运用网络药理学和分子对接技术分析柴胡抗氧化应激的作用机制,通过网络药理学方法分析得到柴胡抗氧化应激的主要活性成分与核心靶点、柴胡与氧化应激的交集靶点以及可能的信号通路,预测柴胡主要活性成分与氧化应激核心靶点的结合能力。...运用网络药理学和分子对接技术分析柴胡抗氧化应激的作用机制,通过网络药理学方法分析得到柴胡抗氧化应激的主要活性成分与核心靶点、柴胡与氧化应激的交集靶点以及可能的信号通路,预测柴胡主要活性成分与氧化应激核心靶点的结合能力。结果显示:从柴胡中筛选得到14种活性成分及378个作用靶点,后与1 934个氧化应激相关靶点取交集,得到191个共同靶点。基因本体(Gene Ontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析发现,柴胡的抗氧化应激作用主要通过影响癌症通路、阿尔茨海默病通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B信号通路、Rap1信号通路、白细胞介素-17信号通路等实现。分子对接结果显示,从柴胡中筛选出的主要活性成分与抗氧化应激核心靶点间均具有较好的结合活性。综上,柴胡可通过多成分、多靶点、多通路调节机体氧化应激。展开更多
目的基于网络药理学和分子对接的方法预测固本抗敏方治疗慢性荨麻疹的靶点及相关信号通路,探讨其治疗慢性荨麻疹的作用机制。方法通过中医药生物信息分析网站(TCMSP,BATMAN-TCM,贝尔斯坦数据库,CNPD)并查阅文献,筛查和预测固本抗敏方有...目的基于网络药理学和分子对接的方法预测固本抗敏方治疗慢性荨麻疹的靶点及相关信号通路,探讨其治疗慢性荨麻疹的作用机制。方法通过中医药生物信息分析网站(TCMSP,BATMAN-TCM,贝尔斯坦数据库,CNPD)并查阅文献,筛查和预测固本抗敏方有效成分,与Drugbank收集的慢性荨麻疹小分子药物计算化学描述符进行比较,通过“rule of five”筛选类药性成分,并进一步与慢性荨麻疹小分子药物的功效进行主成分分析,得到潜在活性成分及其靶点;检索GeneCards和OMIM疾病数据库获取慢性荨麻疹疾病靶点,与潜在活性成分靶点通过映射取交集,作为固本抗敏方治疗慢性荨麻疹的作用靶标,并进行GO和KEGG通路富集分析;同时将作用靶标导入STRING数据库,对靶标间的相互作用进行分析,分析结果导入Cytoscape软件进行MCODE聚类和网络括扑性质分析,得到核心靶标,将核心靶标导入BioGPS数据库,分析核心靶标在皮肤和淋巴结以及CD4+T细胞和CD8+T细胞中的表达丰度,同时对核心靶标进行KEGG通路富集分析。结果检索得到固本抗敏方成分1124个和有关慢性荨麻疹西药小分子药物25种;类药性和主成分分析筛选出潜在活性成分349个,预测得到90个作用靶点;MCODE聚类和网络括扑性质分析得到HIF1A、IL6、MAPK3等10个等核心靶标,这些核心靶标在皮肤、淋巴结、CD4+T细胞、CD8+T细胞均有表达,且与炎症反应等多个生物过程、分子组成和细胞功能有关,其中包含HIF-1信号通路、TNF信号通路、Th17细胞分化、PI3K-Akt等多条信号通路。分子对接结果表明去氧紫草素、yinyanghuoA和9alpha-hydroxyfraxinellone-9-o-beta-d-glucosid等活性成分通过INS、MAPK3、JAK2等靶标调控GBKMF治疗银屑病的治疗机制。结论固本抗敏方治疗慢性荨麻疹具有多成分-多靶点-多通路特点,其作用机制可能与HIF-1信号通路、TNF信号通路、Th17细胞分化、PI3K-Akt等信号通路有关。展开更多
目的:明确山西陈醋中的小分子肽类化学成分,并进一步探讨其针对心血管等疾病的潜在作用机制。方法:采用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS)技术结合GNPS分子网络技术分析山西陈醋中的小分子肽类成分。运用Genecards...目的:明确山西陈醋中的小分子肽类化学成分,并进一步探讨其针对心血管等疾病的潜在作用机制。方法:采用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS)技术结合GNPS分子网络技术分析山西陈醋中的小分子肽类成分。运用Genecards、Drugbank 5.0、DAVID等数据库对小分子肽类化合物靶点及通路进行分析,并通过Cytoscape软件构建“成分-靶点-信号通路-疾病”网络。使用Autodock Dock 1.5.6和PyMol 2.5.5进行山西陈醋核心靶点与关键成分的分子对接。结果:共鉴定出41个小分子肽类化合物,其中包括27个环二肽、10个直链二肽和4个三肽类化合物。其发挥心血管和肥胖等保健作用的“成分-靶点-信号通路-疾病”网络包含14个活性成分和109个药物靶点。通路富集分析得到59条信号通路。分子对接结果表明Cyclo(Leu-Pro)、Val-Val、Pro-Phe、Cyclo(His-Pro)等成分可能与核心靶点F2、MAPK1,MMP9、VCAM1等具有较好的结合能力,初步验证了网络药理学预测结果的准确性。结论:山西陈醋可能通过多成分、多靶点、多通路协同发挥预防调节心血管疾病和肥胖等疾病的保健作用。展开更多
目的:基于网络药理学和分子对接预测黄芪补肾活血汤治疗乳腺癌的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicines systems pharmacology platform,TCMSP)、BATM-TCM数据库等筛选黄芪补肾活血汤主要...目的:基于网络药理学和分子对接预测黄芪补肾活血汤治疗乳腺癌的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicines systems pharmacology platform,TCMSP)、BATM-TCM数据库等筛选黄芪补肾活血汤主要活性成分以及相关靶点,通过Gene Cards数据库搜索乳腺癌相关基因并进行筛选,将黄芪补肾活血汤靶点与乳腺癌基因进行映射,利用Cytoscape 3.8.2软件构建中药-成分-靶点可视化网络,绘制蛋白互作网络及进行基因本体(gene ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,筛选出核心基因。将黄芪补肾活血汤复方成分与关键靶点通过Swiss Dock网站进行分子对接验证。结果:黄芪补肾活血汤有效成分136个,潜在治疗靶点828个,其中76个是黄芪补肾活血汤治疗乳腺癌的潜在靶点。在蛋白互作网络中发现TP53、VEGFA、MAPK8、JUN、EGF等可能是黄芪补肾活血汤治疗乳腺癌的关键靶点。通过GO、KEGG富集分析发现作用机制涉及的通路包括PI3K-Akt信号通路、肿瘤中的microRNAs、RNA聚合酶Ⅱ转录因子复合物肌膜、转录因子结合、G蛋白偶联胺受体活性、血红素结合、蛋白质结构域特异性结合、核受体活性、癌症中的转录调控异常、血管内皮生长因子信号通路等。通过分子对接验证显示,化合物槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、木犀草素、植物甾醇与关键靶点PGR、ADRB2、NR3C2、PREE1、SCN5A具有较好的结合能力。结论:通过网络药理学构建“药物-成分-靶点-信号通路”网络及分子对接技术验证,发现黄芪补肾活血汤治疗乳腺癌主要是通过抗癌、抑制雌激素受体的表达、调节免疫等多通路、多靶点实现的,为临床治疗乳腺癌提供了更多的治疗方法,给临床用药提供了更多的选择。展开更多
文摘运用网络药理学和分子对接技术分析柴胡抗氧化应激的作用机制,通过网络药理学方法分析得到柴胡抗氧化应激的主要活性成分与核心靶点、柴胡与氧化应激的交集靶点以及可能的信号通路,预测柴胡主要活性成分与氧化应激核心靶点的结合能力。结果显示:从柴胡中筛选得到14种活性成分及378个作用靶点,后与1 934个氧化应激相关靶点取交集,得到191个共同靶点。基因本体(Gene Ontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析发现,柴胡的抗氧化应激作用主要通过影响癌症通路、阿尔茨海默病通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B信号通路、Rap1信号通路、白细胞介素-17信号通路等实现。分子对接结果显示,从柴胡中筛选出的主要活性成分与抗氧化应激核心靶点间均具有较好的结合活性。综上,柴胡可通过多成分、多靶点、多通路调节机体氧化应激。
文摘目的基于网络药理学和分子对接的方法预测固本抗敏方治疗慢性荨麻疹的靶点及相关信号通路,探讨其治疗慢性荨麻疹的作用机制。方法通过中医药生物信息分析网站(TCMSP,BATMAN-TCM,贝尔斯坦数据库,CNPD)并查阅文献,筛查和预测固本抗敏方有效成分,与Drugbank收集的慢性荨麻疹小分子药物计算化学描述符进行比较,通过“rule of five”筛选类药性成分,并进一步与慢性荨麻疹小分子药物的功效进行主成分分析,得到潜在活性成分及其靶点;检索GeneCards和OMIM疾病数据库获取慢性荨麻疹疾病靶点,与潜在活性成分靶点通过映射取交集,作为固本抗敏方治疗慢性荨麻疹的作用靶标,并进行GO和KEGG通路富集分析;同时将作用靶标导入STRING数据库,对靶标间的相互作用进行分析,分析结果导入Cytoscape软件进行MCODE聚类和网络括扑性质分析,得到核心靶标,将核心靶标导入BioGPS数据库,分析核心靶标在皮肤和淋巴结以及CD4+T细胞和CD8+T细胞中的表达丰度,同时对核心靶标进行KEGG通路富集分析。结果检索得到固本抗敏方成分1124个和有关慢性荨麻疹西药小分子药物25种;类药性和主成分分析筛选出潜在活性成分349个,预测得到90个作用靶点;MCODE聚类和网络括扑性质分析得到HIF1A、IL6、MAPK3等10个等核心靶标,这些核心靶标在皮肤、淋巴结、CD4+T细胞、CD8+T细胞均有表达,且与炎症反应等多个生物过程、分子组成和细胞功能有关,其中包含HIF-1信号通路、TNF信号通路、Th17细胞分化、PI3K-Akt等多条信号通路。分子对接结果表明去氧紫草素、yinyanghuoA和9alpha-hydroxyfraxinellone-9-o-beta-d-glucosid等活性成分通过INS、MAPK3、JAK2等靶标调控GBKMF治疗银屑病的治疗机制。结论固本抗敏方治疗慢性荨麻疹具有多成分-多靶点-多通路特点,其作用机制可能与HIF-1信号通路、TNF信号通路、Th17细胞分化、PI3K-Akt等信号通路有关。
文摘目的:明确山西陈醋中的小分子肽类化学成分,并进一步探讨其针对心血管等疾病的潜在作用机制。方法:采用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS)技术结合GNPS分子网络技术分析山西陈醋中的小分子肽类成分。运用Genecards、Drugbank 5.0、DAVID等数据库对小分子肽类化合物靶点及通路进行分析,并通过Cytoscape软件构建“成分-靶点-信号通路-疾病”网络。使用Autodock Dock 1.5.6和PyMol 2.5.5进行山西陈醋核心靶点与关键成分的分子对接。结果:共鉴定出41个小分子肽类化合物,其中包括27个环二肽、10个直链二肽和4个三肽类化合物。其发挥心血管和肥胖等保健作用的“成分-靶点-信号通路-疾病”网络包含14个活性成分和109个药物靶点。通路富集分析得到59条信号通路。分子对接结果表明Cyclo(Leu-Pro)、Val-Val、Pro-Phe、Cyclo(His-Pro)等成分可能与核心靶点F2、MAPK1,MMP9、VCAM1等具有较好的结合能力,初步验证了网络药理学预测结果的准确性。结论:山西陈醋可能通过多成分、多靶点、多通路协同发挥预防调节心血管疾病和肥胖等疾病的保健作用。
文摘目的:基于网络药理学和分子对接预测黄芪补肾活血汤治疗乳腺癌的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicines systems pharmacology platform,TCMSP)、BATM-TCM数据库等筛选黄芪补肾活血汤主要活性成分以及相关靶点,通过Gene Cards数据库搜索乳腺癌相关基因并进行筛选,将黄芪补肾活血汤靶点与乳腺癌基因进行映射,利用Cytoscape 3.8.2软件构建中药-成分-靶点可视化网络,绘制蛋白互作网络及进行基因本体(gene ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,筛选出核心基因。将黄芪补肾活血汤复方成分与关键靶点通过Swiss Dock网站进行分子对接验证。结果:黄芪补肾活血汤有效成分136个,潜在治疗靶点828个,其中76个是黄芪补肾活血汤治疗乳腺癌的潜在靶点。在蛋白互作网络中发现TP53、VEGFA、MAPK8、JUN、EGF等可能是黄芪补肾活血汤治疗乳腺癌的关键靶点。通过GO、KEGG富集分析发现作用机制涉及的通路包括PI3K-Akt信号通路、肿瘤中的microRNAs、RNA聚合酶Ⅱ转录因子复合物肌膜、转录因子结合、G蛋白偶联胺受体活性、血红素结合、蛋白质结构域特异性结合、核受体活性、癌症中的转录调控异常、血管内皮生长因子信号通路等。通过分子对接验证显示,化合物槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、木犀草素、植物甾醇与关键靶点PGR、ADRB2、NR3C2、PREE1、SCN5A具有较好的结合能力。结论:通过网络药理学构建“药物-成分-靶点-信号通路”网络及分子对接技术验证,发现黄芪补肾活血汤治疗乳腺癌主要是通过抗癌、抑制雌激素受体的表达、调节免疫等多通路、多靶点实现的,为临床治疗乳腺癌提供了更多的治疗方法,给临床用药提供了更多的选择。
