摘要
对猪全基因组高密度SNP基因型数据及生长性状表型数据进行全基因组关联分析,以期找到影响这些性状的候选基因,更准确地了解这些生长性状的遗传基础。利用Illumina猪60K SNP芯片对191头杜洛克猪进行基因型检测,使用R语言环境下GenABEL软件包提供的单标记回归分析模型,对体重达100 kg日龄(D100)、活体背膘厚(BFT)和活体眼肌面积(LMA)3个生长性状的表型分别进行全基因组关联分析。在D100和LMA2个性状中分别检测到1个基因组水平和6个染色体水平显著关联的SNP,均位于5号染色体;没有检测到与BFT显著相关的SNP。生物信息学分析表明,BTG1和EFCAB6可能是影响生长性状的重要候选基因,但其功能有待进一步研究确认。
To understand the underlying genetic architecture and identify candidate genes associated with production traits in swine, we conducted this genome-wide association study （GWAS）. A population of 191 Duroc pigs was genotyped using the Illumina Porcine SNP60BeadChip and phenotyped on three production traits, including days to 100 kg（D100）, backfat thickness （BFI＇） and loin muscle area （LMA）. The GWAS were performed with a single marker regression procedure using the GenABEL package in R software. In D100 and LMA, we identified one genome-wide and six chromosomes-wide significant single nucleotide polymorphisms （SNPs）, and all SNPs were located in chromosome 5. No significant SNP detected for BFT. Bioinformatics analysis suggestes that BTG1 and EFCAB6 might be candidate genes affecting these production traits, but their functions are yet to be confirmed.
出处
《广东农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第14期139-143,共5页
Guangdong Agricultural Sciences
基金
国家现代农业(生猪)产业技术体系建设专项资金(CARS-36)
国家自然科学基金(31200925)
教育部博士点基金(20124404120001)
广东省自然科学基金(S2012040007753)
广州市科技攻关项目(11A62100441)
广东省研究生教育创新计划项目(2013JDXM12)
关键词
猪
全基因组关联分析
候选基因
生产性状
genome-wide association study
candidate gene
production traits
作者简介
张哲（1984-），男，博士，讲师，E-mail：zhezhang@scau．edu．cn
通讯作者：李加琪（1965-），男，博士，教授，E-mail：jqli@scau．edu．cn
