鱼(Epinephelus lanceolatus♂×E.fuscoguttatus♀)生长及抗氧化能力的影响,制备了虾青素分别为0 mg·kg^(-1)(对照组)、48.56 mg·kg^(-1)(低剂量组)和189... 为研究雨生红球藻(Haematococcus pluvialis)虾青素对珍珠龙胆石斑鱼(Epinephelus lanceolatus♂×E.fuscoguttatus♀)生长及抗氧化能力的影响,制备了虾青素分别为0 mg·kg^(-1)(对照组)、48.56 mg·kg^(-1)(低剂量组)和189.56 mg·kg^(-1)(高剂量组)的3种饲料,开展了为期60 d的饲养实验。分析了石斑鱼生长性能和血清抗氧化能力指标,并联合差异表达基因(DEGs)和加权基因共表达网络(WGCNA)分析,鉴定了抗氧化相关的共表达基因模块,根据模块内基因的连接度筛选核心基因。结果显示,低剂量组和高剂量组相比对照组,石斑鱼末体质量(FBW)、增重率(WGR)和特定生长率(SGR)均显著增加(P<0.05),超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)和谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-PX)活力显著升高(P<0.05),丙二醛(MDA)含量显著降低(P<0.05);低剂量组和高剂量组分别筛选出DEGs 3089个和3012个,DEGs主要富集到Jak-STAT信号通路、趋化因子信号通路和AMPK信号通路。WGCNA分析共构建了17个共表达模块,筛选得到black、turquoise、magenta和lightgreen共4个具有生物学意义且与抗氧化显著相关(相关系数的绝对值>0.60)的特异性共表达模块,GO和KEGG功能富集分析均表明,特异性模块富集到的Jak-STAT信号通路和Autophagy信号通路在珍珠龙胆石斑鱼抗氧化过程中具有重要的作用。选取连通性最高的前20个基因进行核心基因筛选,通过基因功能注释最终筛选到14个核心基因。以核心基因为节点构建的共表达网络中包括zf-C2H2、zf-BED和zf-MIZ等转录因子。结果表明,雨生红球藻虾青素可以提高珍珠龙胆石斑鱼的生长性能和抗氧化能力,筛选得到的核心基因可能在珍珠龙胆石斑鱼的抗氧化调控中发挥重要作用,研究结果可为石斑鱼优质饲料的开发提供参考。 展开更多
关键词 转录组分析 珍珠龙胆石斑鱼 抗氧化 加权基因共表达网络分析
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不同胡麻品种TAG合成途径关键基因表达与含油量、脂肪酸组分的相关性分析 被引量：11
5
作者 李闻娟 齐燕妮 +7 位作者 王利民 党照 赵利 赵玮 谢亚萍 王斌 张建平 李淑洁 《草业学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期138-149,共12页
胡麻是一种富含不饱和脂肪酸尤其是α-亚麻酸的油料作物,明晰TAG合成途径中与胡麻含油量和脂肪酸组分相关的基因具有重要的理论意义。以3个含油量和脂肪酸组分有显著差异的胡麻品种(系)为材料,分析了不同品种(系)、不同组织和不同发育... 胡麻是一种富含不饱和脂肪酸尤其是α-亚麻酸的油料作物,明晰TAG合成途径中与胡麻含油量和脂肪酸组分相关的基因具有重要的理论意义。以3个含油量和脂肪酸组分有显著差异的胡麻品种(系)为材料,分析了不同品种(系)、不同组织和不同发育阶段胡麻油脂和脂肪酸组分的动态积累模式和TAG合成途径中7个关键基因的动态表达模式,以及含油量和不饱和脂肪酸与7个关键基因表达的相关性。结果表明,胡麻开花后10～20d,是种子油脂和亚麻酸的快速积累期,且不同胡麻品种(系)油脂和亚麻酸的动态积累模式差异显著。TAG合成途径中的7个关键基因(GPAT9、DGAT1、DGAT2、PDAT1、PDAT2、FAD2A和FAD3A)在胡麻不同发育阶段的不同组织中均有表达,在不同品种(系)间的表达模式各不相同。其中PDAT1、DGAT1和DGAT2基因的动态表达模式与含油量的动态积累模式显著正相关,PDAT1的动态表达模式与亚麻酸的动态积累模式显著正相关,且在高油高亚麻酸材料的种子动态发育阶段中PDAT1基因的累积表达量也显著高于低油低亚麻酸材料。因此,PDAT1可能是影响胡麻不同品种(系)中含油量和亚麻酸含量的关键基因。 展开更多
关键词 胡麻 含油量 亚麻酸 基因表达分析 相关性分析
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甘菊内参基因ClTUA的克隆与表达分析 被引量：5
6
作者 黄河 牛雅静 +1 位作者 杨可 戴思兰 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期112-117,共6页
根据前期工作已获得的甘菊α-tubulin基因EST序列,使用RACE技术获得了该基因的全长序列,命名为ClTUA。生物信息学分析表明,ClTUA基因全长cDNA序列为1580bp,编码432个氨基酸残基。利用MEGA4.0软件对推测的氨基酸序列进行系统关系分析发现... 根据前期工作已获得的甘菊α-tubulin基因EST序列,使用RACE技术获得了该基因的全长序列,命名为ClTUA。生物信息学分析表明,ClTUA基因全长cDNA序列为1580bp,编码432个氨基酸残基。利用MEGA4.0软件对推测的氨基酸序列进行系统关系分析发现,其为植物中Ⅰ类α-tubulin基因。RT-PCR分析发现:ClTUA基因不仅在盐、干旱、冷、热、脱落酸和水杨酸各种非生物胁迫下稳定表达,而且在不同生长发育阶段的样本中稳定表达;而作为对照的两个内参基因,ClActin和26SrRNA基因在不同非生物胁迫下表达稳定,但在不同生长发育阶段的样本中表达强度不同。这一结果表明,ClTUA基因的表达稳定性优于ClActin和甘菊26SrRNA基因,可以作为内参基因用于甘菊抗逆性和生长发育过程中基因表达规律研究。 展开更多
关键词 甘菊 内参基因 C1TUA 基因表达分析
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加权基因共表达网络分析联合差异表达基因分析法鉴定重度抑郁症关键基因
7
作者 佘细虹 曾智 何月婷 《内科》 2024年第3期302-307,共6页
目的 应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)联合差异表达基因(DEG)分析法鉴定重度抑郁症(MDD)的关键基因。方法 从基因表达数据库中获取MDD患者和健康志愿者死后脑组织mRNA微阵列数据。应用WGCNA和DEG分析法筛选与MDD最显著相关的模块和D... 目的 应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)联合差异表达基因(DEG)分析法鉴定重度抑郁症(MDD)的关键基因。方法 从基因表达数据库中获取MDD患者和健康志愿者死后脑组织mRNA微阵列数据。应用WGCNA和DEG分析法筛选与MDD最显著相关的模块和DEG,对WGCNA模块基因和DEG进行基因本体论富集分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析,取WGCNA模块基因与DEG的交集,绘制受试者工作特征曲线评估交集基因诊断MDD的能力。结果 最终获得10个基因(FLJ20021、FLJ30058、NNAT、MRPS12、KCNK4、TROVE2、MESP1、MIF、TMEM93、SYNGR1),均具有良好诊断MDD的潜力。结论 FLJ20021、FLJ30058、NNAT、MRPS12、KCNK4、TROVE2、MESP1、MIF、TMEM93、SYNGR1可作为辅助诊断MDD的生物标志物。 展开更多
关键词 重度抑郁症 加权基因共表达网络分析 生物标志物 差异表达基因 受试者工作特征曲线
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蒜头果中3-酮酯酰-CoA合酶基因克隆与表达分析 被引量：5
8
作者 李云琴 陈中华 +1 位作者 原晓龙 王毅 《中国油脂》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期128-133,共6页
以蒜头果(Malania oleifera)为实验材料,基于转录组数据分析,采用RT-PCR方法获得蒜头果3-酮酯酰-CoA合酶(KCS)基因的cDNA序列,命名为MoKCS1,GenBank登录号为MK210592。序列分析显示MoKCS1基因cDNA全长为1 539 bp,编码512个氨基酸,属于KC... 以蒜头果(Malania oleifera)为实验材料,基于转录组数据分析,采用RT-PCR方法获得蒜头果3-酮酯酰-CoA合酶(KCS)基因的cDNA序列,命名为MoKCS1,GenBank登录号为MK210592。序列分析显示MoKCS1基因cDNA全长为1 539 bp,编码512个氨基酸,属于KCS家族。序列比对分析显示Mo KCS1拥有KCS家族特有的3个功能保守结构域,与榴莲(Durio zibethinus) KCS的蛋白序列同源性为80. 66%;与已知超长链KCS蛋白进行系统进化分析显示,MoKCS1独立形成一个分支。荧光定量PCR分析表明,MoKCS1在蒜头果果实膨大期的表达量最高,而在叶中几乎不表达。 展开更多
关键词 蒜头果 3-酮酯酰-CoA合酶基因 荧光定量PCR 基因表达分析
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基于加权基因共表达网络分析鉴定PE患者的潜在生物标志物
9
作者 张慧杰 曲洪美 马江磊 《巴楚医学》 2024年第1期44-49,共6页
目的:本研究旨在通过对子痫前期(PE)患者基因数据集进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),寻找PE的分子标志物。方法:从GEO数据库下载GSE10588表达数据集,该数据集包括17例PE患者和26例对照者的胎盘组织转录组数据。使用差异表达分析及WG... 目的:本研究旨在通过对子痫前期(PE)患者基因数据集进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),寻找PE的分子标志物。方法:从GEO数据库下载GSE10588表达数据集,该数据集包括17例PE患者和26例对照者的胎盘组织转录组数据。使用差异表达分析及WGCNA筛选与PE相关的重点差异表达基因(DEGs),利用基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析来探索重点基因的生物学作用。构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络筛选关键枢纽基因,并通过风险预测模型和受试者工作特征(ROC)曲线评价这些枢纽基因对PE的预测效果。结果:共获得138个DEGs,其中包括100个上调和38个下调DEGs。通过WGCNA确定了23个与PE发病最相关的重点DEGs。GO和KEGG通路分析显示,这些重点DEGs在调节促性腺激素分泌、白细胞分化、造血功能、内分泌功能及B细胞的激活等生物学作用中发挥重要作用。在PPI网络中,卵泡抑素相关基因3(FSTL3)、酪氨酸激酶受体1(FLT1)、抑制素亚单位A(INHBA)、N-myc下游调节基因1(NDRG1)和瘦素(LEP)等成为节点最多的基因。风险预测和ROC曲线表明,FSTL3和LEP具有较高的风险得分和诊断价值。结论:FSTL3和LEP可以作为预测和诊断PE的生物标志物。 展开更多
关键词 子痫前期 加权基因共表达网络分析 生物标志物 卵泡抑素相关基因3 瘦素
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基于加权基因共表达网络分析探究脑络欣通调控缺血性脑卒中炎症作用及分子机制
10
作者 刘启伟 陈丽君 +1 位作者 阚红星 杨银凤 《安徽中医药大学学报》 CAS 2024年第6期73-79,共7页
目的基于加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)探究脑络欣通治疗缺血性脑卒中(ischemic stroke,IS)的作用及分子机制。方法首先从GEO数据库获取IS临床患者转录组数据,通过limma进行差异基因分... 目的基于加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)探究脑络欣通治疗缺血性脑卒中(ischemic stroke,IS)的作用及分子机制。方法首先从GEO数据库获取IS临床患者转录组数据,通过limma进行差异基因分析和借助WGCNA挖掘IS相关靶点;然后筛选脑络欣通的活性成分并预测其作用靶点;最后对基于WGCNA筛选出的靶点与预测的作用靶点取交集,并取关键成分与靶点进行分子对接验证。结果WGCNA结果显示,脑络欣通活性成分作用的关键靶点有5个,即GLRX、ELANE、S100A8、BCL2A1和CAMP;KEGG富集分析显示,脑络欣通主要通过调控白细胞介素(interleukin,IL)-17和核因子(nuclear factor,NF)-κB炎症信号通路来达到抗IS的作用;分子对接结果显示,脑络欣通活性成分与其核心靶点具有良好的结合力。结论脑络欣通治疗IS具有多成分、多靶点和多通路协同作用的特征,其分子机制可能是通过脑络欣通中主要活性成分对IL-17和NF-κB炎症信号通路的调控来达到治疗IS的作用。 展开更多
关键词 加权基因共表达网络分析 脑络欣通 缺血性脑卒中 分子对接 分子机制
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小麦诱导抗性基因TaWIR1b的克隆及表达分析
11
作者 王俊美 徐飞 +3 位作者 宋玉立 李亚红 刘露露 韩自行 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期150-153,共4页
全蚀病是小麦上一种重要的土传病害。选育和种植抗病品种是防治小麦全蚀病的根本途径,抗病基因研究是抗病育种的基础性工作。根据基因TaWIR1b(Accession no.M94959.1)的全长序列设计引物扩增‘新农19’的cDNA,获得了完整ORF,编码85个氨... 全蚀病是小麦上一种重要的土传病害。选育和种植抗病品种是防治小麦全蚀病的根本途径,抗病基因研究是抗病育种的基础性工作。根据基因TaWIR1b(Accession no.M94959.1)的全长序列设计引物扩增‘新农19’的cDNA,获得了完整ORF,编码85个氨基酸残基,比对后发现与TaWIR1b序列同源性达100%。根据获得的TaWIR1b基因全长序列设计定量引物,分析TaWIR1b在全蚀菌胁迫条件下不同互作模式的表达特征。结果表明接种全蚀病菌后抗病小麦品种‘新农19’中TaWIR1b基因被诱导表达,接菌后3d达到峰值143.97,感病品种‘新麦19’中峰值出现在接菌后8d,表达量仅为对照的4.22倍,提示该基因可能参与小麦对全蚀病的抗病过程。 展开更多
关键词 小麦全蚀病 TaWIR1b 基因克隆 基因表达分析
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棉花新陆早17号愈伤组织中盐响应相关基因的表达分析
12
作者 廖茂森 何金燕 张富春 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期401-408,共8页
【目的】愈伤组织是一种研究植物生长发育及基因调控的理想实验材料,开展盐胁迫对棉花愈伤组织基因表达影响的研究,有助于阐明棉花愈伤组织基因的表达特性。【方法】对棉花新陆早17号品种非胚性愈伤和胚性愈伤进行盐胁迫处理,采用半定量... 【目的】愈伤组织是一种研究植物生长发育及基因调控的理想实验材料,开展盐胁迫对棉花愈伤组织基因表达影响的研究,有助于阐明棉花愈伤组织基因的表达特性。【方法】对棉花新陆早17号品种非胚性愈伤和胚性愈伤进行盐胁迫处理,采用半定量RT-PCR技术,对棉花不同基因GhATPase-b、GhBADH、GhNHX1和GhP5CS盐响应相关基因在不同NaCl浓度胁迫0、14和28 d时的表达情况进行分析。【结果】100 mmol/LNaCl促进棉花非胚性愈伤和胚性愈伤的生长分化;在新诱导的非胚性愈伤中,GhNHX1的表达水平先降低后小幅升高,而GhATPase-b、GhBADH及GhP5CS相对表达量随处理时间延长均呈上调表达;在继代多次的非胚性愈伤中,GhNHX1与GhBADH在处理期间相对表达量先降低后升高,GhATPase-b与GhP5CS相对表达量随处理时间延长均呈上调表达;胚性愈伤中,仅GhATPase-b的表达量随处理时间增加持续升高,其余基因在处理期间相对表达量先降低后升高。【结论】适量NaCl可促进棉花非胚性愈伤和胚性愈伤的生长分化;不同阶段的棉花愈伤组织基因表达模式的不同,表明这些愈伤组织可能采用不同的机制响应NaCl的胁迫。 展开更多
关键词 棉花 愈伤组织 盐响应相关基因 基因表达分析
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多重基因遗传表达分析系统及其应用研究进展
13
作者 陈小金 王乃福 +1 位作者 黄晨 董志珍 《食品安全质量检测学报》 CAS 2015年第2期410-415,共6页
核酸检测技术广泛用于生命科学、微生物学及医学领域。随着分子生物学的发展,在经典技术的基础上研究人员又开发出多种新型检测技术。其中多重基因遗传表达分析系统(gene expression profiler genetic analysis system,Ge XP)技术作为... 核酸检测技术广泛用于生命科学、微生物学及医学领域。随着分子生物学的发展,在经典技术的基础上研究人员又开发出多种新型检测技术。其中多重基因遗传表达分析系统(gene expression profiler genetic analysis system,Ge XP)技术作为聚合酶链式反应和芯片的换代技术,具有特异性好、灵敏度高的特点,能够同时检测多个目的基因,真正意义上实现了高通量检测。本文详细介绍了Ge XP技术的原理以及优缺点,并对Ge XP技术在畜牧兽医研究、转基因食品检测、微生物检测及医学研究中的应用进行阐述,以期为该技术将来在食品检测方面的推广提供参考。 展开更多
关键词 多重基因表达分析系统 多重PCR 微生物检测 食品检测
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应用于肿瘤细胞基因表达水平分析的微流控芯片
14
作者 张宝月 冯鸿涛 +1 位作者 舒伟良 陈艳 《集成技术》 2012年第2期46-49,共4页
近年来快速发展的微流控技术为单细胞基因诊断的基础研究提供了一个有力的平台,微流控芯片具有样品和试剂低消耗、快速实时、大量样本平行处理等优点,还可以使分析过程自动化、防止污染以及完成自动高效的重复实验。本文主要介绍一种用... 近年来快速发展的微流控技术为单细胞基因诊断的基础研究提供了一个有力的平台,微流控芯片具有样品和试剂低消耗、快速实时、大量样本平行处理等优点,还可以使分析过程自动化、防止污染以及完成自动高效的重复实验。本文主要介绍一种用于高通量单细胞基因表达水平分析的微流控芯片技术平台。芯片集成了单细胞捕获、裂解、纯化、逆转录等生物样品处理单元,通过内置气动微阀实现细胞反应腔的独立寻址,从而实现单细胞处理与分析整个过程的自动化操控。实验结果显示了此平台可以实现基因表达水平稳定性的评估,具有应用于肿瘤早期诊断领域的潜力。 展开更多
关键词 微流控芯片 单细胞 基因表达分析
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鄱阳湖泥鳅黑斑形成观察及mitfa表达分析 被引量：1
15
作者 李志雄 盛军庆 +4 位作者 盛斌 王馨晨 赵亚飞 丁佳丽 易小兵 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2024年第3期117-128,共12页
本研究观察了孵化后1~60日龄泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)中色素细胞的形成、分布和主要类型。孵化后3 h,在泥鳅卵黄囊内首次观察到幼体型黑色素细胞;从仔鱼期到21日龄,泥鳅体表可见幼体型黑色素细胞;从22日龄的幼鱼到成鱼阶段,泥... 本研究观察了孵化后1~60日龄泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)中色素细胞的形成、分布和主要类型。孵化后3 h,在泥鳅卵黄囊内首次观察到幼体型黑色素细胞;从仔鱼期到21日龄,泥鳅体表可见幼体型黑色素细胞;从22日龄的幼鱼到成鱼阶段,泥鳅体表可见成体型黑色素细胞。虹彩细胞首先在1日龄泥鳅仔鱼的眼睛中出现,直到12日龄才在体表被观察到。7日龄稚鱼体表出现黄色素细胞。在孵化后2~21d内,泥鳅的黑色素细胞为幼体型黑色素细胞,其形状由星状变化成雪花状,进一步变化成黑点状。从22 d开始,3种花斑类型的泥鳅体表形成不同形态的成体型黑色素细胞。在大花斑泥鳅体表,菊花状黑色素细胞有规律地聚集成大花斑;在小花斑泥鳅体表,圆形和树枝状黑色素细胞聚集形成小花斑;在无花斑泥鳅体表,树突状黑色素细胞分布均匀。利用生物信息学和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法对泥鳅色素沉着相关基因mitfa进行了分析,结果显示,小眼畸形相关转录因子a基因(microphtalmia-associated transcription factor a,mitfa)编码的MITFa蛋白含408个氨基酸,相对分子质量为45.68kDa,预测等电点为7.16,包含MITF_TFEB_C_3_N、bHLH-Zip和DUF3371结构域。与各种鱼类的mitf基因序列相比,mitfa保守性较好,序列相似度较高(58.8%~83.2%)。qRT-PCR结果显示,mitfa mRNA在胚胎发育的受精卵阶段达到峰值,背部皮肤的表达水平高于腹部皮肤。本研究初步探究了鄱阳湖泥鳅色素和体表花斑的形成及mitfa基因的表达,为进一步了解泥鳅体色形成的遗传机制奠定了基础。 展开更多
关键词 鄱阳湖 泥鳅 色素形成 mitfa 基因表达分析
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高温和干旱胁迫下茶树叶片内源激素含量变化及其相关基因的表达分析 被引量：7
16
作者 唐子贻 杜玥 +3 位作者 杨宏斌 黎星辉 余有本 王伟东 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期489-500,共12页
高温干旱极端环境严重影响茶树生长发育,以及茶叶产量和品质,激素作为植物响应逆境胁迫的重要信号因子,其在茶树响应高温和干旱胁迫过程中的分子机理少有报道。以龙井长叶为材料,对高温和干旱胁迫下茶树叶片中内源激素含量的变化及其相... 高温干旱极端环境严重影响茶树生长发育,以及茶叶产量和品质,激素作为植物响应逆境胁迫的重要信号因子,其在茶树响应高温和干旱胁迫过程中的分子机理少有报道。以龙井长叶为材料,对高温和干旱胁迫下茶树叶片中内源激素含量的变化及其相关基因的表达水平进行了系统分析。结果表明,高温和干旱胁迫下茶树叶片中生长素(IAA)、赤霉素(GA_(3))含量显著降低,玉米素核苷(ZR)含量略有升高,推测茶树通过减少促生类激素来延缓生长以适应胁迫影响;同时,大量IAA、GA_(3)、ZR生物合成和信号响应相关的基因显著差异表达,为解释激素含量变化及信号转导提供了分子基础。脱落酸(ABA)和茉莉酸(JA)作为逆境响应激素其含量在高温和干旱胁迫下均显著增加,这可能依赖于ZEP、NCED、SDR等ABA生物合成途径基因和LOX、OPR、ACX等JA生物合成途径基因的上调表达;另外,许多PYR/PYL、PP2C等ABA信号途径基因以及JAZ、MYC2等JA信号途径基因也显著差异表达,暗示了ABA和JA信号途径在茶树响应高温和干旱胁迫过程中的重要作用。研究结果为进一步探究茶树依赖内源激素的高温和干旱胁迫响应分子机理提供理论参考。 展开更多
关键词 茶树 内源激素 脱落酸 茉莉酸 基因表达分析 非生物胁迫
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水稻CCCH型锌指蛋白亚家族Ⅰ基因的表达分析 被引量：5
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作者 刘小艳 孙艳侠 +3 位作者 王亚男 刘晓楠 刘坤 郗冬梅 《山东农业科学》 2015年第2期7-11,共5页
CCCH型锌指蛋白是一类生物体中广泛存在的转录因子,与植物的抗逆性密切相关。水稻CCCH锌指蛋白家族包括67个成员,分为8个亚家族。本研究采用实时定量PCR技术分析水稻CCCH亚家族Ⅰ基因的组织表达模式以及盐、干旱、低温、高温等多种非生... CCCH型锌指蛋白是一类生物体中广泛存在的转录因子,与植物的抗逆性密切相关。水稻CCCH锌指蛋白家族包括67个成员,分为8个亚家族。本研究采用实时定量PCR技术分析水稻CCCH亚家族Ⅰ基因的组织表达模式以及盐、干旱、低温、高温等多种非生物胁迫和脱落酸(ABA)对CCCH基因表达水平的调节。结果表明,多数CCCH基因都不同程度地受到这些非生物胁迫及ABA的诱导或抑制,其中C3H10、C3H24、C3H33、C3H37和C3H67的表达量在不同胁迫处理后表现出不同程度的升高,C3H35、C3H50和C3H52在盐、干旱、ABA、低温和高温处理后表达水平呈下降趋势,表明这些CCCH锌指蛋白可能参与水稻的非生物胁迫响应。 展开更多
关键词 CCCH锌指蛋白 非生物胁迫 基因表达分析
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多实验平台下基因及异构体表达分析综述 被引量：2
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作者 王凯莉 张礼 刘学军 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期211-218,共8页
转录组学研究近几年成为生命科学和医学领域的研究热点,基因表达水平测量则是转录组学研究的基础。差异基因表达分析对于了解基因功能具有重要作用,而差异异构体表达分析则能够反映选择性剪切变化的情况。当前大规模测量基因表达水平的... 转录组学研究近几年成为生命科学和医学领域的研究热点,基因表达水平测量则是转录组学研究的基础。差异基因表达分析对于了解基因功能具有重要作用,而差异异构体表达分析则能够反映选择性剪切变化的情况。当前大规模测量基因表达水平的实验平台主要包括基因芯片,以及基于高通量测序技术的RNA-Seq。首先介绍广泛使用的Affymetrix传统3'基因芯片、外显子芯片、较新的全转录组芯片,以及基于RNA-Seq技术的Illumina平台4个主流实验平台的技术原理;其次从基因表达水平计算和差异表达分析两方面介绍每个平台下一些主流数据分析方法和该研究设计的方法,分析每个平台下各数据分析方法的优劣,并进一步展示在标准数据集上一些代表性方法的对比结果。 展开更多
关键词 传统3’基因芯片 外显子芯片 HTA2.0芯片 RNA-SEQ 基因表达分析
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芋扩展蛋白基因家族的全基因组鉴定及其在球茎膨大中的表达分析 被引量：2
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作者 李必聪 李慧英 +4 位作者 肖遥 罗莎 周庆红 黄英金 朱强龙 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第7期1604-1616,共13页
扩展蛋白是一类具有促进细胞壁伸长和增加细胞壁柔韧性作用的蛋白。本研究基于芋全基因组范围鉴定扩展蛋白基因,并分析该家族基因结构特征、系统发育及其在芋球茎膨大中的表达模式。结果表明,芋全基因组包含31个扩展蛋白基因,分布在芋8... 扩展蛋白是一类具有促进细胞壁伸长和增加细胞壁柔韧性作用的蛋白。本研究基于芋全基因组范围鉴定扩展蛋白基因,并分析该家族基因结构特征、系统发育及其在芋球茎膨大中的表达模式。结果表明,芋全基因组包含31个扩展蛋白基因,分布在芋8条染色体及2个重叠群上。在芋和拟南芥、水稻、马铃薯等4个物种中的扩展蛋白基因进行系统发育树分析中,所有的扩展蛋白基因划分到4个亚家族中,其中EXPA有23个,EXPB有5个,EXLA有1个,EXLB有2个。共线性分析表明,芋和拟南芥之间存在7对共线性扩展蛋白基因。基因表达分析发现,芋扩展蛋白基因家族不同成员在不同组织中有不同的表达模式,其中CeEXPA 2、CeEXPA 11、CeEXPA 13、CeEXPA 23和CeEXLA 1等5个基因在球茎膨大过程中高表达且差异显著,表明它们可能对芋球茎的膨大发挥了重要的调控作用。本研究结果将有助于了解芋扩展蛋白基因家族的特征及其在球茎膨大中的分子功能,为揭示芋球茎生长发育的分子调控机理提供理论依据。 展开更多
关键词 芋 扩展蛋白基因家族 球茎膨大 基因表达分析
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3个白桦BpBEE基因的克隆与表达分析 被引量：2
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作者 武丹阳 杨洋 李慧玉 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期137-144,共8页
根据已有的白桦Betula platyphylla茎尖、叶片及木质部等45个转录组信息,获得3条白桦BEE基因的全长c DNA序列,分别命名为BpBEE1,BpBEE2和BpBEE3。对3个BpBEE基因进行了生物信息学分析和实时定量聚合酶链式反应分析,结果表明:3个基因具... 根据已有的白桦Betula platyphylla茎尖、叶片及木质部等45个转录组信息,获得3条白桦BEE基因的全长c DNA序列,分别命名为BpBEE1,BpBEE2和BpBEE3。对3个BpBEE基因进行了生物信息学分析和实时定量聚合酶链式反应分析,结果表明:3个基因具有典型的结合DNA及特异识别序列E-box和N-box,属于b HLH类转录因子。这3个基因与拟南芥Arabidopsis thaliana中At BEE基因亲缘关系较近,属于b HLH超家族第25亚类。在白桦生长季内,BpBEE1,BpBEE2和BpBEE3在不同组织中均有表达,叶中BpBEE基因表达量明显高于其他部位。在生长旺盛时期,茎、叶和顶芽中BpBEE基因均呈现上调表达,表明BpBEE基因可能参与到白桦的生长过程。油菜素内酯(BR)激素处理之后,BpBEE1在早期(2 h和4 h)的芽和木质部中呈显著上调(>2倍);BpBEE2在早期(2 h)的木质部和芽显著上调外,其他处理时间也呈现不同程度的上调。表明3个白桦BpBEE基因参与BR激素应答,且BpBEE1和BpBEE2呈现早期应答响应。 展开更多
关键词 林木育种学 白桦 bHLH转录因子 基因克隆 基因表达分析
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