木糖葡萄球菌(Staphylococcus xylosus,S.xylosus)YCC3是从发酵肉制品中分离筛选到的1株产脂肪酶活性高的菌株,为研究该菌株在香肠发酵过程中的代谢机理和功能,采用PromethION和Illumina HiSeq测序平台对S.xylosus YCC3进行完成图测序...木糖葡萄球菌(Staphylococcus xylosus,S.xylosus)YCC3是从发酵肉制品中分离筛选到的1株产脂肪酶活性高的菌株,为研究该菌株在香肠发酵过程中的代谢机理和功能,采用PromethION和Illumina HiSeq测序平台对S.xylosus YCC3进行完成图测序分析。结果表明,S.xylosus YCC3基因组为1套含有3个质粒的环状分子,基因组序列总长度为2773035 bp,GC含量(鸟嘌呤和胞嘧啶占基因组序列的比率)为32.88%。基因组中预测到2540个编码基因,编码基因总长度为2742136 bp,平均长度为1079.58 bp,占基因组的83.24%。S.xylosus YCC3的编码基因通过GO(Gene Ontology)数据库注释,预测到与抗氧化活性相关的基因3个;COG(Cluster of Orthologous Groups of Proteins)数据库注释到与脂质运输和代谢相关的基因中有8个含有脂肪酸合成基因、4个含有脂肪水解酶基因;KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库注释到与脂肪酸合成相关的基因16个,与脂肪酸降解相关的基因10个,与不饱和脂肪酸合成相关的基因3个。S.xylosus菌株的基因组基本功能注释和代谢通路基因信息注释旨在为菌株作为发酵剂在香肠发酵中的应用提供一定的理论依据。展开更多
为探究乳酸菌果聚糖代谢机制和开发低果聚糖发酵食品,本研究对287株酸面团来源的乳酸菌进行果聚糖利用能力筛选,获得1株嗜果聚糖乳酸菌19M03,之后利用高通量测序和生物信息学技术对该菌株进行全基因组测序和果聚糖代谢机制分析。测序结...为探究乳酸菌果聚糖代谢机制和开发低果聚糖发酵食品,本研究对287株酸面团来源的乳酸菌进行果聚糖利用能力筛选,获得1株嗜果聚糖乳酸菌19M03,之后利用高通量测序和生物信息学技术对该菌株进行全基因组测序和果聚糖代谢机制分析。测序结果表明,菌株19M03基因组含有1个染色体和9个质粒,基因组全长3246316 bp,GC相对含量44.53%,包含3084个编码基因、66个tRNA和16个rRNA。系统发育关系分析表明,分类学上菌株19M03属于植物乳植杆菌。基因功能注释结果表明,在同源蛋白簇、基因本体论、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)和碳水化合物活性酶数据库中,19M03共编码357个碳水化合物代谢相关基因和351个碳水化合物转运相关基因,其中与果聚糖代谢和转运相关的基因均有12个。根据这些基因在KEGG数据库中的代谢关系,提出19M03果聚糖代谢模型。该模型解析了果聚糖水解过程及其催化反应的细胞定位(既可胞内,又可胞外)、细胞膜中运输低聚果糖和果糖的特异转运蛋白(IIABC^(FOS)、IIABCD^(fru)、IIABC^(fru))、细胞内果糖分解代谢途径(n=4)和果糖合成代谢途径(n=1)及其所有相关酶的编码基因。此外,耐药和毒力基因分析证明19M03具有良好的安全性。总之,本研究筛选获得了1株嗜果聚糖乳酸菌19M03,并在全基因组水平揭示了19M03果聚糖代谢机制,这些结果可为阐明乳酸菌果聚糖代谢机制提供重要的理论参考,为今后低果聚糖功能食品的开发和应用提供优质的菌种资源。展开更多
文摘木糖葡萄球菌(Staphylococcus xylosus,S.xylosus)YCC3是从发酵肉制品中分离筛选到的1株产脂肪酶活性高的菌株,为研究该菌株在香肠发酵过程中的代谢机理和功能,采用PromethION和Illumina HiSeq测序平台对S.xylosus YCC3进行完成图测序分析。结果表明,S.xylosus YCC3基因组为1套含有3个质粒的环状分子,基因组序列总长度为2773035 bp,GC含量(鸟嘌呤和胞嘧啶占基因组序列的比率)为32.88%。基因组中预测到2540个编码基因,编码基因总长度为2742136 bp,平均长度为1079.58 bp,占基因组的83.24%。S.xylosus YCC3的编码基因通过GO(Gene Ontology)数据库注释,预测到与抗氧化活性相关的基因3个;COG(Cluster of Orthologous Groups of Proteins)数据库注释到与脂质运输和代谢相关的基因中有8个含有脂肪酸合成基因、4个含有脂肪水解酶基因;KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库注释到与脂肪酸合成相关的基因16个,与脂肪酸降解相关的基因10个,与不饱和脂肪酸合成相关的基因3个。S.xylosus菌株的基因组基本功能注释和代谢通路基因信息注释旨在为菌株作为发酵剂在香肠发酵中的应用提供一定的理论依据。
文摘为探究乳酸菌果聚糖代谢机制和开发低果聚糖发酵食品,本研究对287株酸面团来源的乳酸菌进行果聚糖利用能力筛选,获得1株嗜果聚糖乳酸菌19M03,之后利用高通量测序和生物信息学技术对该菌株进行全基因组测序和果聚糖代谢机制分析。测序结果表明,菌株19M03基因组含有1个染色体和9个质粒,基因组全长3246316 bp,GC相对含量44.53%,包含3084个编码基因、66个tRNA和16个rRNA。系统发育关系分析表明,分类学上菌株19M03属于植物乳植杆菌。基因功能注释结果表明,在同源蛋白簇、基因本体论、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)和碳水化合物活性酶数据库中,19M03共编码357个碳水化合物代谢相关基因和351个碳水化合物转运相关基因,其中与果聚糖代谢和转运相关的基因均有12个。根据这些基因在KEGG数据库中的代谢关系,提出19M03果聚糖代谢模型。该模型解析了果聚糖水解过程及其催化反应的细胞定位(既可胞内,又可胞外)、细胞膜中运输低聚果糖和果糖的特异转运蛋白(IIABC^(FOS)、IIABCD^(fru)、IIABC^(fru))、细胞内果糖分解代谢途径(n=4)和果糖合成代谢途径(n=1)及其所有相关酶的编码基因。此外,耐药和毒力基因分析证明19M03具有良好的安全性。总之,本研究筛选获得了1株嗜果聚糖乳酸菌19M03,并在全基因组水平揭示了19M03果聚糖代谢机制,这些结果可为阐明乳酸菌果聚糖代谢机制提供重要的理论参考,为今后低果聚糖功能食品的开发和应用提供优质的菌种资源。
