目的:基于网络药理学和分子对接技术,探究虎杖治疗桥本氏甲状腺炎(Hashimoto′s thyroiditis,HT)的作用机制。方法:从传统中医药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database,TCMSP)筛选获...目的:基于网络药理学和分子对接技术,探究虎杖治疗桥本氏甲状腺炎(Hashimoto′s thyroiditis,HT)的作用机制。方法:从传统中医药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database,TCMSP)筛选获得虎杖的有效活性成分和作用靶点;从GeneCards数据库获得HT的疾病靶点,并使用Venn平台取交集,利用Cytoscape 3.7.2软件绘制“药物-成分-疾病-靶点”网络图;使用String数据库构建蛋白质相互作用网络,通过R软件筛选出核心靶点;再利用“DOSE”“clusterProfiler”“pathview”程序包(bioconductor)对其进行基因本体(gene ontology,GO)和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,绘制“成分-靶点-通路”网络图;最后通过AutoDock Vina等软件加以分子对接验证核心成分与核心靶点的相互作用。结果:筛选出药物有效活性成分10个、作用靶点164个,HT靶点587个,交集靶点61个,核心成分为槲皮素、木犀草素、囊毒碱、β-谷甾醇、大黄酸、儿茶素、鸭脚树叶碱等。蛋白-蛋白相互作用(protein-protein Interaction,PPI)网络核心靶点为蛋白激酶B1(protein kinase 1,Akt1)、半胱天冬酶3(cysteinyl aspartate specific proteinase 3,CASP3)、白细胞介素6(interleukin6,IL-6)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、肿瘤蛋白p53(tumor protein p53,TP53)、白细胞介素1β(interleukin 1β,IL-1β)、禽肉瘤病毒17癌基因同源物(v-jun avian sarcoma virus 17 oncogene homolog,JUN)、前列腺素内过氧化物合酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)、缺氧诱导因子1A(hypoxia inducible factor 1A,HIF1A)等。PPI网络核心靶点为Akt1、CASP3、IL-6、TNF、TP53、IL-1β、JUN、PTGS2、EGFR、HIF1A等;KEGG通路富集分析共有157个条目,主要涉及脂质和动脉粥样硬化、晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(advanced glycation end products-receptor for advanced glycation end products,AGE-RAGE)、IL-17、TNF、AGE-RAGE、IL-17等信号通路及利什曼病、乙型肝炎等,分子对接显示活性成分与核心靶点之间有较好的结合力。结论:虎杖治疗HT具有多成分、多靶点、多通路的特点,可以为今后的临床应用提供一定的理论参考和支持。展开更多
目的分析牡蛎过敏原Cra g 1的二级结构及其B、T细胞表位,为探索基于抗原表位的免疫治疗奠定基础。方法从Uniprot数据库中获得牡蛎过敏原Cra g 1的氨基酸序列,通过DNA Star Protean软件,采用Garnier-Robson方法和Chou-Fasman方法分析其...目的分析牡蛎过敏原Cra g 1的二级结构及其B、T细胞表位,为探索基于抗原表位的免疫治疗奠定基础。方法从Uniprot数据库中获得牡蛎过敏原Cra g 1的氨基酸序列,通过DNA Star Protean软件,采用Garnier-Robson方法和Chou-Fasman方法分析其二级结构;采用Kyte-Doolittle法、Karplus-Schulz法、Emini法、Jameson-Wolf法综合分析Cra g 1主要的B细胞抗原表位。使用SYFPEITHI和NetMHC-Ⅱ在线网站分析T细胞抗原表位。结果牡蛎过敏原Cra g 1的二级结构主要为α-螺旋,其B细胞表位接近覆盖Cra g 1氨基酸全序列;而T细胞优势表位位于第89～103、108～122、129～143位肽段。结论本研究分析牡蛎过敏原Cra g 1的B、T细胞优势表位,为日后Cra g 1的基础免疫学研究,如疫苗的研制、诊断试剂的制备和其抗原性改造等提供了理论依据。展开更多
文摘目的:基于网络药理学和分子对接技术,探究虎杖治疗桥本氏甲状腺炎(Hashimoto′s thyroiditis,HT)的作用机制。方法:从传统中医药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database,TCMSP)筛选获得虎杖的有效活性成分和作用靶点;从GeneCards数据库获得HT的疾病靶点,并使用Venn平台取交集,利用Cytoscape 3.7.2软件绘制“药物-成分-疾病-靶点”网络图;使用String数据库构建蛋白质相互作用网络,通过R软件筛选出核心靶点;再利用“DOSE”“clusterProfiler”“pathview”程序包(bioconductor)对其进行基因本体(gene ontology,GO)和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,绘制“成分-靶点-通路”网络图;最后通过AutoDock Vina等软件加以分子对接验证核心成分与核心靶点的相互作用。结果:筛选出药物有效活性成分10个、作用靶点164个,HT靶点587个,交集靶点61个,核心成分为槲皮素、木犀草素、囊毒碱、β-谷甾醇、大黄酸、儿茶素、鸭脚树叶碱等。蛋白-蛋白相互作用(protein-protein Interaction,PPI)网络核心靶点为蛋白激酶B1(protein kinase 1,Akt1)、半胱天冬酶3(cysteinyl aspartate specific proteinase 3,CASP3)、白细胞介素6(interleukin6,IL-6)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、肿瘤蛋白p53(tumor protein p53,TP53)、白细胞介素1β(interleukin 1β,IL-1β)、禽肉瘤病毒17癌基因同源物(v-jun avian sarcoma virus 17 oncogene homolog,JUN)、前列腺素内过氧化物合酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)、缺氧诱导因子1A(hypoxia inducible factor 1A,HIF1A)等。PPI网络核心靶点为Akt1、CASP3、IL-6、TNF、TP53、IL-1β、JUN、PTGS2、EGFR、HIF1A等;KEGG通路富集分析共有157个条目,主要涉及脂质和动脉粥样硬化、晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(advanced glycation end products-receptor for advanced glycation end products,AGE-RAGE)、IL-17、TNF、AGE-RAGE、IL-17等信号通路及利什曼病、乙型肝炎等,分子对接显示活性成分与核心靶点之间有较好的结合力。结论:虎杖治疗HT具有多成分、多靶点、多通路的特点,可以为今后的临床应用提供一定的理论参考和支持。
文摘目的分析牡蛎过敏原Cra g 1的二级结构及其B、T细胞表位,为探索基于抗原表位的免疫治疗奠定基础。方法从Uniprot数据库中获得牡蛎过敏原Cra g 1的氨基酸序列,通过DNA Star Protean软件,采用Garnier-Robson方法和Chou-Fasman方法分析其二级结构;采用Kyte-Doolittle法、Karplus-Schulz法、Emini法、Jameson-Wolf法综合分析Cra g 1主要的B细胞抗原表位。使用SYFPEITHI和NetMHC-Ⅱ在线网站分析T细胞抗原表位。结果牡蛎过敏原Cra g 1的二级结构主要为α-螺旋,其B细胞表位接近覆盖Cra g 1氨基酸全序列;而T细胞优势表位位于第89～103、108～122、129～143位肽段。结论本研究分析牡蛎过敏原Cra g 1的B、T细胞优势表位,为日后Cra g 1的基础免疫学研究,如疫苗的研制、诊断试剂的制备和其抗原性改造等提供了理论依据。
